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SPSS软件制作生存曲线是最经典的做法,只要你有数据就能做,就是不熟悉SPSS的孩纸会感觉稍稍复杂。GraphdPad Prism软件是一款超级好用的专业医学绘图软件,在医药生物领域被广泛使用,拥有ROC曲线分析、Bland-Altman分析功能以及GraphPad Prism的线性/非线性拟合功能,所以,制作生存曲线对它来说只是小菜。R语言做生存曲线作为今天的压轴方法...
Funrich数据库选项目前支持的丰富分析:生物过程、细胞成分、分子函数、蛋白质结构域、表达位点(正常组织、癌组织、细胞类型和细胞系)、生物途径、转录因子、临床概要表型术语。除了这些分析,FunRich还能做相互作用分析,在侧边栏我们可以看到这些基因主要通路,右键还可以看某一通路的基因和位置。如果你要分析miRNA的功能富集分析,首先点击...
其输入数据包含两部分,一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义),一是表达矩阵 (也可以是排序好的列表),软件会对基因根据其与表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序,然后判断基因集内每条注释下的基因是否富集于表型相关度排序后基因表的上部或下部,从而判断此基因集内基因的协同变化对...
在“输入基因名称”字段中输入一个基因符号或基因ID(Ensembl ID),然后单击“GoPIA!”按钮搜索感兴趣的基因。匹配正常数据:选择“只有TCGA肿瘤”、“TCGA肿瘤+TCGA正常+GTEx正常”或“TCGA肿瘤+TCGA正常”进行绘图。TCGA肿瘤/TCGA正常/GTEx/表达数据集:在“TCGA肿瘤”、“TCGA法线”或“GTEx”字段中选择感兴趣的癌症类型,然后单击“Add”...
在“输入基因名称”字段中输入一个基因符号或基因ID(Ensembl ID),然后单击“GoPIA!”按钮搜索感兴趣的基因。匹配正常数据:选择“只有TCGA肿瘤”、“TCGA肿瘤+TCGA正常+GTEx正常”或“TCGA肿瘤+TCGA正常”进行绘图。TCGA肿瘤/TCGA正常/GTEx/表达数据集:在“TCGA肿瘤”、“TCGA法线”或“GTEx”字段中选择感兴趣的癌症类型,然后单击“Add”...
na(dat$OS_STATUS),]dat$OS_STATUS=as.dat$brca1_group=ifelse(dat$BRCA1 > median(dat$BRCA1),''''''''high'''''''',''''''''low'''''''')dat$brca2_group=ifelse(dat$BRCA2 > median(dat$BRCA2),&#...
TCGA数据库全称为The Cancer Genome Atlas,主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息,包括RNAseq,miRNAseq,DNA甲基化,CNV,SNP等信息,它是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个,在各个领域得到了广泛的应用,为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据,这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响...
有一个感兴趣的miRNA,如何找到靶基因?例如2019年1月JCI报道了miR-155这个miRNA与肿瘤免疫有关,现在想看看这个miRNA有哪些靶基因?以下步骤则是通过预测软件条件设置对靶基因进行过滤筛选。最下面的一个选项则根据自己的需求添加,如果想看这个miRNA与自己感兴趣的一个基因间是否有interaction,则输入基因名;操作到这里,就可以找到这条miR...
干货 | 常用microRNA靶基因预测工具。MicroRNA研究是一直国内外研究的热点领域,每年都有大量的microRNA相关文章发表或相关基金申请,而microRNA功能研究最重要的是其靶基因的确认,荷叶今天给大家介绍一些常见的microRNA靶基因预测工具。RNA22与miRDB类似,能预测miRNA的靶基因,预测mRNA、LincRNA、LncRNA的候选作用miRNA(RNA22 visualizati...
研究蛋白磷酸化,这个数据库你知道吗?结果栏里包含蛋白在Uniprot的编号、基因名、磷酸化的氨基酸在蛋白中的位置、序列信息、样本名、样本类型、实验条件、检测方法、磷酸化差异结果及显著性。作为数据库的另一个亮点qKinAct,qPhos收集了所有已知与激酶活性相关的磷酸化位点,用户可通过提交定量磷酸化蛋白组的数据,而得到激酶谱被激活的情况...
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