被子植物分类，不仅要把25万多种植物归类到一定的纲、目、科、属、种中，还要建立起一个能反映各分类群之间亲缘关系的分类系统。这个系统要能反映出各分类群哪些比较原始，哪些比较进化，各分类群之间在进化上彼此有怎样的联系。
被子植物的分类工作主要是以形态学特征作为分类的主要依据，尤其是花与果实的形态特征，解剖学特征等其它性状则作为辅助性依据加以综合考虑。
建立被子植物分类系统，客观地反映被子植物各分类群之间的亲缘关系，这是一项很艰难的工作。这是因为被子植物在地球上，几乎是距今1亿4千万年的白垩纪突然间同时兴起的，所以很难根据化石的年龄论定谁比谁更原始。其次是由于几乎找不到任何花的化石，而花部特征又是被子植物分类的重要依据，这使得整个化石进化系统成为割裂的片断。然而，人们还是根据现有资料对被子植物的分类系统作了很多探索，并尽可能反映出它的起源与演化关系。这些资料主要是：现有被子植物形态发育特征、化石资料(化石的形态学比较)，另外还有植物细胞学、孢粉学、植物化学成分，植物地理学等资料。
关于被子植物的进化系统，根据化石资料，多数学者认为被子植物起源于中生代古裸子植物本内苏铁。也就是说，它演化出的早期被子植物所具备的性状是原始的，如：两性花、花被同形、花部离生、花部多数而不固定等。再由此推断出次生的，进化的性状。同时，再根据其它植物的化石，来推断出原始与进化性状。如最早出现的被子植物多为常绿、木本植物，而落叶、草本植物出现较晚，因此可推断前者为原始性状，后者则为进化性状。
基于上述的认识，一般公认的形态构造的演化规律和分类原则如表12-1。
表中所述各种器官的演化，在多数情况下是互相关联的，因此在讨论发育时不应孤立地强调某一器官的特征。同时在系统发育过程，各个器官不是同步并进的，因而出现形形色色的分支类群。常可见到，在同一植物体上，有些性状相当进化，另一些性状却保留着原始性；一类较进化的植物在某一方面具有较原始的性状，而另一类较原始的植物恰在这方面具有较进化的性状。因此在评价这两类植物的进化与原始的问题上，就不能孤立强调某一器官的特征，而要全面分析，看这种原始的性状是否是由于各器官进化的不同步而形成的分支类群。
