| 共 39 篇文章 |
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当孟德尔遇上GWAS。。。当然还有很多的GWAS数据库，请注意，MR分析其实依靠的就是GWAS数据，但是GWAS数据并不是只有MR分析这一种分析思路，所以当我们掌握了MR分析之后，也可以去开展其它的GWAS分析流程。然后我们就可以看到上面这个界面，这个时候需要注意GWAS ID，我们可以很清楚的知道，上面这些GWAS数据都是来自于UKbiobank的，所以这些数... 阅129 转2 评0 公众公开 23-08-22 23:14 |
M1和M2的巨噬细胞差异就在CD86和CD163吗。M1 macrophages (CD68, CD74, TSPO, and CD86);VlnPlot(pbmc, features = c("MS4A1", "CD79A"))FeaturePlot(pbmc, features = c("MS4A1", "CD79A"))RidgePlot(pbmc, features = c("MS4A1", "CD79A"), ncol = 1)DotPlot(pbmc, features = ... 阅1 转自健明 公众公开 23-01-11 14:05 |
基因ID批量识别和转换，哪家强？目前bio-bio-bio.com的总访问频次已经突破50万，小工具使用频次突破4万。却不知道这些基因ID是哪个数据库的。只提供了一种基因ID（比如ENSEMBL）某通路结果里只有基因的KEGG ID.（即affi的ID）把ID_REF里的ID贴入上述工具。左边INPUT选affi ID.ID list贴入上述excel里的ID.再把基因名贴进excel时会错行哦。 阅1 转自墨_h 公众公开 22-10-07 13:40 |
3分钟带你绘制！这个Venn 网络很漂亮！再来3分钟看看EVenn的主要功能。访问网址：http://www.ehbio.com/test/venn. 阅77 转0 评0 公众公开 21-05-03 09:21 |
疾病甲基化研究利器--DiseaseMeth数据库，开启你的研究新方向！在我们可以输入多个基因或疾病时，也可进行包含基因-基因关系分析和疾病-疾病关系分析。基因与基因的关系分析。综上所述，就是对DiseaseMeth数据库功能的简单介绍，该数据库整体操作起来并不难,且提供的信息也相当丰富，小伙伴们还可以根据研究需要进一步探索出该数据库更多的功能... 阅168 转1 评0 公众公开 21-04-23 07:54 |
能学到PubMed文本挖掘的干货……其实刚开始并没有想要找什么文献分析工具，其实是在夏老师随便翻PubMed的时候，发现了这篇研究肥胖的文献： 斤两十足 许冠杰 - 大串烧1.这篇文献主要讲的，就是从两个文本挖掘工具入手，做了肥胖相关的文献分析：这工具就是这，主要是用来通过PubMed，来进行分析文献MeSH词的词频和相关性的：不光是挖掘文献本... 阅243 转1 评0 公众公开 21-04-20 09:21 |
画图手册 | ImageGP：今天你“plot”了吗？线图，GO富集泡泡图，热图，箱线图，散点图，柱状图，火山图，曼哈顿图，直方图，韦恩图，密度图，桑基图，PiCrust，UpsetView，PCA，PCoA, CPCoA，LEfSe，Bugbase，FAPROTAX。参数内容图。线图；GO富集泡泡图；修改主图和图中X,Y轴的标题。上图报错是因为热图绘制过程中，数据矩阵和注释矩阵信息未匹... 阅141 转0 评0 公众公开 21-04-14 06:53 |
CCLE:肿瘤细胞系百科全书。是由Broad Institute研究所牵头发起的一项肿瘤基因组学研究项目，收集整理了1000多个肿瘤细胞系的组学数据，包含了以下类别。通过首页的检索按钮，可以根据基因或者细胞系进行检索，以TP53为例，示意如下。该部分用于比较基因对应的组学数据在不同细胞系间的分布，包含了以下几种。和TCGA, ICGC等数据库类似，CCLE也... 阅1 转自生信修炼... 公众公开 21-03-30 09:45 |
上传数据到GEO数据库实战笔记。师兄的文章要送审，编辑让把RNA-seq的数据传到GEO数据库上，今天就在传这个数据。#具体代码ncftpput -F -R -z -u geoftp -p ''''''''rebUzyi1'''''''' ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov uploads/...(step1给出的位置) /home/..../geo_submission... 阅196 转0 评0 公众公开 21-03-27 08:22 |
从3.813分，到12.121分的SCI文章，都用了数据挖掘的差异基因来挖出了上游的激酶……接着用了个神器来分析了造成这些基因表达差异的上游，也就是转录因子，甚至是更上游的激酶：第二信使可能是一个激酶，而这个激酶最终会激活转录因子入核激活下游基因表达：这篇主要分析疾病相关的激酶抑制剂，那差异基因其实已经隔了好几手了，是没法来直接分... 阅179 转3 评0 公众公开 21-01-29 08:30 |
