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单细胞和WGCNA联合分析揭示影响CEP稳态的关键MSCs生态位和致病基因。(1)从GSE153761的6个样本中(3疾病3对照)进行常规WGCNA流程分析,发现与疾病分组的核心模块,进行通路分析;(4)使用CellPhoneDB对CEP的6类细胞(包括mesenchymal chondrocytes的3个亚型)进行配受体对水平的细胞通讯分析。这一部分的核心结论是发现了mesenchymal chondr...
肿瘤组织中产生CXCL13的CD8+ T细胞可以促进三级淋巴结构(TLS) B细胞的形成,而CCL28-CCR10轴是IgG浆细胞从TLS外周向肿瘤基质迁移的关键。此外,肿瘤组织中TLSs主要被IgG浆细胞包围,而不是IgA浆细胞。综上所示,CD8_LAYN_CXCL13 T细胞对CD20+CXCR5+ B细胞具有趋化作用,从而促进TLSs的形成和成熟,成熟的B细胞一旦离开TLSs,可能会分化为IgG浆...
张泽民的最新nature单细胞文章做的是肝癌相关研究,所以第一层次降维聚类分群是:跟我们一直推广的一致:通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是:参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。
单细胞数据:17个组织样本,包括正常肺组织(n = 4)、原发性肺腺癌(未治疗者7例,新辅助化疗后1例,肺腺癌脑转移n =3,肺腺癌骨转移n =1,肺腺癌肾上腺转移n =1)。E2:E1中的4种细胞+两种参与严重肺损伤修复的肺再生祖细胞、SOX2-derived KRT5+ basal-like cells、AEP(肺泡上皮祖细胞)+ NE(神经内分泌细胞)。对比正常肺组织创伤愈合和原发...
dbh <- CellChatDB.human lapply(dbh, dim)dbm <- CellChatDB.mouselapply(dbm, dim)dbz <- CellChatDB.zebrafishlapply(dbz, dim)# install.packages(''''''''homologene'''''''')#Rlibrary(homologene)tmp <- human2mouse( cg )tmp <- na.omit(tmp) #去除NA...
### Load in/preprocess your data, this might vary based on your file type# load in counts matrixcounts <- as.data.frame(readr::read_csv(file.path(datadir,"counts.csv"))) coords <- read.csv(file.path(datadir,"coords.csv"))rownames(counts) <- counts[,1];# load in cell typesnUMI <- read.cs...
对 320 名透明细胞肾细胞癌 (ccRCC) 患者的原发性肿瘤和配对转移性病变先前的研究强调了常见驱动事件,包括含有四种肿瘤抑制基因的 3p 染色体缺失:VHL, SETD2 , BAP1和PBRM1该研究旨在探索肿瘤内异质性与临床结果多样性之间的关联image.png肿瘤进化与免疫微环境:image.png肿瘤进化和免疫逃逸。肿瘤新抗原驱动 T 细胞免疫反应性,在克隆新抗原...
(Research)高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性。NSCLC:非小细胞肺癌ICI:免疫检查点抑制剂LUSC: 肺鳞癌LUAD:肺腺癌TAN:肿瘤相关中性粒细胞NAN:正常组织c''''''''o''''''''n''''''''d'''...
从这个角度来看,「表观遗传异质性和细胞可塑性也可以体现肿瘤进化的特征」,该文章从多个角度探索影响肿瘤进化的影响因素,并探索其在癌症进化和适应中的作用。应用bulkRNA-seq来量化EMT和MET的转化是出现两个挑战:EMT 标记的表达可能来自肿瘤和非肿瘤细胞(例如癌症相关成纤维细胞)无法确定给定的 EMT 评分是否反映了单个肿瘤细胞的内在状...
压力超载心衰小鼠心脏免疫浸润的单细胞测序揭示了免疫激活程度文献信息。3.心脏中原本有大量B细胞,细胞簇0、2、11、17为四组B细胞,各簇随病变都有变化,为验证其变化,还做了免疫组化、流式细胞、免疫荧光的验证,确定心肌损伤后B细胞会被激活扩增。T细胞激活变化,CD8+和CD4+均有出现,其中CD4+更为重要,细胞簇6、15为CD8+,细胞簇9、13为C...
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