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执法人员依法进行检查时，执法人员（种子管理、工商、技术监督、公安）应出示有效证件、说明来意进行依法执行公务。
对种子进行现场扦样；扦样人必须具备：国家农业部颁发的有效《种子管理扦样员证》。
扦样后送检，必须双方都认可的《农业部农作物种质监督检验测试中心（如：北京、安徽、济南、河南等中心）》或农业部认可的农作物种质监督检验测试单位做鉴定，做出的结果或者农业部门安排种植鉴定做出的结果，才有法律效力。其它单位和个人及有品种权的单位对自己的品种做出的结果，是没有法律效力。
对产品有怀疑情况的可就地暂时封存，但时间最长不能超过一个月，在一个月内没有结果的应无条件解封。种子属特殊商品、季节性强，不能延误销售时机、错过种植季节，给经销商造成经济损失的，应依法向执法部门索赔。。
应用基因指纹图谱检测受限制。 目前，科学已测定清楚玉米、水稻 、小麦的全部基因及其排序，并绘制了其基因图谱，所以，对玉米、水稻、小麦等已绘制基因图谱的作物，采用电泳法或其它方法测定其基因，用其基因图谱与标准基因图谱对照，可以测定其品种纯度。对于基因的排序未测定清楚，未绘制出基因图谱的农作物，无法采用电泳或DNA分析方法对其差异性进行测定。这也是我国法定检测机构承办用基因指纹图谱检测玉米种子纯度，而不承办用基因指纹图谱检测大白菜等杂交种的种子纯度的缘由所在。
法规没有规定可用物理、化学的方法对植物新品种进行选育和鉴定。采用化学的方法提取植物蛋白质和氨基酸，采用物理的方法电解分离蛋白质，对比蛋白质分离图谱以鉴定植物新品种的特征特性的所谓电泳测定法，是没有法律依据的。目前棉花、大豆是未绘制基因图谱的作物，采用电泳法或其它方法测定其基因，也是没有法律依据的。
执法人员在现场检查时，不能对种子盲目判定种子真假，得通过室内检验和种植检验得出结果来判定是否真假。
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