1991年6月12日，他以57.4%得票进一步当选俄罗斯联邦总统。
苏联解体
1991年，戈尔巴乔夫试图将 苏联改为一松散的邦联——苏维埃主权共和国联盟，引发苏共党内的传统派不满，而触发了苏联旧体制的种种弊端却又未能给予妥善解决，导致苏共的威望一落千丈，各加盟共和国内的分离势力大幅增长，令局势一发不可收拾，传统派为了挽救苏共及苏联，便诉之以政变。
同年8月19日，当时的苏联副总统 亚纳耶夫宣布总统戈尔巴乔夫因健康原因无法履行职权，总统职务由其代为行使，其后亚纳耶夫会同当时的苏联国防部长 亚佐夫元帅及克格勃首脑等人宣布成立“紧急状态委员会”，声称戈氏的改革已经失败，下令武装部队接管国家政权，同时软禁了在黑海度假的戈巴契夫。
叶利钦成为扭转政变的重要人物，也将他推上政治生涯的高峰。时任俄罗斯联邦总统的叶利钦宣布接管俄罗斯境内的全部苏军，并要求军民反对政变，各军队返回原驻地。在国内外压力之下，72小时后戈尔巴乔夫宣布重新行使权力，政变遂告失败。随后，叶利钦宣布解散苏联共产党，戈尔巴乔夫亦宣布苏共“自动解散”并辞去总书记职务，拥有2,000万党员的苏共随即消失。
同年年底，与 白俄罗斯及 乌克兰的总统在白俄罗斯的首府明斯克签约，成立独立国家联合体，从建立一个类似英联邦的架构来取代苏联。苏联其他加盟国纷纷响应，离开苏联，苏联在此时已经名存实亡，叶利钦是成立俄罗斯的促成者。
1991年12月25日，苏联总统戈尔巴乔夫宣布辞职，将国家权力移交给俄罗斯总统。苏联作为一个主权国家正式停止存在而灭亡。叶利钦接管了戈尔巴乔夫的全部权力，成为俄罗斯独立后的首任总统。
除夕请辞
1999年他遴选普京为政府总理和自己的继承人后，同年12月31日以体弱多病为由，突然宣布辞职，并由普京接任为临时总统，并移交战略核武器控制权。他当时在俄国电视上向俄国人民作年终致词时，说经过长时间和艰苦的深思熟虑后，决定退休，他指俄罗斯需要新一代有活力的政治领袖带领进入新世纪，请求国民原谅他过去的行政失误，并为无法达成人民的期望而道歉。
|
