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| 共 29 篇文章 |
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R进行基因富集分析——clusterProfiler系列分析GSEA.研究发现gsea读取的数据不包括表头，即首行列名，所以要处理一下（如此处理后数据也变成降序排列）：geneList = genelist_input[,2]names(geneList) = as.character(genelist_input[,1])geneList = sort(geneList, decreasing = TRUE)GSEA分析——GO.GO和KEGG的GSEA结果可视化同理，下次再来... 阅1 转自祥强6csdm... 公众公开 20-11-25 11:31 |
在体外试验中，抗抑郁药抑制5-HT回收的效应依次为帕罗西汀>艾司西酞普兰>舍曲林>氟西汀>西酞普兰>氟伏沙明>文拉法辛=丙米嗪>阿米替林>去甲替林>去甲丙米嗪>曲唑酮>瑞波西汀>多虑平>米氮平>安非他酮。敲黑板：激动5-HT1A受体可抗焦虑和抗抑郁，激动5-HT2A受体引起性功能障碍和锥体外系反应，激动5-HT... 阅1 转自微笑persi... 公众公开 20-02-12 21:10 |
Meta分析那meta分析是啥呢？各样本中miRNA情况如下： 图1 26个数据样本miRNA分布统计3.Meta分析差异miRNA作者采用RRA来进行统计分析差异miRNA。图5 生存分析5.靶基因及功能分析通过Meta分析筛选出肝癌相关的差异miRNA后，随后就是常规的miRNA研究思路，对差异miRNA进行靶基因预测及功... 阅146 转0 评0 公众公开 20-01-14 22:35 |
转录组的高级分析前该如何标准化数据？DESeq2为count数据提供了两类变换方法，使得不同均值的方差趋于稳定：regularized-logarithm transformation or rlog(Love, Huber, and Anders 2014)和variance stabilizing transformation(VST)(Anders and Huber 2010)用于处理含有色散平均趋势负二项数据。dim(exprSet[keepGene,])exprSet=exprSet[keep... 阅1 转自小李飞刀4... 公众公开 20-01-14 22:02 |
缩写：ChIP-seq染色质免疫沉淀测序，eQTL表达数量性状基因座，FPKM等于Fragments / (外显子长度*Mapped Reads)，GSEA基因富集分析，PCA主成分分析，RPKM等于total exon reads/ (mapped reads (Millions) * exon length(KB))，sQTL剪接数量性状基因座，TF转录因子，TPM每百万转录本。RNA-seq的最常见应用是估计基因和转录本表达量。RNA-seq偏向... 阅493 转1 评0 公众公开 20-01-14 22:00 |
由于DIA是一次性放了一堆母离子进来，同时碎裂，所以对于DIA来说，不是一张谱图对应一个母离子，而是一堆谱图对应一堆来自多个母离子的碎片离子混合物。假设，我们将人的两万个蛋白进行理论酶切，会生成两百万个理论肽，这些理论肽又会生成理论b-y离子，得到理论的谱图。当需要进一步研究蛋白的功能及作用机理时，常常需要了解蛋白-蛋白或蛋白-... 阅249 转9 评0 公众公开 19-10-25 07:22 |
生信分析系列二：UniProt数据库使用方法快速入门。通常蛋白质组数据可以覆盖几千到上万个蛋白，而其中的差异蛋白可能也会有几百甚至上千个，虽然筛选到差异蛋白后，我们会通过功能分析从中找出主要影响的通路或者功能变化，缩小目标范围，但是具体要将研究重点放在哪个蛋白上，还需要我们对这些蛋白进行功能和文章的查询，因此蛋白质数据库的灵... 阅1 转自生物_医药... 公众公开 19-08-21 19:55 |
Bioconductor 分析芯片数据教程。对于每一个芯片，数据表中存储着探针组和对应探针组标准化之后的基因表达量值。数据标准化之前的箱线图标准化之前的箱线图数据标准化之后的箱线图标准化之后的箱线图数据标准化之前的密度曲线图标准化之前的密度曲线图数据标准化之后的密度曲线图标准化之后的密度曲线图通过这些图我们可以看出这12张芯片数据之... 阅284 转0 评0 公众公开 19-05-25 21:44 |
It is an appropriate test for the kind of functional analysis described here because a gene list can be seen as a series of draws from the finite population of Gene Ontology terms that annotate the whole of a genome, therefore a Hypergeometric test determines the possibility that a certain term is over-represented in ... 阅91 转1 评0 公众公开 19-05-25 21:29 |
##The head command prints the first few values of a vectorhead(gene_list$logFC)head(gene_list$P.Value)##no_of_genes=27,306no_of_genes = dim(probeset.list)[1]##Gives 203 genessum(abs(gene_list$logFC) >2 &gene_list$P.Value <0.05/no_of_genes)##Graph not showng + geom_text(aes(x=gene1$logFC, y=-log10(gene1$P.Val... 阅102 转0 评0 公众公开 19-05-25 21:25 |
