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【靶向降解】E3连接酶KLHDC2的小分子配体设计及应用。为方便说明，将一个KBC二聚体内部的两个KLHDC2分别命名为KLHDC21和KLHDC22，另一个二聚体中对应的两个则命名为KLHDC21’和KLHDC22’；KBC-E3复合物的聚集状态-酶活调控模型如前所述，结构分析表明KBC复合物的形成比较依赖于KLHDC2 C端和相邻蛋白底物口袋的循环组装模式，低亲和力的KLHDC2 C... 阅5 转0 评0 公众公开 24-04-15 17:42 |
为了了解分形形式如何组装，作者通过冷冻电镜解析了蛋白质谢尔宾斯基三角形的零阶（6聚体，3.1??）、一阶（18聚体，3.9??）和二阶（54聚体，5.9??）结构（图4b）。为此，作者首先构建了细长聚球藻CS蛋白的系统发育树，其中来自海洋γ-变形菌的CS蛋白作为外群（图7a）。希望如作者所言，随着蛋白复合物表征技术的发展和宏基因组文库的不断丰富，... 阅13 转0 评0 公众公开 24-04-13 12:33 |
爱因斯坦医学院生物化学系杨为课题组招聘博士后。杨为博士的研究重点是全新蛋白质-蛋白质相互作用设计，以及全新设计蛋白质在癌症治疗中的应用，相关工作发表在Chemical Science， FEBS letters， Current opinion in structural biology等期刊，并拥有多项美国专利。基于以上工作基础，杨为实验室在爱因斯坦医学院依托生物化学系和癌症中心，... 阅5 转0 评0 公众公开 24-04-12 11:27 |
SPR测得RMC-7977-CYPA复合物的Kd为195 nM，RMC-7977-CYPA-KRAS（G12V）复合物的Kd为85 nM；图3. BERT结果为了验证CYPA/ RMC-7977二元复合物的形成对细胞活性至关重要，作者使用了竞争性CYPA抑制剂或敲除编码CYPA的基因（PPIA），结果表明，在NCI-H441 (KRAS G12V, NSCLC)和AsPC-1 (KRASG12D, PDAC)细胞中，RMC-7977抑制RAF-MEK-ERK信号和增殖需... 阅19 转0 评0 公众公开 24-04-11 09:09 |
图8. d）DCAF16滴定BRD4Tandem a）DCAF16滴定BRD4Tandem-IBG1紧接着作者证明了BD1/2同时存在是IBG1发挥作用的基础，也解出了BRD4Tandem-IBG1-DCAF16-DDB1的复合物结构（图9）。图12. 二价Bromodomain抑制剂作者在专利中还发现类似的结构——IBG4（图13），该化合物也能降解BRD4，机制与IBG1类似，但是IBG4降解BRD4依赖DCAF11,而不是DCAF16，且D... 阅6 转1 评0 公众公开 24-04-07 17:15 |
【一图看懂】2023年获FDA批准的小分子新药及药物设计思路。分子设计思路：Vamorolone显然是皮质醇（氢化可的松）和泼尼松龙（1,2-脱氢皮质醇）的衍生物，结构上少了羟基，多了双键和甲基。基本信息：Capivasertib是由阿斯利康开发的丝氨酸/苏氨酸激酶AKT（AKT1-3）的ATP竞争性抑制剂，与氟维司群联合用于治疗患有激素受体（HR）阳性、HER2阴性... 阅6 转0 评0 公众公开 24-03-13 11:09 |
2024年2月FDA批准上市了2款药物：治疗复杂性尿路感染的Exblifep和肉毒杆菌毒素Letybo。2/29/2024: Letybo(letibotulinumtoxinA-wlbg)基本信息：Letybo是由Hugel（韩国最大医美产品公司）开发的A型肉毒杆菌毒素，是一种乙酰胆碱释放抑制剂和神经肌肉阻滞剂，用于暂时改善与眉间肌和/或鼻直肌活动相关的中度至重度眉间纹的外观。Letybo通过抑制乙... 阅29 转0 评0 公众公开 24-03-12 12:39 |
结果如图3a所示，疏水相互作用仍然是最常见的互作类型，而其他相互作用类型的比例均有所降低，其中，氢键从59%降到了34%，离子相互作用从13%降到了7%。之前的理论结果认为酪氨酸与苯丙氨酸形成阳离子-π相互作用的能力相同，但实验结果观察到蛋白质分子内阳离子-π作用中酪氨酸占比高于苯丙氨酸，酪氨酸额外的形成阳离子-π相互作用能力可能是... 阅25 转0 评0 公众公开 24-03-08 10:15 |
为了实现高效的反应条件探索，此前最先被人们尝试的优化算法是贝叶斯优化，而在本文中，深耕高通量反应领域多年的Doyle课题组（2021年，Prof. Doyle从Princeton移至UCLA）与药企巨头BMS联手，开发了基于多臂老虎机的优化算法来探索反应条件，相比2021年nature工作中用贝叶斯优化器对单一反应物优化反应条件，不仅在此前的数据集上达到了更优的... 阅28 转0 评0 公众公开 24-03-06 09:42 |
【深度学习】Str2Str：基于分数模型的zero-shot蛋白质构象采样方法。——结果——之后，作者对Str2str的效果进行了benchmark。Benchmark结果如下表1所示，其中PF表示使用概率流进行采样的结果：表1. Str2str的benchmark结果可见，与之前的EigenFold和idpGAN相比，Str2str不仅在有效性和保真度上有优势，在多样性上超过之前的方法很多，同时和MD... 阅15 转0 评0 公众公开 24-03-05 09:12 |
