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MPB | 宁波大学王凯等-海洋环境资源状态划分及微生物群落生态位宽度计算方法。关键词: 非层次聚类,资源状态,生态位宽度,微生物群落。在计算海洋微生物群落的生态位宽度时,首先要准确评估研究区域的资源状态数量,但在高度连通且复杂多变的海洋环境中评估资源状态数难度较大。计算得到每个物种的标准化生态位宽度BA后(图6),单个样本中所...
MPB | 上海交大王风平组-?海洋沉积物样品细胞提取及荧光显微镜计数法。此方法适用于不同沉积物样品中细胞的提取,且通过 0.22 m 滤膜收集细胞,经过SYBR Green I 染色,可在荧光显微镜下对细胞进行观测和计数。量取2 ml乙酸,称取3.5 g 醋酸钠和3.3 g NaCl,加入80mL去离子水,再加入5 ml 40%甲醛溶液混合均匀,定容至100 ml,用稀盐酸调节溶液...
MPB | 基于形态学和分子生物学手段鉴定植物病原真菌-白粉病菌。白粉病菌是典型的植物专化性病原真菌,不同植物上的白粉病病原菌种类不同,且白粉病菌寄主范围十分广泛,仍有大量植物白粉病病原菌信息仍不明确。通过植物病原真菌的鉴定,可以确定真菌病害的种类,从而针对性的开展防控,减少植物真菌病害造成的各种损失,为植物真菌病害的综合防...
QIIME 2教程. 30如何写方法和引用Citing(2024.2)引用QIIME 2.Citing QIIME 2.请注意,几乎所有QIIME 2插件都实现独立于QIIME 2框架开发的方法,除QIIME 2框架本身外,还应引用这些方法。Citing QIIME 2 Plugins.其中包括软件、方法、算法和度量标准,这些软件、方法、算法和度量标准是独立于QIIME 2而不是与QIIME 2或其开发者有联系的独立研究...
QIIME 2支持许多数据类型,对于给定的语义类型,有多种数据类型可供查看QIIME 2对象(Artifact)使用。可视化结果(visualization,也叫可视化文件)是QIIME 2分析的最终输出结果,它的意思是该结果是由QIIME 2产生的,而且是被人类可以阅读的结果(与QIIME 2或其他软件可以读取的相反)。可视化文件可以用QIIME 2 View https://view.qiime2.or...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2024.5)宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强宏基因组学技术和成果交流传播,推动全球华人微生物组领域发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。公众号每日推送,工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实...
在QIIME 2的未来版本中,我们将不再在Silva分类器中包含物种水平的信息。在QIIME2的未来版本中,我们将不再在Silva分类器中包含物种水平的信息。关于SILVA数据库对于QIIME的兼容性以及商业和非商业用途授权的信息可以在这个网址中查询到:https://www.arb-silva.de/download/archive/qiime。在QIIME 2的未来版本中,我们将不再在Silva参考文件...
QIIME 2教程. 28补充资源SupplementaryResources(2024.2)补充资源 Supplementary resources.以下资源对于了解有关微生物组分析和生物信息学的更多信息很有用:应用生物信息学导论。参与QIIME 2项目,主导开发了易扩增子(EasyAmplicon)、易宏基因组(EasyMetagenome)、培养组(Culturome)分析流程、数据分析网站(EVenn、ImageGP) 和R包(amplicon、...
QIIME 2教程. 24为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2024.2)为QIIME 2开发新插件。创建单个QIIME 2插件可以让用户通过任何QIIME 2界面(包括QIIME 2 Studio,q2cli和Artifact API)访问您的功能。plugin = Plugin( name=''''''''diversity'''''''', version=q2_diversity._...
QIIME 2教程. 21命令行界面q2cli(2024.2)命令行界面q2cli.本指南介绍了q2cli,它是QIIME 2 Core发行版中包含的QIIME 2命令行界面。q2cli包含一个qiime命令,该命令用于从命令行执行QIIME分析。System versionsPython version: 3.8.16QIIME 2 release: 2024.2QIIME 2 version: 2024.2.1q2cli version: 2024.2.1.Getting user support: Please po...
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