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力闻 | 连续序列空间中的蛋白质幻想。在介绍文章方法之前，先简单回顾一下AF2模型的主体架构：AF2模型的输入包括三个部分：蛋白质原始序列，模板结构（template），以及同源序列（Multiple Sequence Alignment，MSA）。本次研究表明蛋白幻想的主要优势集中于“高可设计性”的蛋白主链生成任务，使用连续序列空间优化克服了之前的优化问题，蛋白... 阅47 转0 评0 公众公开 23-05-15 21:36 |
力闻 | Foldseek: 蛋白结构比对进入10秒的时代。实验部分，Foldseek与六种蛋白质结构对齐工具、无对齐结构搜索工具(Geometricus)以及序列搜索工具(MMseqs2)进行了比较。该项研究将蛋白质结构搜索的速率提高到了一个新的高度，并设置了一套新的蛋白质结构字母表，可以说是蛋白质结构描述的一种新型语言序列，有助于改进蛋白质同源性推断，在新型... 阅541 转2 评0 公众公开 23-05-15 21:35 |
AlphaFold2升级版来了——AlphaLink.排版丨水成文2021年7月16日，谷歌公司旗下 DeepMind 团队在 Nature 发表论文，描述了神经网络 AlphaFold2，AlphaFold2 能以前所未有的准确度根据蛋白质的氨基酸序列预测其三维结构。在这篇论文中，研究团队提出了一种新的蛋白质结构预测方法——AlphaLink，它将光反应氨基酸（Photo-AA）交联的实验数据直接... 阅32 转0 评0 公众公开 23-04-04 09:32 |
以Cyclin D1靶蛋白为例，Cyclin D1与下游蛋白CDK4/6形成复合体，考虑到没有报道Cyclin D1小分子配体，因此研究者利用CDK4/6小分子高效、选择性的抑制剂设计并合成了一系列可能的桥接PROTAC分子，经过优化筛选发现MS28能有效降解Cyclin D1【J. Am. Chem. Soc. | 桥接PROTAC技术靶向降解无小分子配体可及的蛋白靶点】。针对蛋白含量的测定，在测... 阅114 转1 评0 公众公开 23-01-30 14:15 |
Jennifer Doudna最新综述：一切过往，皆为序章，CRISPR基因编辑的未来刚刚开始编译丨两只梨来源丨丁香学术簇状规则间隔短回文重复（CRISPR）基因组编辑的出现，以及计算和成像能力的进步，使得编辑细胞和生物体中的 DNA 片段或特定的碱基对成为可能。（E）CRISPR 碱基编辑器。当前，基于CRISPR实现人类基因编辑以治疗疾病的策略分为两种：体外... 阅40 转0 评0 公众公开 23-01-21 16:26 |
从名不见经传，到Nature 年度十大人物丨大数据揭秘北大曹云龙的异军突起之路Bringing medical advances from the lab to the clinic.曹云龙；1，高影响力论文A，所有论文的分布如果只看论文的数量，显然对曹云龙有失公平。分析曹云龙及其团队发表的论文期刊可以看到，该团队发表了大量顶刊论文。如果看曹云龙团队发表的高影响力论文的题目，则... 阅1 转自我思故我... 公众公开 23-01-14 09:02 |
Nature子刊：细胞外囊泡装载mRNA的蛋白质替代疗法，一种全新mRNA递送方法为其他基因疗法打开...我们30岁后每年都会不可逆地流失1%的皮肤胶原蛋白，进而引起组织衰老和病变。研究人员构建了基于细胞外囊泡的细胞外基质I型胶原蛋白α1（extracellular-matrix α1 type-I collagen，COL1A1）mRNA药物装载系统，通过透明质酸微针（hyaluronic acid ... 阅12 转0 评0 公众公开 23-01-13 18:49 |
mRNA疫苗最大争论尘埃落定，化学修饰的mRNA才是传染病疫苗的正确选择编译丨王聪编辑丨王多鱼排版丨水成文这只是一个小小的化学调整，但它却在mRNA研究界却引发了巨大的分歧。支持者认为，对mRNA骨架进行简单的化学修饰，对mRNA疫苗的成功至关重要，这些修饰能够帮助mRNA疫苗在不引起明显副作用的情况下诱导强效免疫反应，还能提高mRNA的稳定性... 阅8 转0 评0 公众公开 23-01-13 18:47 |
力闻 | Chroma: 端到端可编程式的蛋白质设计扩散模型。2.1 结构约束扩散模型现有的一些蛋白扩散模型方法会在二面角、接触图上等低维度信息上进行，本文指出由于高斯噪音方法属于无关扩散，在三维信息上进行高斯噪音去噪需要模型从头学习这些基本的结构关系，而这往往又是不理想的。如上图架构所示，ProCap在语言和结构模型外，通过可学习的线性... 阅698 转6 评0 公众公开 22-12-17 11:27 |
