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单细胞拟时分析(非monocle)及个性化作图KS集合。RNA速率分析及个性化可视化。可能一提到拟时分析，大多数想到的是Monocle，主要是使用和传播比较广，但是除了monocle还是有很多的工具，RNA速率是其中之一。按理来说RNA速率的结果可行度最高，但是其分析难度比较大，需要上游分析，所以很多人望而却步，但是一个RNA速率的分析确实很有说服力！ 阅1 转0 评0 公众公开 24-05-06 10:09 |
国内研究生上课有必要“自欺欺人、装逼式”的使用英语吗？“你知道英语多重要吗？不学习英语，怎么看得懂学术文献，权威的学术期刊，学术教材都是英文的。你读到研究生博士就知道，看文献都是外语的”。请您打住，我们要讨论的问题不是学不学英语，而是有些教育、有些场合真的有必要使用英语吗？欧美用英语授课、英语写作、英语发表学术论文，... 阅1 转0 评0 公众公开 24-05-04 10:09 |
pySCENIC单细胞转录因子分析及个性化作图KS集合。pySCENIC分析及个性化可视化SCENIC分析在单细胞转录组文章中应用很广了。有很多小伙伴问我们有没有R语言分析的教程，明确一下，没有，官网作者都建议使用pySCENIC，因为R语言分析太耗费时间和内存了。关于pySCENIC的下游分析，我们提供了R语言版和python版，以及其他个性化的分析教程和可视化内... 阅7 转0 评0 公众公开 24-05-03 10:06 |
Monocle单细胞拟时分析及个性化作图KS集合。Monocle2及个性化可视化。Monocle2目前还是受大家欢迎的单细胞拟时分析工具。Monocle3及个性化可视化。Monocle3和monocle2是一个团队的，但是monocle3并不是monocle2的升级，而是完全不一样的，所以很多小伙伴不好上手。但是其实分析也不难，monocle2上的一些可视化，monocle3也能够实现！ 阅8 转0 评0 公众公开 24-05-02 10:36 |
2024年你拥有一个具有Rstudio、有jupyter、具有root权限的服务器了吗？我们的精彩内容就可以完全胜任分析了：《KS科研分享与服务》付费内容打包集合很多小伙伴都由服务器的需求，但是不知道使用哪家的服务器。这里我们推荐一款生信服务器，也是我们日常在用的具有root权限的服务器，光root权限这一点就很吸引人！2、西柚云生信服务器预留了Rstu... 阅3 转0 评0 公众公开 24-05-02 10:36 |
Cellphonedb单细胞转录组通讯分析及个性化作图KS集合。CellPhoneDB的使用率和Cellchat（Cellchat单细胞转录组通讯分析及个性化作图KS集合）是旗鼓相当，是单细胞通讯最常用的工具之一。因为很多小伙伴并不使用python，所以感觉cellphonedb的分析很难，其实不然，相比于cellchat那么多的步骤，CellPhoneDB算是很简单了，我们也有视频教程。Cellp... 阅4 转0 评0 公众公开 24-04-30 10:15 |
Cellchat单细胞转录组通讯分析及个性化作图KS集合。Cellchat细胞互作及个性化可视化。Cellchat是出镜率很高的单细胞转录组互作分析的工具，是基于R语言的分析，整个分析过程来说还是比较简单流畅的。需要注意的是，2024年要更新一下，因为数据库更新了，关于cellchat V2的教程我们也已经更新了。Cellchat V1、V2分析（流程基本没有变化）Cellch... 阅4 转0 评0 公众公开 24-04-29 09:39 |
plot_cellchat_LR(cellchat_obj = MDA.cellchat, celltype_inter = c(''Mon'',"Fibs","ECs"), celltype_color = c(''#FFE060''=''Mon'', ''#FA8E24''="Fibs", ... 阅14 转0 评0 公众公开 24-04-22 10:09 |
复现Nature图表：单细胞UMAP图指示celltype和marker基因?setwd(''''''''D:\\KS项目\\公众号文章\\复现nature单细胞UMAP降维图修饰'''''''')library(Seurat)library(ggplot2)library(ggrastr)library(tidydr)library(dplyr)library(ggrepel)# load("C:/Users/tq199/Downl... 阅8 转0 评0 公众公开 24-04-15 10:12 |
垃圾导师往后若是相遇且不必假惺惺寒暄，给其两脚！你见过这样的导师吗？你听过这样的导师吗？想必你已经知道有这样的导师，辱骂学生，压榨体力，践踏思想。如果你运气足够好，遇到贵人导师，且你足够优秀，那么这样的师长值得跪拜！当然这样的导师依然也有人成全，可能你身边也有这样的人，明明与你一样，但是他会“舔”，会“同流”，远离他... 阅3 转0 评0 公众公开 24-04-12 08:51 |
