咖啡豆在出货上市前要先经过去除外皮、果肉、赛果皮及银皮。其方法有干燥式(也称天然法或非水洗式)与水洗式两种。
干燥式：
方法较为简单，首先将刚采下的果实广布在晒场上一两个星期，直到果实发出霹啪的声音为止，自然干燥之后，用脱壳机将干掉了的果肉、内果皮和银皮去除。
这种方式精制而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。几乎所有巴西出产的咖啡豆和埃塞俄比亚、也门等地的咖啡豆都是以这种方法取得的。这种方法的缺点是容易受天气的影响，以及易掺入瑕疵豆和其它杂质。因此，必须细心地加以筛选才行。
水洗式：
将收成的果实放入流动的水槽，除去浮在水面的果实之后，用果肉去除机剥除外皮和果肉。再放入水槽，将浮出的果肉去除。之后，移入发酵槽，浸泡半天至一天，再将发酵的咖啡豆表面上的胶质溶掉。
用水洗过后，晒干数日后以机器干燥之，最后用脱壳机将内果皮去除，即成为可作为商品的生咖啡豆。用这种方式，比干燥式的咖啡豆色泽完美，且杂质也较少。哥伦比亚、墨西哥、危地马拉等国家70%左右的咖啡都采用此方法。
外形的判断
美味的咖啡，从其烘焙后咖啡豆的形状即可知晓。当然不能有不良的咖啡豆混入，更要注意的是正常的豆也会掺入优质的咖啡豆而造成妨碍。一颗可冲泡出美味咖啡的咖啡豆，首先必须是外形肥美，而且绉折均匀，其次是大小一致且无色无斑。这些是视觉判别的要点，如果细心去看，不难分辨。
不良豆种类
发酵豆 采收前掉落土中发酵的咖啡豆。发霉的异味，会对咖啡美味造成很大的影响。
死豆 又称未熟豆，或受气侯因素的影响，发育不健全。烘焙后会产生煎斑，使咖啡有股青涩味。
黑豆 发酵豆，已腐败、变黑的咖啡豆。因为是黑色，一眼即可与正常的咖啡豆区分出来。
蛀虫豆 受虫侵害的咖啡豆。
残缺豆 可能是在作业时卡到，或是搬运中处理不慎，造成咖啡豆的残缺。在烘焙时有煎斑，且会产生苦味及涩味。
其它 残留薄皮的豆、发育不良的豆、干燥不完全产生霉味的豆、只有外壳的(贝壳豆
