三大职能
锦衣卫的职能主要是“掌侍卫、缉捕、刑狱之事”。其首领称为指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，而很少像很多影视剧里演绎的由太监担任。
负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡的锦衣卫，基本上与传统的禁卫军没什么两样，只负责在殿中侍立，传递皇帝的命令，兼做保卫工作。
至于“缉捕”，则是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处。负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司专理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决犯人，不必经过一般司法机构。南北镇抚司的普通军士称为校尉、力士，他们在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。明朝一代，缇骑的数量，最少时为1000，最多时达6万之多。
“掌刑狱”是锦衣卫的第三项职能。据《明史》记载，锦衣卫常用的刑具有18套，包括杖刑、夹棍、脑箍、拦马棍、钉指等。杖刑的执行特别有讲究。一旦有哪位倒了霉的官员触怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就会立刻被扒去官服，反绑双手，押至行刑地点，被裹在一个大布袋里，随着一声“打”字，棍棒就如雨点般落在他的大腿和屁股上。行刑的锦衣卫校尉都受过严格训练，能够根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示准确掌握受刑人的生死。如果这两人两脚八字形张开，表示可留杖下人一条活命；反之，如果脚尖向内靠拢，杖下人就只有死路一条了。
杖刑对明朝官员的肉体和心灵都是极大的伤害，场面血腥，旁观者常看得直发抖，但明朝的皇帝却乐此不疲，他们要的就是这种杀鸡骇猴的效果。
魏忠贤时期，锦衣卫的残暴达到了极致。魏忠贤与朝中大臣杨涟等人不睦，欲置之死地而后快。锦衣卫逮捕了杨涟的朋友汪文言，严刑拷打了两个多月，想让他供出杨涟等人受贿的情况，汪文言至死不肯承认，受刑气绝。负责审狱的锦衣卫官许显纯就捏造了一个狱词，将杨涟等人诬陷下狱。一起下狱的杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章等六人被称为“六君子”。杨涟最终被折磨而死。死后7天，家人才被通知前去认领尸体，此时尸体只剩下几根残骨、几片血衣，惨不忍睹。
正直的锦衣卫凤毛麟角
一般来讲，锦衣卫的工作只限于侦查各种情报、处理皇帝交付的案件，但那些野心大、心肠狠的指挥使，常利用职务之便制造事端，打击异己。如成祖时的纪纲、英宗时的逯杲、武宗时的钱宁等掌权时，缇骑四出，上至宰相藩王，下至平民百姓，对他们的命令只要稍有拂逆，就会家破人亡。
锦衣卫中，也出过袁彬这样正直的指挥使。景泰八年(145年)发生了“夺门之变”，太监曹吉祥及大将石亨拥戴明英宗复辟。英宗重新登位，害怕朝臣有二心，遂“倚锦衣卫官校为耳目”，命袁彬执掌锦衣卫。袁彬被提拔主要是因为土木堡之败，他与英宗一同被俘后， 他始终尽心尽力伺候英宗。袁彬为人温良恭顺，善于言读而不善于搏击，且权力欲不强，后来干脆辞去锦衣卫指挥使的官职。另外，锦衣卫对蒙古贵族的成功策反，及在万历时期中日战争中出色的情报战，都证明其有一定正面作用。
但终明一朝，锦衣卫等特务机构制造的恐怖气氛，极大影响了皇帝与官僚间的关系，使百官、民众、军队与皇帝离心离德。难怪有人说，“明不亡于流寇，而亡于厂卫（主要指由司礼太监掌握的东厂，以及京卫系统中的锦衣卫）。”
