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【分子胶】DEL助力分子胶发现案例赏析。图6. A.化合物库在BRD9上的表现，1，2，3为阳性化合物 B.SPR测试阳性化合物与BRD9二元结合力 C.SPR测试，在FKBP12存在下阳性化合物与BRD9的结合 D.细胞上测试阳性化合物诱导FKBP12-分子胶-Bromodomain三元互作 E.细胞上测试阳性化合物诱导FKBP12-分子胶-全长BRD9三元互作 F. BRD9抑制剂BI-7273与阳性化合... 阅4 转0 评0 公众公开 25-04-08 09:33 |
巨噬细胞特异性PHGDH通过抑制TAK1减缓脂肪性肝病进展。此外，PHGDH的V425M突变既能够降低PHGDH四聚体的稳定性，也能减弱PHGDH与TAK1的相互作用。本文鉴定到了PHGDH在肝脏巨噬细胞中的一种新的非酶活功能，通过影响TAK1激酶的激活调控巨噬细胞介导的固有免疫反应。此外，作者证明PHGDH/TAK1的相互作用与脂肪性肝病MAFLD的进展相关，而抑制TAK1或... 阅3 转0 评0 公众公开 25-04-03 19:12 |
【作者来稿】SubTuner：以物理建模赋能AI，突破酶工程的非天然底物挑战——背景——。SubTuner通过系统性物理计算，预测能提升酶对非天然底物催化能力的关键突变，性能全面优于目前最新的AI与生物信息学工具。结果显示，SubTuner在预测准确度、功能提升幅度、突变体多样性等关键指标上均优于上述工具，表明其不仅可以补足AI筛选的不足，更能作... 阅27 转0 评0 公众公开 25-03-30 11:42 |
【分子设计】分子胶如何快人一步——探索CRBN底物组（下）在前半部分中，作者通过计算方法发现了人类蛋白质组中存在大量G-loop蛋白，并明确了这些G-loop蛋白可被化合物诱导接近CRBN，但“接近（Proximity）”是蛋白降解的必要不充分条件：以本文中的Cpd1为例，Cpd1可诱导CK1α，NEK7，SCYL1，MNAT1，ASS1，CHD7，PPIL4等多种蛋白接近CRBN（Turb... 阅10 转0 评0 公众公开 25-03-28 10:36 |
【蛋白设计】David Baker无序蛋白binder设计（下）作者首先对Amylin（37个残基调节血糖的激素）进行了binder生成，仅输入Amylin的序列信息，采用针对柔性目标进行微调的RFdiffusion的方法，生成了包含Amylin和其binder的各种构象的复合物，在连续的去噪步骤中，Amylin呈现出不同的构象，而binder的残基分布围绕Amylin变化，逐渐组织成一个折叠... 阅8 转0 评0 公众公开 25-03-26 10:36 |
Nature｜“马师傅教你做三明治”：蛋白质-小分子新界面的配体设计MaSIF-Neosurf（下）与未结合小分子的纯蛋白相比，二元复合物中小分子贡献了约10-12%的预测目标掩埋表面积，而界面的预测结合能提高了17.0-27.7%，该结果表明小分子对结合事件的小而关键的贡献。actinonin-PDF1的配体DBAct553_1 KD = 542 nM，Venetoclax-Bcl2的配体DBVen1619_1 ... 阅7 转0 评0 公众公开 25-02-26 09:27 |
Nature｜“马师傅教你做三明治”：蛋白质-小分子新界面的配体设计MaSIF-Neosurf（上）本文作者提出了一种针对新表面（即由蛋白质结合小分子后形成的二元复合物的新表面）设计蛋白质配体的计算策略，并在三对蛋白质-小分子二元复合物上进行了实验验证。分子胶诱导的三元复合物由蛋白质A，蛋白质B以及小分子组成，本文的核心是设计蛋白质A-小分子... 阅15 转0 评0 公众公开 25-02-25 14:03 |
【蛋白别构】来鲁华组发展了基于多模态深度学习框架预测功能性磷酸化位点及其调控类型的方法MMFuncPhos.为了预测不同磷酸化位点如何影响酶活性，作者收集了具有抑制或增强酶活性的磷酸化位点数据。为了便于用户使用，作者将这两个预测模型整合到了MMFuncPhos网站中（http://pkumdl.cn:8000/mmfuncphos/），用户只需要输入序列和想要预测的磷酸... 阅11 转0 评0 公众公开 25-01-18 09:33 |
【有机化学】多组分反应的计算机辅助设计与发现。动力学限制：通过对副反应步骤的速率进行初步分类（非常慢、慢、快、非常快、不确定），算法会检查副反应步骤的反应速率，确保主反应路径中的步骤不会被副反应步骤“劫持”。不相容基团的排除：通过明确定义不相容基团列表，算法能够在生成反应路径时自动排除那些可能导致副反应或反应混合物复... 阅7 转0 评0 公众公开 25-01-16 09:39 |
【蛋白设计】ChemNet: 蛋白-小分子复合物构象系综生成。比如，在蛋白质-小分子对接的体系中，网络的输入包括蛋白质主链坐标、氨基酸序列和其侧链坐标（这些侧链的原子坐标会在Cα原子周围随机初始化），以及小分子的化学结构（原子坐标在分子中随机原子周围随机初始化），通过去噪过程生成预测的结合构象，并通过多次构象生成构象系综。且ChemN... 阅9 转0 评0 公众公开 24-12-23 10:09 |
