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农民专业合作组织和龙头企业虽然在提高农民组织化程度、实现规模经营、增加农民收入等方面发挥了积极作用，但还存在很多困难和问题。
（一）认识不到位。一些干部对发展专业合作心存疑虑，不能大力支持和提供服务，片面追求专业大户，甚至把农民专业合作社等同于一般企业、公司，不按合作制原则引导发展。而农民由于对合作的作用认识不足，了解甚少，存在“有利则合、无利即散”的想法，造成互助合作得不到健康发展。
（二）发展不平衡。由于懂技术、会经营、善管理、乐于献身农村事业的合作社带头人较少，造成了各乡镇之间发展情况不平衡，部分乡镇尚没有形成自己各具特色的产业基地，规模效益始终得不到显现。农民专业合作社在在通过联合与合作解决生产经营实际问题时，存在“等、靠、要”思想，缺乏主动性，影响了合作社的发展。
（三）管理不规范。农民专业合作社集中表现为“五多五少”。即：从利益连接机制上看，松散型多，紧密型少;从运行机制看，不规范的多，规范的少;从决策机制上看，“能人”决策的多，民主决策的少;从生产管理环节看，粗放经营的多，标准化控制的少;从成员整体素质上看，缺乏技术能力及合作理念的多，懂技术、会管理的少;从经营服务内容上看，销售服务联合的多，产、加、销系列服务联合的少。
（四）体系不健全。农户与和农民专业合作组织之间关系松散，还未形成规范、完善的技术服务体系。注册农民专业合作组织较少，农民经纪人大部分文化层次在高中以下，素质低。销售渠道不畅、造成丰产不丰收等现象，不同程度上挫伤了群众发展农业产业化的积极性。
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