以清水徹底洗淨蔬果為主要且基本的方法，帶皮的蔬菜如瓜果類可經由軟刷或剝皮，可除去大部分或全部可能殘留表皮之農藥。
有人說農藥可能殘存在果蔬體內，此係指系統性農藥之殘留，此類農藥在蔬菜使用農藥中佔極少數，亦有人稱有些農藥不溶於水，是否用清潔劑或鹽清洗？事實上，農藥有許多種類，特性各異，無法概括性說明那一種溶劑可完全溶解，不過多少均溶於水且可經水解或光分解，而農藥殘留濃度為 ppm 或ppb 之極微量，故清洗蔬果仍以清水沖洗為宜，如用「清潔劑」來洗，洗後如未以大量水清洗乾淨，則其殘留將比農藥高，又會造成「清潔劑」之另一殘留問題。
各種蔬果清洗方式，建議如下：包葉菜類應去除外圍葉片，再拆成單片沖洗，如高麗菜、包心白菜等；小葉菜類應先將近根處切除，依葉片大小，分一葉或三、四葉以清水沖洗，如青江菜、小白菜等；果菜、瓜菜類如苦瓜、 小黃瓜等，可用毛刷刷洗，另青椒，有凹陷之果菜，易沉積農藥，應先將蒂切除，再沖洗；剝皮類的水果應先清洗後，再剝皮食用。
烹煮或烤食亦可將農藥分解，降低農藥殘留。蔬菜以外於肉類建議將肥肉部分捨去，因為農藥或其它毒物在肉類多累積在肥油部分。
