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对于TCGA_TNBC和GEOD-40525数据集， hsa-miR-486-5p，hsa-miR-139-5p和hsa-miR-10b-5p的表达水平下调，hsa-miR-107，hsa-miR-146b-5p，hsa的表达水平-miR-142-3p，hsa-miR-17-5p，hsa-miR-455-3p，hsa-miR-324-5p和hsa-miR-20a-5p在TCGA_TNBC和GEOD-40525数据集中均被上调。此外，作者通过ROC测试得到区分TCGA_TNBC数据集中的复发患者和非复发... 阅47 转2 评0 公众公开 21-02-18 18:09 |
图2.高CDI患者与低CDI患者差异基因的主成分分析与火山图。图3. 高CDI与低CDI患者的Kaplan-Meier曲线。低CDI组的患者具有明显的免疫相关途径，而高CDI组的患者缺乏免疫途径富集。随后使用Kaplan-Meier曲线进行的生存分析对患者进行区分，Cox比例风险模型将高CDI组患者与较高的死亡风险显着相关，使用主成分分析（PCA）进行差异基因表达分析和细... 阅84 转2 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
细胞分裂周期相关蛋白5（CDCA5），也被称为由CDCA5基因sororin编码，胞外信号调节激酶（ERK）使Ser209处的CDCA5磷酸化可以抑制肺癌细胞的增殖，这在诱导CDCA5的外源表达后被逆转。为了阐明CDCA5促进肝癌形成的潜在机制，使用RNAseq分析了CDCA5高和低组的基因表达（以CDCA5低组为参考，1652个基因上调（≥1.5倍），而1885个基因下调（≥1.5倍）... 阅28 转0 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
4、模块相关的ncRNA和TF.在这项研究中，作者从GEO收集了GSE110226中AD的基因表达谱和正常人对照，确定了AD 和健康对照之间差异表达的基因并构建PPI网络，然后进行富集分析，使用超几何分布预测了与AD相关的功能模块中涉及的潜在ncRNA和TF调节因子，确定了70个差异表达的TF，另一个数据集验证了PPI网络中的10个基因和5个TF的最高W值，从而确定了... 阅71 转4 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
[原]9+免疫预后模型真香系列 文章中作者利用能够识别B细胞特异LncRNA表达模式和TIL-Bs LncRNA验证的TILBLncSig，通过系列的综合免疫、LncRNA和临床分析分析，证明TILBLncSig的作为预测生物标志物的临床结果和患者的免疫治疗响应BCa的潜在作用。通过整合免疫浸润、LncRNA和临床分析，探索TILBLncSig作为BCa患者临床结局和免疫治疗反应预测生物标志物的潜力，并揭示了使用PD-... 阅59 转0 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
文章中作者鉴定IgG4-RD患者血清和组织样品中几种不同表达的蛋白质，进行WGCNA、KEGG通路等蛋白质组学和转录组学的综合分析，确定了可能参与IgG4-RD发病机制的多个过程、因素和几种信号通路，并发现了IgG4-RD的一些潜在治疗靶标。鉴定了与健康人相比IgG4-RD患者血清和组织样品中几种不同表达的蛋白质，阐明了IgG4-RD中免疫炎症反应的特征，这些... 阅80 转1 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
差异分析结果显示，C1亚型有509个关键基因，C2亚型共2042个，C3亚型共279个关键基因。本研究从代谢的角度对肝癌进行了分类，对来自TCGA和ICGC共602个样本进行综合分析，将2752个先前表征的代谢相关基因的测序数据用于非负矩阵分解聚类，鉴定出HCC的三个亚型（C1，C2和C3），并分析了数据集的代谢特征，预后价值，转录组特征，免疫浸润，临床特... 阅241 转3 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
免疫预后模型+自测样本发8分。根据多重Cox回归建立了预后免疫评分模型的公式（风险评分=调节性T细胞* 2.526-静息CD4 T细胞* 1.761-γ-δT细胞* 2.334 +活化的NK细胞* 3.408 +单核细胞* 2.645 + M0巨噬细胞* 1.591），并根据此模型计算出训练队列中每个样本的免疫评分。为评估此预后模型的效果，将相同的公式和预后免疫评分模型应用于验证队列，... 阅154 转1 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
文章中作者根据三个人类供体肾脏的23,366个高质量细胞的scRNA-seq数据，并将其分成10个簇，近端肾小管（PT）细胞被分为三种亚型，而导管细胞则被分为两种亚型，提供了较为全面的人肾脏细胞的转录图谱。并基于在以前的研究中报告的标记基因进行细胞类型分为1-10类，分别对应于近曲小管细胞，近端小管细胞，近端直小管细胞，NK-T细胞，单核细胞，... 阅191 转0 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
2020年生信SCI文章数据年度回顾。J Cell Mol Med.Int J Mol Sci.以接收量>20篇，影响因子>3筛选条件，期刊影响因子排序如下：67按照影响力排序，TOP10期刊是Theranostics（8.58分）Cancers (Basel)（6.13分），Bioinformatics（5.61分），J Cell Physiol（5.55分），Front Cell Dev Biol（5.2分），Front Immunol（5.09分），Front Oncol... 阅354 转3 评0 公众公开 21-02-18 16:48 |
