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今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap 包和 ggplot2 包制作热图的简单小例子。ggplot(data=df,aes(x=A,y=B))+geom_point()+.nba <- nba[order(nba$PTS),]ggplot2绘制热图使用到的函数是geom_tile()函数，简单理解就是根据位置坐标添加色块。nba.m <- ddply(nba.m, .(variable), transform,rescale = rescaler(value))p<-ggplot(n... 阅2811 转12 评0 公众公开 19-03-20 15:32 |
#在misa.pl和misa.ini存放的目录下执行：/data/Oncoseq/biosoft/MISAperl /data/Oncoseq/biosoft/MISA/misa.pl /data/Oncoseq/genome/bwa-hg19-numbered/hg19.num.fasta misa.ini.bwa index -a bwtsw /data/Oncoseq/genome/bwa-hg19-numbered/hg19.num.fasta.结果生成test.msi_intervals文件制作msi_baseline文件， calculated from an MSI neg... 阅56 转0 评0 公众公开 19-01-31 13:57 |
作为一个现代的代码编辑器，Atom 支持各种编程语言的代码高亮(HTML / CSS / Javascript / PHP / Python / C / C++ / Objective C / Java / JSON / Perl / CoffeeScript / Go / Sass / YAML / Markdown 等等)、 与大多数其他编辑器相比，Atom的语言支持已经算是覆盖非常全面了。python3 -m pip install --upgrade pippython3 -m pip install jup... 阅231 转1 评0 公众公开 18-05-10 09:49 |
SNP_file_name =paste("/data/liuqiang/mQTL/data_set/wgs/mqtl/HHJ/rs1176744.txt",sep="\t");snps_location_file_name= paste("/data/liuqiang/mQTL/data_set/wgs/mqtl/HHJ/rs1176744loc.txt",sep="\t");gene_location_file_name=paste("/data/liuqiang/mQTL/data_set/wgs/mqtl/HHJ/geneloc_ch... 阅584 转6 评0 公众公开 18-05-03 09:44 |
