| 共 16 篇文章 |
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该数据库提供了关于人类、小鼠、大鼠、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱，支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA分析相关的miRNA。DIANA-microT是KiriakidouM等基于实验和计算生物学方法开发的miRNA靶基因预测软件。和miRanda预测结果中可能出现一个miRNA对应多个靶位点或多个miRNA对应一个靶位点... 阅1 转自闲书5mg7d... 公众公开 19-12-15 08:23 |
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。基于microRNA或microRNA... 阅1 转自zhuqiaoxi... 公众公开 19-12-15 08:23 |
教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测。研究miRNA的老师们都清楚miRNA靶基因预测的重要性，之前的文章《研究miRNA，这些数据库你必须得知道！TargetScan（targetscan.org）由麻省理工学院的Benjamin Lewis等人在2003年开发，它通过搜索与每个miRNA的种子区匹配的保守位点而预测miRNA的靶基因。在该页面我们不仅可以看到预测的hsa-miR-21-5p与... 阅1 转自闲书5mg7d... 公众公开 19-07-12 14:06 |
前面我们谈到了来自基因组暗物质神秘的非编码长链RNA（lncRNA）、非编码环形RNA（ciRNA）、微小的RNA（miRNA），现在我们再来谈谈与微小的RNA（miRNA）有密切关系的小干扰RNA（siRNA）和短发夹RNA（shRNA）。siRNA表达框架(siRNA expression cassettes，SECS)是一种由PCR得到的siRNA表达模版，包括一个RNA pol III启动子，一段发夹结构siRNA，... 阅5794 转72 评0 公众公开 19-07-10 16:17 |
如何正确筛选可能调控的miRNA.三个数据库的交集，就只剩一个miRNA了。接着再登一下miRDB4.0（http://mirdb.org/miRDB/index.html），也是一样，还是搜“TP53”，再预测相关的miRNA。这几个数据库能搜到的交集的共有的这个miRNA，就是可以预测的，可能性最大的那个miRNA了。李莫愁博士：韦恩图其实就是求交集而已，当然，除了预测miRNA，其实还... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-04-12 14:40 |
教你怎么做miRNA靶基因验证（实验篇）又方便又有高认可度的miRNA靶基因验证实验就是双荧光素酶报告基因实验啦。双荧光素酶报告基因实验是通过将预测能够与miRNA结合的靶基因3’UTR序列插入载体中萤火虫荧光蛋白（firefly luciferase）的3’UTR。我们再来用学术语句描述一下：miRNA通过和靶基因结合后抑制靶基因的翻译，从而导致萤火虫荧光素发... 阅1 转自lucida1973 公众公开 19-04-08 13:31 |
如何用BLAST来预测lncRNA相关的miRNA.下面林师兄要告诉你如何正确搜寻LncRNA相关的miRNA。结果出来了，miRNA638和这个lncRNA能结合。同样，在MIRDB4.0上（http://mirdb.org/miRDB/index.html），选择“Custom Prediction”，输入lncRNA全长。李莫愁博士：当然lncRNA作为miRNA Sponge，好像还没退烧，不过由于真的没有很多实验能对其验证，所以... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-01-31 14:52 |
