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历史地看，中西医的产生与发展过程有着本质的不同，这种差异导致了这两种医学的认识论与方法论的根本性区别。
中医理论是从人对自身乃至宇宙万物的生命及其能量流动的深刻体验出发的，中医治病的原理就是调整人身的能量动态使之归于平衡的常态，中医的一切理论都是围绕这种能量状态的消长变化展开的，理法方药莫不如此。如果偏离了这种观察思考的角度，处方用药必将变得毫无方向。所以中医学是以理论为第一要义的，经验只是在理论指导下的实践的积累。离开了中医的基本理论，即使用中药治病，也只能是简单的经验医学，不能归入中医纯粹的辨证施治体系了。
西医是随着解剖学与化学的发展产生并发展起来的，由于起点远离了直接的生命体验，导致了其认识论与方法论的机械主义倾向。一般来说，西医是把人体当作一部机器对待的，西医的治疗方法除了作用于诸大系统的内科化学疗法外，外科的方法更像是木匠或裁缝工作。这样就忽略了作为一个生命体的个人的生命力的能量存在状态，及其作用于人的直接或即发性病理状态。由于其认识论与方法论的局限，导致了西医治疗学体系的重大缺陷——无法正确诊断能量状态的非常态客观存在。常见的现实如：病人能够很明显地感觉得到自身的某种不适症状，但经过西医病理检查，却被告知没有病，于是，对于病人来说很现实的客观症状就被歪曲成了一种主观错觉。还有诸如手术后病人已经死亡，却得出了手术非常成功的荒谬结论，等等。&‘>>
这些现象从本质上来说都是由于其认识论与方法论的先天缺陷造成的，中医的认识论与方法论的客观实在性与可验证性，证实了中医理论针对疾病治疗的正确性的同时，也从客观上弥补了西医方法论上的这种先天不足。可惜绝大多数自以为很了解西医很相信科学的明白人并不能清醒地认识到这一点，他们熟视无睹或有意回避其局限性，科学在他们的头脑中已经图腾为一种拜物教似的迷信。
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