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三种方法构建系统发育树 学习笔记所用数据为一个属内不同种不同群体的叶绿体基因组序列，数量为80条。一般文章中所用的系统树的拓扑结构都为ML或BI树，所以要把MP的bootstrap值标到ML/BI法的底树上。ML法采用的搜索方法主要是启发式搜索，步骤如下：通过NJ树或逐步添加序列的方法构建初始树；BI法与ML法不同的是，前者根据提供的数据和选择的替... 阅715 转1 评0 公众公开 22-04-27 11:04 |
第三章，DNA序列的进化演变31、前言。3.1、两个序列间的核苷酸差异。来自同一祖先序列的两条后裔序列，之间的核苷酸的差异随着时间的增加而变大。该模型假定任一位点的核苷替代都已相同频率发生，且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其它任意3种核苷酸中的一种。3.12、核苷酸序列的对位排列。3.13、进化距离估计中有关序列间隔的处理。 阅191 转0 评0 公众公开 22-04-27 10:34 |
当然，不同测序平台的测序长度不同（例如，我司使用illumina平台进行mRNA测序得到的序列长度为150bp），只要实测reads长度集中于理论测序长度即可。图形判断：如果有任何 read 出现的比例超过总 reads 数的 0.1 % 则报 WARN（黄色，！），超过总 reads 数的 1 % 则报“FAIL（红色，X）”。如果''''''''Adapter... 阅781 转4 评0 公众公开 22-04-21 17:22 |
横轴：序列上各位置的碱基（1-150，共150个碱基）解释：上图表示，对该文件中的29409041条序列上每个位置的碱基进行质量检测，得到各个位置碱基的质量情况。三色背景图按照质量分数分为三部分：绿色（碱基质量很好）、黄色（碱基质量一般）、红色（碱基质量差）。横轴：测序序列上150个碱基的位置。解释：这一模块是检查在测序平台上，reads中... 阅563 转6 评0 公众公开 22-04-21 17:21 |
在scaffold行中包括scaffold名字、contig长度和该scaffold长度。在contig行包括contig名字、contig在scaffold上的起始位置、正反链、长度和contig间的链接信息*.links：contig间的pair-end连接信息*.readOnContig：reads在contig上的位置*.peGrads： 主要可以通过调整本文件中的参数来显示构建scaffold所用到的插入片段库的个数，总共要到的rea... 阅1 转自翾园 公众公开 22-04-19 14:23 |
PCR 的过程中不同长度的文库分子被扩增的效率不同（GC 太高或 AT 含量太高都会影响扩增效率），PCR 更倾向于扩增短片段的文库分子，这里先不考虑文库片段扩增效率的差异，把问题简化一下，假设所有文库分子扩增效率都相同。PCR duplicate 的主要来源是同一个文库分子的不同拷贝都在 flowcell 上生成了可以被测序的 cluster ，导致同一个分子的... 阅49 转1 评0 公众公开 22-04-18 17:07 |
chr1.fa chr2.fa chr3.fa chr4.fa chr5.fa chr6.fa chr7.fa chr8.fa chr9.fa chr10.fa chr11.fa chr12.fa chr13.fa chr14.fa chr15.fa chr16.fa chr17.fa chr18.fa chr19.fa chr20.fa chr21.fa chr22.fa chrX.fa chrY.fa chrM.fa将需要的染色体进行合并，并移动到单个fa文件暂存文件夹。 阅1 转自头头wzdh9... 公众公开 22-03-15 11:27 |
选购生物信息分析用笔记本电脑应该考虑的因素。系统运行时CPU需要读取硬盘上存储的数据，但是CPU的运算速度远远高于硬盘的读取速度，直接交换数据的话，效率很低。固态硬盘虽然不能直接提升笔记本的运算速度，但是在日常操作中可以让你感到丝般顺滑，所以强烈推荐选购带固态硬盘的笔记本，不过固态硬盘目前价格还是比较昂贵，可以选择固态硬盘... 阅1085 转1 评0 公众公开 22-01-18 14:21 |
问答集锦：什么是脚本语言？现在回到VBA上面来，给大家提一个问题：VBA也是一个解释型的语言，但是我们能像运行Python程序那样，直接在Windows中运行VBA写的程序吗？因此，我们称VBA这种语言为“依赖于宿主系统的脚本语言”。这就是一个脚本语言程序，使用的是windows的powershell语言，意思就是说，将D盘上所有修改日期在2017年5月1日到2017年... 阅25 转0 评0 公众公开 22-01-15 20:13 |
病例对照研究。代表性：病例要足以代表总体的病例，对照要足以代表产生病例的总体人群或源人群 可比性：病例组与对照组在年龄、性别等主要特征方面无明显差异 病例的选择： 社区 被研究的总体人群中的全部病例或者总体中随机样本人群中的全部病例（社区） 这些病例的代表性好，但调查工作比较困难，且耗费人力、 物力较多医院 医院住院或门诊的... 阅1665 转1 评0 公众公开 22-01-10 17:49 |
