（一）水土资源不足成为制约农村水利发展的重要外部条件。北方地区灌溉水源不足以及南方地区水源污染已成为制约农田灌溉和农村饮水安全事业发展的关键因素之一。与此同时，18亿亩耕地中自然社会条件较好、容易发展灌溉的耕地多已兴建灌排设施，而余下9亿多亩耕地多属于靠天吃饭的中低产田，发展灌溉的难度越来越大。每年占用的耕地中，绝大多数都是有灌排设施的基本农田。人口增加对粮食等农产品需求的刚性增长与水土资源不足的矛盾日益尖锐，解决矛盾的出路在于节水、节地，提高资源的利用效率。
然而，现行的节水政策很不健全，仅靠号召难以持久地调动供水者、用水者的节水积极性。例如，绝大多数水库、灌区管理机构实行“自收自支”财务政策，靠卖水收取水费维持运行。供的水愈多，水费收入就愈高，职工才能按时发放工资（许多地方的标准经常低于国家规定）。推行节水后，用水户减少了水费支出，区域、流域的水供需矛盾得到缓解，生态环境用水有所增加，但水库或灌区专管机构收入的减少却没有补偿来源，很大程度上影响了供水者的节水积极性和主动性。应当建立包括政府在内的受益者补偿节水投入和因节水给供水单位带来经济损失的政策。此外，早在20世纪90年代中期，有关部委就出台了《占用灌溉水源和灌溉设施补偿办法》，但这一办法在各地基本上没有得到贯彻落实，导致每年新发展的灌溉面积和各种原因衰减的面积增减相抵后，净增不多，这也是近几十年灌溉面积增长缓慢的原因之一。
（二）缺乏必要的激励、约束、惩罚性法规、政策和制度。过去几十年，党中央、国务院通过多种途径反复强调加强农田水利基础设施建设的重要性，近几年的多个中央1号文件提出的要求更加具体明确。但是在市场经济的大环境下，一些部门和许多地方政府受经济利益的影响，往往是遇到大旱大涝时重视农田水利，灾情过后粮食供应稳定了，农田水利就得不到真正重视，巩固和加强农村水利基础设施建设的长效机制远未建立。因此，必须要建立可操作性强的激励和约束制度，保障农村水利发展有一个长效机制。
（三）农户分散经营体制与农村水利工程集约化管理、社会化服务要求之间的矛盾，加大了农村水利管理体制改革的难度。国家从保障粮食安全和农产品供给角度，要求农民投劳集资，承担起兴修农田水利的责任和义务。而农民从粮食生产等种植业中的纯收入不足以维持其基本生活，增加收入是农民的强烈愿望，国家的宏观目标与农民的利益追求实际上并不完全相吻合。过去几十年，农田水利基本建设的传统做法是各级党委政府直接组织，用责任状或行政命令等方式，层层动员组织农民完成投劳集资任务。这种做法在计划经济体制下全国大办农业，解决粮食不足时曾经发挥了巨大的作用。在农村税费改革，取消“两工”的新形势下，许多县、乡基层干部感到农田水利基本建设没有了“抓手”，组织不起来。有些地方探索“民营水利”改革，尝试由私人组织兴办农村水利，但这种改革效果的持久性有待实践检验。当前农田水利基本建设需要找到一种政府能够履行职责，有 “抓手”，同时又能调动广大农民参与积极性，以主人身份参与的方法。
（四）投入不足是制约农村水利发展的关键因素之一。粗略估算，不含农村供水设施，仅灌溉排水为主的大中小型农田水利工程配套改造每年就需300―400亿元的投资。按目前的投入力度，需要四五十年才能还清。由于投入不足，造成过去建设的大量工程标准低、不配套，也使老化失效工程得不到及时改造和更新。改革开放30年，年年都强调要增加投入，但并未明确具体的投入责任主体和主渠道。现行的农村水利投入政策，无论是灌排工程，还是农村饮水安全工程，国家都要求总投资的一半由地方和受益农民配套。哪种类型的工程农民应由农民承担投劳责任，哪种类型的工程应由各级政府负责建设和维护管理、以及如何确定不同地区农民负担能力等，需要从政策上进一步界定。
（五）建立良性运行机制，仍是农村水利发展中有待解决的大问题。问题的根源之一是大量公益性较强、公共使用的农村水利工程、产权不清、“业主缺位”、管理主体责任不落实。原因之二是现行农业水价政策不合理，对弱质产业和弱势群体的实际承担能力估计过高。过去20年，已经出台的多个水价政策，都要求农业供水（主要是农田灌溉用水）水价按补偿全成本原则计收。但事实是没有一个地方政府批准的水价符合上述要求，在考虑了农民和农业的实际负担能力后，通常水费只有全成本的一半左右。养护经费不足、设施老化失修、管理人员报酬待遇太低、业务骨干流失、管理队伍能力偏低，如此，恶性循环。近年来，一些地方尝试让农民用水户组织起来，承担起农村水利工程建设和管理“业主”责任，赋予其相应的权利，试图依靠它来解决上述问题。但是，这种管理体制的推行，需要必要的外部条件和一个相当长期的过程。
（六）缺乏能够整合多部门分散管理现有农村水利建设资金的有效机制。目前，扶持农村水利基础设施建设资金由多个部门分别管理，带来一些地方重复立项建设，用国家资金相互配套等问题。暴露出农村水利规划滞后、缺乏权威性等问题。个别地方在农村水利基础设施建设中存在“急于求成”、“急功近利”、“简单化”、“行政化”的倾向，与缺乏权威的规划指导有关系。
