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IF=45的蛋白质组学综述。本篇综述分别从蛋白质组学策略简介、蛋白质组学技术（蛋白质提取与分离；蛋白质的动态范围是蛋白质组组学技术发展的最大挑战，目前液质联用的蛋白质组学技术的全部流程都是蛋白质丰度依赖的。蛋白质互作以及蛋白质复合物。蛋白质的表达水平取决于蛋白质的合成和降解速率，而蛋白质的丰度和修饰程度都是高度动态并受到严... 阅1 转自terminato... 公众公开 19-09-27 16:19 |
3） 将实验谱图与理论谱图进行匹配；假设我们的谱图检测到的是一条1000分子量的肽段，则搜库软件首先会在蛋白序列数据库里对所有可能的蛋白序列进行特定位点的酶切（酶切位点由我们指定的特异性酶参数来决定），然后选出分子量1000左右的肽段，根据指定的仪器类型，模拟打碎成理论上的碎片离子，然后生成理论谱图，再与输入的实际谱图进行比对... 阅1 转自xx科研专用 公众公开 19-09-27 16:02 |
说到靶向蛋白质组学，咱们都知道，一直以来蛋白质组学的应用领域主要是针对基础生物学，比如研究通路、蛋白复合物、互作网络，表征细胞和组织的类型，观察细胞周期内蛋白质的表达等。这里又要说到分辨率了，如果咱们用的是高分辨率质谱仪，不同的同位素峰会被明显地分开，也就是说，谱图里我们能看几个同位素峰，这时我们就可以使用单同位素分... 阅1 转自xx科研专用 公众公开 19-09-27 16:02 |
火山图（左），将所有检测到的蛋白的差异显著性进行可视化展示，图中横坐标为蛋白在两个样本间差异的倍数变化值，即样本2的表达量除以样本1的表达量得到的数值，对此数值做了对数化处理；韦恩图（右），通过差异蛋白Venn 图可观察出差异蛋白在各对比组间的数量分布状况。图中每列表示一个样本，每行表示一个蛋白，图中的颜色表示蛋白在该组样本... 阅1 转自萌小芊 公众公开 19-09-27 16:01 |
一、蛋白质数据库。网址：http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，同时提供其他数据库，包括序列数... 阅1 转自zdloy 公众公开 19-09-27 15:57 |
蛋白质基因组学｜基因组、转录组和蛋白质组诺禾结义。近年来，新兴的蛋白质基因组学（Proteogenomics）[1] ，利用蛋白质组数据，尤其是高精度的串联质谱数据，结合基因组数据（DNA）、转录组数据（RNA）来研究基因组注释问题。以序列为中心的蛋白质基因组学。蛋白质基因组学相关性分析。蛋白质基因组学相关性分析，揭示mRNA与蛋白质表达量相关... 阅1 转自stingray9... 公众公开 19-09-27 15:56 |
常用Gene ID转换工具。在自己的研究工作中，经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况。目前存在着大量的生物信息数据库，每个数据库都有自己定义的ID命名规则，转换起来实在是一个很大的工作。当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools。下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举：1. DAVID: The Database for A... 阅1581 转2 评0 公众公开 19-08-28 10:05 |
pathway和pathway 之间存在一个上下游的关系，所有的pathway 的相互关系就构成了1个网络，在这个网络中，肯定会存在degree比较多的pathway, 所以通过network 分析，我们可以挖掘出比较重要的一些pathway。上图中红色方框标记的就是其他的一些通路，我们可以看到hsa04010 通路中的一些物质会参与到其他通路中去，这个时候，就可以理解为hsa0401... 阅233 转0 评0 公众公开 19-08-23 19:43 |
KEGG Pathway 中基因的颜色怎么简单的标记上去。所以今天介绍的这个KEGG Mapper工具能帮上你大忙，会用他能让你轻松好多，他的网址：http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html.KEGG Mapper工具主要的上色流程是这样的：线将你输入的基因匹配到KEGG后台的数据库，找到这些基因所参与的通路，然后再在这些通路中标记上颜色，over！提交... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-08-23 10:23 |
KEGG的主要用途有：查询通路信息、信号通路检索，以及非常推荐的分析工具KEGG Mapper，它可以根据前期筛选得到的差异分子列表去构建分子调控网络，得到清晰简明的通路图。查看KEGG中参与信号转导的信号通路，并点击mTOR信号通路，查看其关联的信号通路及调控的表型。请分析以下分子（人源）参与了哪些信号通路，并在信号通路中用粉红色标记表达... 阅27 转0 评0 公众公开 19-08-23 10:19 |
