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############# Shannon 指数等，方法类似#############以 2000 步长（step=2000）为例统计每个稀释梯度下的 Shannon 指数，Shannon 公式的对数底数默认为 e，若有需要可更改（例如 2）shannon_curves <- alpha_curves(otu, step = 2000, method = ''''''''shannon''''''''... 阅536 转2 评0 公众公开 22-01-08 22:03 |
统计 | R语言执行两组间差异分析Wilcox秩和检验两组间差异的非参数检验之Wilcox秩和检验在R中实现。##wilcox 符号秩和检验，我们执行了一个双侧检验wilcox_test <- wilcox.test(value~group, shannon_23, paired = TRUE, alternative = ''''''''two.sided'''''''')wilcox_... 阅4883 转38 评3 公众公开 21-12-24 22:09 |
library(ggplot2)#用于 ggplot2 作图library(doBy) #用于分组统计library(ggalt)#用于绘制拟合曲线otu <- read.delim(''''''''feature-table_taxonomy.txt'''''''', row.names = 1, sep = ''''''''\t'''''''... 阅144 转2 评0 公众公开 21-12-23 15:41 |
library(vegan)otu = read.table(''''''''16s_OTU_Table.txt'''''''', header=T, sep="\t", quote = "", row.names=1, comment.char="",stringsAsFactors = FALSE)%>%select(-13) colSums(otu)otu_rare = as.data.frame(t(rrarefy(t(otu), ... 阅269 转0 评0 公众公开 21-12-23 15:32 |
RDA1 RDA2 RDA3 RDA4 PC1 PC2 PC3.此函数可以测试全局模型(默认)、所有轴(BY=“AXIS”)、单个解释变量(BY=“TERMS”)、第一个约束轴(FIRST=TRUE)或在删除模型中所有其他变量的变量(BY=“margin”)后由单个解释变量解释的变量的显著性。回想一下，吸烟者数据有两个数据集：throat.otu.tab(社区丰度数据框)和throat.meta(元数据，包... 阅122 转0 评0 公众公开 21-12-22 11:48 |
当使用函数rda()执行PCA时，通过不指定环境数据矩阵(即，group variable)，该函数执行无约束排序PCA。> plot(PCoA$points[ ,1], PCoA$points[ ,2], ylim = c(-0.5, 0.5), xlab = paste(''PCoA 1 ('', explainedvar1, ''%)'', sep = ''''), ylab = paste(''PCoA 2 ('', ex... 阅130 转0 评0 公众公开 21-12-22 11:46 |
> adonis(abund_table ~ Group,data=grouping,permutations = 1000, method =''bray'')Mantel检验可以这样解释：我们指定排列=1000来对Bray-Curtis距离矩阵的行和列执行1000次随机化，其在零假设下生成相关性分布：Bray-Curtis矩阵中的样本之间的距离与Jaccard矩阵不是线性相关的。控制第三矩阵的两个距离矩阵的相关性的部... 阅133 转0 评0 公众公开 21-12-22 11:46 |
Beta多样性距离计算和聚类热图绘制。library(phyloseq)library(GUniFrac)tree <- read.tree(''''''''OTUs.tre'''''''')unifrac <- phyloseq(otu_table(otu,taxa_are_rows = F),phy_tree(tree))#加权UnifracW.unifrac <- distance(unifrac,method = '''&... 阅717 转7 评0 公众公开 21-12-22 11:43 |
else stop(''''''''Non convenient method'''''''') sim >- t(sim) sim2 <- sim[row(sim) >col(sim)] attr(sim2, ''''''''Size'''''''') <- sites attr(sim2, ''''''&... 阅88 转0 评0 公众公开 21-12-22 11:42 |
df<-data.frame(row.names=NULL,df)colnames(df)<-c(''''''''Taxa'''''''',''''''''Env'''''''',''''''''Correlation'''''''',... 阅38 转0 评0 公众公开 21-12-22 11:41 |
