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②边界文件格式说明:边界文件至少包含三列，其中，第一列和第二列为基因名称或基因ID，在同一行中，表示第一列的基因和第二列的基因有相互作用关系(没有方向的区分)。例如基因A总共与10个基因有相互作用，则基因A的连通性为10。例如基因A与基因B 的权重为0.2，与基因C的权重为0.3，与基因D的权重为0.5，则基因A的连通性为0.2+0.3+0.5=1。注意：... 阅107 转0 评0 公众公开 18-10-14 17:25 |
生信宝典文章集锦 – 天下生信宝典文章集锦 Jump to... 教程合集系列教程蛋白质组学研究转录组研究扩增子三步曲宏基因组教程宏基因组分析专题ChIP-seq专题文献精读LinuxCIRCOS系列R统计和作图NGS基础和软件应用癌症数据库PythonCytoscape网络图分子对接生信宝典之傻瓜式生信人写程序小技巧系列系列宣传永久链接招聘联系我们。但想要一个囊括生... 阅41 转0 评0 公众公开 18-10-14 11:17 |
Metascape.Watch out gene symbols within ExcelExcel irreversibly converts Some gene symbols into dates, we recommend use other gene identifiers with Excel during data submission.Ver 3.0 release supports model organsims and protein network analyses. (Nov 2, 2016) Ver 2.0 implements best practices for multi-list meta-a... 阅2302 转0 评0 公众公开 18-10-11 23:32 |
基因富集分析需要我们提供某一类功能基因的集合用于背景，常用的注释数据库如：genelist <- sig.deseq2$log2FoldChangenames(genelist) <- rownames(sig.deseq2)genelist <- sort(genelist, decreasing = <span class="hljs-literal">TRUE</span>)gsemf <- gseGO(genelist, OrgDb = org.hs, keyTy... 阅166 转0 评0 公众公开 18-10-11 23:16 |
从数据库种类来说，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析，致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。Metascape对多个不同gene list提供两种分析模式，第一种可以将不同的gene list进行合并分析，从而免去使用者... 阅2666 转5 评0 公众公开 18-10-11 23:13 |
http://www.bio-soft.net/sms/filter_dna.html.http://www.bio-soft.net/sms/rand_dna.html.http://www.bio-soft.net/sms/shuffle_dna.html.http://www.bio-soft.net/sms/group_dna.html.http://www.bio-soft.net/sms/dna_pattern.html.http://www.bio-soft.net/sms/dna_stats.html.http://www.bio-soft.net/sms/group_prot.html.http://www.bi... 阅1 转自萌小芊 公众公开 18-10-05 23:47 |
推荐一个强大的文章示意图绘制工具。另一种画示意图方法是利用模板。长按“图章”按钮，你会看到非常丰富的图形和化学结构式模板，如下图，用这些图形基本上就可以快速画出上文第1个例子中的图形元件。当然你也可以通过File\Save As把图形元件保存成svg、eps格式的矢量图（如下图），在Ai软件中进行更复杂的示意图绘制。SVG格式的矢量图可以用A... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-10-05 23:45 |
与非肝癌患者相比，肝癌患者的POD值显著升高。这些数据表明，基于OTU标记物的POD值在诊断早期肝癌与非肝癌的诊断潜力巨大。30例早期肝癌与56例健康志愿者相比，POD值显著升高，AUC值为76.80%(如图B)，说明POD值在早期肝癌的诊断中效果显著。为了验证POD值的特异性，比较了56例早期肝癌与45例晚期肝癌的POD值，结果显示晚期肝癌患者的POD值显著... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-10-05 23:44 |
我们知道基因发挥功能很少会单个基因起作用，一般都是多个基因一起起作用，我们称这些基因是相似基因或者相关基因。GEPIA数据库也提供了相似基因的检索。点击SimilarGenes，同样地，我们在Gene 下面的检索框中输入目标基因，选择展示基因数（默认20），然后选择数据集（例如BRCA），点击List，结果如下：当我们有两个目标基因，然后我们想要研... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-10-05 23:38 |
干货速递：16个常用生物信息在线工具。地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/地址：https://www.predictprotein.org/home.地址：http://web.expasy.org/protparam/地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/地址：http://swissmodel.expasy.org/interactive.地址：http://wego.geno... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-10-05 23:29 |
