企业办公自动化系统(企业OA)从名称上讲与办公软件有相近之处，从概念上讲象MS Office等桌面办公软件也是办公自动化的组成部分。但从企业办公自动化系统(企业OA)的典型概念上，与桌面办公软件有着很大的差异。
桌面办公软件应该说也是一种重要的办公自动化工具。但它们主要解决的是个人办公，面向的是个人工作效率的提高。虽然目前桌面办公软件也逐渐有一些协同工作的功能，但都还是简单的协作，而无法面向企业级的、复杂的工作流程与协同工作。
而企业办公自动化系统(企业OA)则主要面向的是企业整体办公效率的提高，其重点在于对跨岗位、跨部门的流程进行电子化处理，提高协同工作的效率与规范性，加强各部门间的知识共享，提高整体办公效率等等。
