基因表达载体中的启动子是质粒上原本就有的还是人为加上去的

问：基因工程中：基因表达载体中的启动子是质粒上原本就有的还是人为加上去的，如果是原来就有的话，怎么会刚好就在转座子附近，而且后面马上就有终止子，它们之间没有基因的话这个启动子和终止子存在就没有必要。
所以我怀疑是人为加上去的。
另外目的基因的筛选，用DNA杂交的方法，但是这个探针本身就难以找到，知道了探针，实际上就意味着找到了目的基因。本身就在寻找目的基因，又怎么会有探针呢？
用限制性内切酶切割获得目的基因本身就很大，而且带了其他的基因，怎么处理好这样的干扰？

问题补充：

基因探针是双链还是单链？我觉得双链比较好，只要到时候变性就可以，但是为什么杂交后的的探针不会被洗掉，而没有配对的探针会被洗掉呢？

      答 ：你觉得质粒上的35s启动子、lac启动子都是天然存在的么？都是人工构建上去的！
探针可以是基因的一部分序列。这样用探针可以调出其旁邻序列，从而获得全长基因。
限制性内切酶不能获得基因，只能获得可能带有基因的DNA片段。所以现在找基因都是直接构建cDNA文库来搜。
探针是单链的。