| 共 8 篇文章 |
|
单细胞多组学分析揭示肾透明细胞癌的调控程序。1. 从肾透明细胞癌scRNA-seq和scATAC-seq数据集中通过降维，聚类，差异表达分析，为了解释scRNA-seq数据，对两个数据集进行综合分析，scATAC-seq基因活性和scRNA-seq基因表达之间的共享相关模式由“FindTransferAnchors”函数识别，然后通过“TransferData”函数预测scATAC-seq数据中每个细胞的细... 阅75 转0 评0 公众公开 23-02-25 23:41 |
图1CAFs相关基因的单细胞转录组分析及功能2. 12个CAFs相关基因被确定为HCC的预测模型单变量Cox回归分析进一步筛选TCGA数据集中与CAFs相关的预后基因：14个基因被选中（图2A）。最后，选择12个可变重要值大于0的CAFs相关基因作为HCC患者的预后模型（图2B）。图212个与CAFs预后相关基因的鉴定3. 基于12个与CAFs相关的预后基因，建立了ANN预测模型... 阅144 转1 评0 公众公开 23-02-15 18:56 |
前沿文献 | scRNA-seq鉴定肝癌免疫亚型及预测DFS和复发_数据库 生信分析8大家好，今天解读2022年6月发表在Frontiers in immunology（IF: 8.786）上单细胞测序与肝癌的文章Identification of the Immune Subtype of Hepatocellular Carcinoma for the Prediction of Disease-Free Survival Time and Prevention of Recurrence by Integrated Ana... 阅35 转0 评0 公众公开 23-02-15 06:58 |
Genome Medicine | 包含空间信息的肝癌多区域测序新策略，揭示空间异质性和分子异质性关...肝细胞癌中已经报道了3种类型的肿瘤异质性，包括肝癌患者个体间肿瘤异质性（IPH）、不同病灶的肿瘤异质性和肿瘤内不同区域的异质性（ITH）。研究人员从14名肝癌患者中获取了96份样本，包括75份肿瘤样本和21份癌旁组织，每位患者的肿瘤样本数量为3-10不... 阅15 转0 评0 公众公开 23-02-15 06:57 |
单细胞测序揭示了乳腺癌淋巴结转移的细胞异质性和转录组谱。不同肿瘤位点和分子亚型的转录组差异揭示了乳腺癌肿瘤间和肿瘤内的异质性，而一些发现与其他实体肿瘤的研究结果相呼应，表明乳腺癌细胞的侵袭行为来源于淋巴结转移。基于淋巴结内癌细胞与免疫细胞间的DEGs和通信，我们的研究结果不仅解释了乳腺癌细胞在不同部位的免疫逃逸机制，也为... 阅145 转5 评0 公众公开 21-12-16 18:00 |
在对照胰腺样本中约一半的细胞是1型导管细胞且未检测到2型导管细胞。作者进一步分析了PDAC样本的1型导管细胞，并检测到两个不同的亚组，发现亚组2的MUC1较高表达，表明亚组2细胞相对于亚组1表现出2型恶性导管细胞的一些特征。祖细胞和ADEX亚型在2型导管细胞和腺泡细胞中得分较高，而免疫原性亚型在T和B细胞中得分较高，鳞状细胞亚型在2型导管细... 阅58 转0 评0 公众公开 21-11-12 20:27 |
双剑合璧|scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析。文章通过单细胞测序分析，基于转录组分析（文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq）和染色质分析（ATAC-Seq）发现了新的树突状细胞（Dendritic Cell, DC）亚型，将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型，这两类DC细胞主要差异表达T-bet（一个T细胞相关转录因子）和RORγt（粘膜表面的一种多功... 阅202 转2 评0 公众公开 21-10-14 20:47 |
F1AB，S1A：为了生成人类乳腺癌中免疫细胞状态的深层转录图，我们构建了一个图集，其中包含47016个CD45 +细胞，这些细胞是从8种原发性乳腺癌患者中收集的，这些细胞来自未经治疗的患者，包括雌激素受体（ER +）和孕激素受体（PR +）阳性，人类表皮生长因子受体2扩增（Her2 +）和三阴性（TNBC）癌症。我们能够鉴定出大多数预期的免疫细胞类型，... 阅146 转6 评0 公众公开 21-10-04 09:59 |
