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[原]大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 食管癌是一种常见的恶性肿瘤，有两种亚型：鳞状细胞癌（squamous cell carcinoma，ESCC）和腺癌（adenocar 特别是关于细胞类型和癌症特异性差异甲基化区域（differentially methylated regions，DMRs）和部分甲基化结构域（partially methylated domains，PMDs）的几个重要问题尚待进一步表征，包括：①这些结构域的区域特异性程度（即细胞类型和癌症特异性DMR/PMD比例）；F-G. 点图显示在样本水平上，ESCC与EAC的特异性PMD（F）或ESCC与EAC的特异性hy... 阅12 转0 评0 公众公开 24-03-12 10:23 |
本研究首次对双生病毒感染后番茄mRNA、sRNA转录组和甲基化组变化进行了全面分析。 阅1 转0 评0 公众公开 23-12-28 14:56 |
易基因： WGBS等从DNA甲基化揭示杀鲑气单胞菌灭活疫苗对大菱鲆的免疫力：抗性育种。此外，基因启动子区的DNA甲基化水平通过抑制转录因子结合以影响基因转录活性，从而导致基因表达水平变化。易基因全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶，在超声波打断基因组DNA片段的两端连接接头序列，连接产物通过重亚硫酸盐处理将未甲基化修饰的胞嘧啶C转... 阅2 转0 评0 公众公开 23-10-26 10:24 |
深度综述 | 肠道菌群通过改变宿主表观遗传影响宿主健康：中枢神经系统(CNS)疾病。除肠道菌群和中枢神经系统之间的直接互作外，肠道菌群及其代谢产物还可以调节表观遗传过程，包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调控。DNA去甲基化与DNA甲基化呈稳态，由TET双加氧酶 (Ten-Eleven Translocation dioxygenases)介导，催化5-甲基胞嘧啶转化为5-羟... 阅18 转1 评0 公众公开 23-10-13 10:17 |
易基因：单细胞转录组测序（scRNA-seq）揭示猪窦卵泡细胞异质性和通讯模式｜项目文章。先前研究鉴定出窦卵泡中颗粒细胞的两种亚型：位于内部区域的卵丘颗粒细胞（cumulus granulosa cells，cGC）围绕并支持卵母细胞；本研究采用scRNA-seq来分析猪窦卵泡的分子和细胞特征，分析结果揭示了壁层颗粒细胞（mGCs）和卵丘颗粒细胞（cGCs）内的不同亚... 阅9 转1 评0 公众公开 23-10-11 10:19 |
易基因：5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控｜植物研究。此外，对采集后叶片的5mC DNA甲基化组学、代谢组学和转录组学的综合分析表明，乌龙茶加工过程中风味代谢物含量变化与相应代谢物合成基因的转录水平变化密切相关，且这些重要合成基因的转录水平变化受5mC甲基化严格调控。（D）组织特异性和非组织特异性表达基因5mC... 阅3 转0 评0 公众公开 23-08-29 10:23 |
此外，II型卵母细胞的印迹甲基化模式差异比I型大，II型卵母细胞的基因表达和DNA甲基化与MII卵母细胞更相似。（2）两种不同类型卵母细胞的染色质结构和DNA甲基化。scBS-seq分析了50个卵母细胞的DNA甲基化状态，50个卵母细胞中有43个具有平行的细胞质转录组数据，包括21个I型卵母细胞和22个II型卵母细胞。因此，研究将II型卵母细胞分类为染色质结... 阅10 转0 评0 公众公开 23-08-01 10:50 |
易基因： 全基因组DNA甲基化和转录组分析揭示绵羊羊毛类型变异的关键基因｜科研进展。羊毛纤维是纺织工业的宝贵材料，可分为有髓毛（粗羊毛，ALC）和无髓毛（细羊毛，MF），有髓毛由初级毛囊产生，无髓毛由初级或次级毛囊产生。全基因组重测序（WGS）证实ALC羊毛是MF羊毛的变异类型。对粗/细羊毛品种绵羊的转录组比较分析，表明ALC/MF羔羊出生... 阅4 转0 评0 公众公开 23-07-25 10:18 |
易基因：8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域（DMR）分析软件比较 | 生信专区。后来exomePeak的作者又提出了exomePeak2，与exomePeak相比，exomePeak2解释了IP效率和GC含量偏差变化，当存在多个重复时，exomePeak2 calling DESeq2通过将IP和input视为成对样本来鉴定DMR。在过滤掉短（宽度<150）和重叠区域后，TRESS、exomePeak、exo... 阅11 转0 评0 公众公开 23-07-21 09:52 |
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展。本研究分析了蜂王和工蜂幼虫的全基因组H3K4me1修饰，发现在2龄期和4龄期的工蜂幼虫中，H3K4me1标记比蜂王幼虫中更为富集，且许多与级型分化相关基因存在差异甲基化。D. 蜂王和工蜂幼虫中差异H3K4me1 peaks数条形图。本研究通过ChIP-seq和对应的RNA-seq等实验... 阅10 转0 评0 公众公开 23-07-18 10:20 |
