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因为关注的是能够杀伤肿瘤细胞的CD4+T，CD8+T细胞以及NK细胞，所以对这三类细胞进一步进行了降维聚类，鉴定出22个细胞群后与内皮细胞和成纤维细胞的8个细胞群进行细胞通讯，挑选出与三类细胞通信数量及强度均最高的SFRP2+, MYH11+, CD69+成纤维细胞，CD234+内皮细胞。图D是两组患者各自12群髓系细胞与T细胞以及NK细胞的通讯情况，发现以CCL17+... 阅32 转0 评0 公众公开 23-09-19 18:09 |
作者从GEO数据库中获得了3个PCOS和RIF数据集，通过WGCNA、功能富集分析和三种机器学习算法分析差异表达基因和模块基因，从而确定了2个诊断基因GLIPR1和MAMLD1。1. 图4A：PCOS和RIF的DEGs共有11个基因重叠，图4B：只有一个基因与WGCNA分析的基因重叠，图4C：这12个基因可能与PCOS和RIF的发病机制有关，且具有共享关系。PCOS和RIF组的机器学习结... 阅42 转1 评0 公众公开 23-09-02 18:09 |
作者分离了9763个上皮细胞，并根据不同的免疫细胞标记将其分为8个亚组，包括以KRT18标记的内皮细胞1 ( Epi1 )，以MUC5AC标记的内皮细胞2 ( Epi2 )，以CEACAM5标记的内皮细胞3 ( Epi3 )，以ITLN1标记的杯状细胞，以FABP1标记的肠细胞，以MUC6标记的胃窦基底腺黏液细胞( GMC )，以PGA4标记的主细胞和以CHGA (图5A-B)标记的肠内分泌细胞。总之，肿... 阅80 转0 评0 公众公开 23-08-29 18:15 |
基于基因的分子亚型分析技术将在未来的肿瘤治疗中发挥关键作用，最近的大规模单细胞测序揭示了HCC的免疫微环境亚型，深入分析了肿瘤相关中性粒细胞的功能异质性后发现以肿瘤相关中性粒细胞为靶点可能成为治疗 HCC 的一种新的免疫疗法策略。在本研究中，作者从单细胞转录组出发，筛选出中性粒细胞的marker基因，使用整合了101种机器学习算法的框... 阅61 转0 评0 公众公开 23-08-27 18:09 |
以Pan-cancer AND proteogenomics为关键词查文献，平均影响因子：21.34！proteogenomics是一门综合蛋白质组学和基因组学的研究领域，旨在通过结合蛋白质组学和基因组学的方法来深入理解基因组中的功能元件和蛋白质产物。蛋白质组学与基因组学的互补性：基因组学研究可以提供基因组序列信息，但无法直接揭示基因组中哪些基因转录成蛋白质。基因... 阅14 转0 评0 公众公开 23-08-24 18:12 |
由AAV引起的肾小球肾炎称为ANCA相关性肾小球肾炎(ANCA-GN)。使用28种免疫细胞浸润或免疫反应来探索ANCA-GN组和对照组之间的免疫特征差异（图7A），ANCA-GN组的CCR、巨噬细胞、T细胞抑制和TIL水平明显高于健康对照组（图7B）。对ANCA-GN患者和肾透明细胞癌患者邻近肾组织中肾组织中NRG的免疫组织化学染色（图10G），证实NRG在ANCA-GN中明显过度... 阅18 转0 评0 公众公开 23-08-23 18:09 |
如图3E，CHS1主要对应于CMS2和CMS3，CHS2没有倾向性分布，CHS3主要属于CMS4，这与CHS的标志性特征和预后特征一致。Fges在三个亚型中的特征是不同的（图4E）.CHS1主要属于D和IE亚型，CHS3主要属于IE/F和F亚型，这表明CHS3高度纤维化，对免疫治疗反应不佳（图4F）。TCA循环和硫辛酸代谢在CHS1中比在CHS3中更活跃，其他代表性特征在CHS3细胞中比在... 阅19 转0 评0 公众公开 23-08-19 18:12 |
CD8+T细胞浸润较多，但与高CYP68A31表达相比，低CYP19A1表达的人结肠癌组织中CD19细胞（巨噬细胞）、α-SMA细胞（CAFs）和CD1细胞（内皮细胞）的比例较低（图 5E）。作者分析了相同活检中的PD-L1表达，发现PD-L1+ CAF和巨噬细胞在CYP19A1高表达组中明显高于低CYP19A1表达组（图 5F）这些数据表明，高CYP19A1表达导致预后不良，伴随着结肠癌CD8+... 阅57 转0 评0 公众公开 23-08-16 18:09 |
根据相应的典型标记基因的表达，将26个簇注释成T细胞、NK细胞、B细胞、骨髓细胞、中性粒细胞、浆细胞、浆细胞质细胞DC（pDC）、肥大细胞、基质细胞（纤维细胞/内皮细胞）和上皮细胞（图1B）。2.集群NK_FCGR3A是细胞毒性细胞最具代表性的细胞，通过FCGR3A（CD16a）、FGFBP2和CX3CR1的表达与NK_KLRD1细胞区分开来（图3B）.鉴于CX3CL1在MPR患者癌... 阅62 转0 评0 公众公开 23-08-11 18:15 |
7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！3. 作者注释了5种类型的免疫细胞簇：簇0，6，8，11为CD8 + T细胞，簇1，4，9为CD4 + T细胞，簇2，3为B细胞，簇5，10为单核细胞和树突状细胞，簇7为NK细胞（图1D）。在16个样本中，5种主要类型免疫细胞的数量和比例表现出高度的相似性，表明... 阅54 转1 评0 公众公开 23-08-08 18:09 |
