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热图的解读。热图如下（Nucleic Acids Res (2015) 43 (W1): W566-W570.），本质上它是表现一个数值矩阵，图上每一个小方格都是一个数值，按一条预设好的色彩变化尺(称为色键，Color Key)，来给每个数值分配颜色，虽然看起来眼花，但道理却很简单。这时就可以用一些处理技巧，比如上面那幅图，研究纳入了54675个基因，如果都画出来，这图就会很... 阅2108 转3 评0 公众公开 21-08-12 14:29 |
八大类热图OS云平台目前共拥有8款热图有关工具，分别为：热图、动态热图、组间相关性分析、组内相关性分析、动态相关性热图（组间）、动态相关性热图（组内）、动态PCoA（基础版）、二值热图。动态相关性热图（组内）/动态相关性热图（组间）和动态热图工具一样，这两个也是前面组内/组间相关性分析工具的“进阶Pro版”。动态相关性热图（组间... 阅246 转4 评0 公众公开 21-08-09 15:22 |
在线绘制热图 在线绘制热图 2017-05-05 sxr 生信人 生信人。但是热图的绘制工具不是很简单，没有简单的图形页面，对于那些不太懂命令行的人来说绘制热图非常复杂，而且超级没有效率。Matrix2png是进行微阵列数据和许多其他数据类型的可视化。一个简单但功能强大的程序它可以从文本文件的数据生成PNG格式的图像。颜色包括背景颜色，缺失... 阅3 转自微笑如酒 公众公开 19-01-04 12:20 |
一个画韦恩图的网站。一个画韦恩图的网站 2015-01-29 基迪奥生物 基迪奥生物。网站可以制作4个类别的集合关系，如果你要制作2个或者3个当然也是可以得~并且可以给四种类别重命名哈~（友情提醒：命名用英文与数字组合就可以了啊，千万不要用中文哈~因为网站识别不了呃……）其实即使不是画韦恩图，也可以利用这个网站，找出两种不同处理（状... 阅2 转自微笑如酒 公众公开 19-01-04 12:19 |
Orange实现数据可视化并绘制韦恩图 Orange实现数据可视化并绘制韦恩图 2015-02-02 中翰金诺 中翰金诺。我们在获得一套数据时经常需要对数据进行一个直观可视化的分析，例如我们想查看数据的分布情况，不同类别数据之间的属性差异，或者不同数据集之间的交并集关系等。以韦恩图为例，所谓韦恩图就是将每个数据集用一个圆表示，并通过圆... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-01-04 12:19 |
点击Finish按钮，就可生成热图（图4）。点击图4黄框中的Set按钮即可设定颜色，设置完成后按REFEARCH按钮即可得到图5右热图。图5.HemI生成热图。如何做热图在这里就讲完了，虽然这个软件挺傻瓜的，但是网站上提供的另外一个软件堪称科研神器：一个是IBS（Illustrator for Biological Sequences，http://ibs.biocuckoo.org/），可以用来画基因结... 阅2 转自微笑如酒 公众公开 19-01-04 12:17 |
RNA-seq结果图片如何解读（火山图、韦恩图、聚类热图和折线图）本期，我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。每个比较组合都会得到一个差异基因集，将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实验组/样品中的FPKM值，用于层次聚类、 K-means聚类和SOM聚类分析。聚类方式：双向聚类（如上图）可以根据某一基因在不同样本中的表达水平将样... 阅21057 转105 评0 公众公开 18-12-28 18:23 |
当我们拿到基因表达的P值和倍数后，为了用火山图展示结果，一般需要把倍数进行Log2的转化，比如某基因在实验组表达水平是对照组的4倍，log2（4）=2，同样的如果是1/4，也就是0.25，转换后的结果就是-2。这样，我们就把虚线Y=1.30以上，X=1右侧和X=-1左侧的基因标记为表达显著差异的基因，一般我们把大于2倍（X=1右侧）的点标记为红色，把小于-2... 阅155 转3 评0 公众公开 18-12-28 10:02 |
火山图（Volcano Plot）2）以log2（Fold Change）为横坐标，即可得火山图，利用一定的筛选条件（如Fold Change大于2倍，显著性P值小于0.05），即可筛选出显著差异表达的基因，进行后续研究。如果大家用的是DEseq2分析RNA表达谱的数据，分析结果应该如下，其中log2FoldChange是表达量的log2（Fold Change）值，padj列示矫正后的pvalue，这两列也... 阅3 转自萌小芊 公众公开 18-12-28 09:20 |
本质上它是表现一个数值矩阵，图上每一个小方格都是一个数值，按一条预设好的色彩变化尺（称为色键，Color Key），来给每个数值分配颜色，虽然看起来眼花，但道理却很简单。图外边那些细细的线条，就是聚类分析的树形图。高通量测序得来的数据，通常比较磅礡，这时候生成的热图，每个方格就会很小，在一页杂志可以印刷的范围里，你可能连基因的... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-12-28 08:57 |
