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使用Misa结合Primer3来批量设计SSR引物 | Public Library of Bioinformatics.在MISA的下载页面中，提供了3个附加的 perl 脚本，分别是：Get_est_trimmer.pl，p3_in.pl 和 p3_out.pl。$ p3_in.pl filename.misa 调用 primer3_core.$ p3_out.pl filename.p3out filename.misap2_in.pl 和 p3_out.pl 这两支程序需要修改才能正常使用。open (IN,&qu... 阅948 转10 评1 公众公开 15-10-23 18:11 |
所以引物设计的最佳搭配是“Premier”进行引物搜索“Oligo” 对引物分析评价。下面进行序列筛选：点击其中一对引物，如第21#引物，在“Peimer Premier”主窗口，如图所示：该图分三部分，最上面是图示PCR模板及产物位置，中间是所选的上下游引物的一些性质，最下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错误引发情... 阅317 转8 评0 公众公开 15-10-23 18:09 |
阅937 转3 评0 公众公开 15-10-23 18:00 |
Promoter预测的相关软件及各个软件比较 | Public Library of Bioinformatics.在过去几年各个实验室都开发了不同的Promoter prediction program（启动子预测软件），但每个promoter预测软件设计的立足点各有差异，如何选择一直以来是大家比较关注的问题。相关论文：Toward a gold standard for promoter prediction evaluation。 阅478 转2 评0 公众公开 15-10-23 17:43 |
Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤，设计好的引物程序直接用Blast进行引物特异性验证。Primer-BLAST就会根据你输入的序列设计特异性引物，并且在目标数据库（在specificity check区选择）是唯一的。引物（Primers）如果你已经设计好了引物，要拿来验证引物的好坏。特别是，当你用NCBI的参考序列作为模板和参考序列数据库作为... 阅77 转0 评0 公众公开 15-10-23 17:19 |
