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| 共 52 篇文章 |
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转录组及转录组测序（RNA-seq）转录组分析入门转录组高级分析转录组及转录组测序（RNA-seq）7. 差异基因分析。GSEA分析不同于Pathway 以及GO 富集需要给出差异基因的一个明确的定义(阈值)，例如abs(FC) ≧2.0 &p ≦ 0.05，GSEA不需要指定明确的差异基因阈值，算法会根据实际数据的整体趋势，在表达谱整体层次上对数条基因进行分析。通过构... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 21-10-07 08:11 |
另外，HCC组织中circMTO1的表达减少与HCC患者的预后差异显着相关，如以circMTO1表达中值作为临界值的Kaplan-Meier存活曲线所示，相对于circMTO1表达高的病人，circMTO1表达低的病人存活率显著降低。3、在HCC细胞中circMTO1与miR-9相结合。本文首先确定研究方向为HCC中的circRNA，HCC病人样本表达谱分析结果表明，HCC病人中circMTO1显著下调，结... 阅1 转自渐近故乡时 公众公开 20-11-27 11:58 |
Graphpad Prism 8.0绘制分组散点图与柱状图共存图。三种图形均为mean±SD，因此其均值与SD均相同，散点图在mean±SD的基础上加上了所有的数据点，散点图与柱状图共存图在散点图的基础上在均值处加了两根竖线使之闭合为一根柱子，如下图所示：1、 Graphpad Prism 8.0计算Mean,SD与SEM.以Con组为例，就利用Average函数可以计算均值，STDE... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 20-08-15 20:32 |
Cytoscape：庞大的相互作用网络出图神器 Cytoscape：庞大的相互作用网络出图神器 原创 2017-03-05 医生科研助手 解螺旋 解螺旋。圈圈在软件中叫Node（节点），有source node（源节点）和target node（靶节点）的区别；所以，数据表要有一列源节点，一列靶节点，于是它们的关系（Edge）就自动确立了，其他的都是Node或Edge的属性。导入... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 20-04-28 17:20 |
Cytoscape之操作界面介绍Cytoscape 简介。虽然Cytoscape也能适用于其他分子构件和相互作用，但其最强大的功能还是用于大规模蛋白质輭蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。通过Cytoscape，用户可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。第二... 阅1 转自阿非ycfg 公众公开 20-04-28 17:16 |
新出炉的Cytoscape视频教程。Cytoscape已成为网络图绘制的核心工具，基因表达调控网络、蛋白互作网络、miRNA-gene调节关系、分析流程、组织架构等任何与网络、结构、层级有关系的事情都可以用Cytoscape来绘制。前期的教程中有Cytoscape的基本使用，早期录制的Cytoscape视频教程, 含安装和基本使用等。Cytoscape提供了多种布局算法，具体见http:... 阅1 转自oriRNA 公众公开 20-04-28 17:15 |
在线绘制韦恩图。韦恩图又称文氏图，是一种简单的图形，也是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集的大致之间的关系。绘制韦恩图的工具有很多，在此，小编总结了几种常用简单的在线绘制韦恩图的在线的工具.在线可以编辑图形颜色，更改图片颜色，背景颜色，是否显示数字等，可编辑项很多。这个在线问恩图，可以画2~4维的韦恩图。 阅1 转自石头6feix... 公众公开 19-09-14 16:58 |
lncRNA作为ceRNA调控miRNA的发文套路。2、利用慢病毒感染癌细胞中下调的lncRNA***,然后CCK-8检测lncRNA***对***癌细胞增殖抑制的影响。8、荧光原位杂交技术与胞浆胞核分离实验检测lncRNA***在细胞中的定位，q-PCR检测miR***在骨肉瘤细胞中表达量，荧光报告素酶实验检测lncRNA***与miR***结合方式。10、细胞划痕实验检测lncRNA***调控miR***对**... 阅1 转自墨_禪 公众公开 19-09-07 07:44 |
lncRNA的ceRNA研究，什么程度才能发Nat Commun？而Nature Communication（IF=11.329）的这篇关于lncRNA的ceRNA文章《Lnc-mg is a long non-coding RNA that promotes myogenesis》（回复关键词170324下载文献）除了遵循我们所熟知的套路：lncRNA筛选——功能验证——机制研究外，到底凭借什么占据了lncRNA研究世界的至高点呢？随后，在lnc-mg的... 阅1 转自流星刀 公众公开 19-09-07 07:43 |
在本篇研究中，作者在间质亚型卵巢癌中构建了一个lncRNA介导的竞争性内源RNA（ceRNA）网络，作者假设PTAR可能作为 miR-101的竞争性内源性lncRNA起作用，进而调控TGF-β诱导的EMT现象，参与 OvCa的侵袭-转移过程。通过以上的实验，作者证明PTAR可以作为miR-101的竞争性RNA（ceRNA）来抑制miR-101的表达，进而导致ZEB1表达上调，促进卵巢癌细胞中... 阅1 转自Dinghaixi... 公众公开 19-09-07 07:34 |
