新京医科大学的前身，是1928年中国政府设立的吉林省立医院附属医学校，位于当时的吉林省会吉林市。1932年“满洲国”成立后，该校停办两年，后经整顿和“满洲国“批准，改为“吉林国立医院附属医学校”；1937年4月，该校自吉林市迁往新京（长春），更名为“国立新京医学校”；1938年5月，随着“新学制大学令”的颁布，该校升格为“新京医科大学”，学制四年，校长为山口清治；到1942年时，有教职员91人，学生296人；1942年，新京医科大学接收了奉天（沈阳）的“奉天药剂师养成所”，扩充了药学部分，1945年“奉天药剂师养成所”变为新京医科大学的“药学部”，并迁往长春。
当时在满洲，医科大学共有五所，除了新京医科大学外，还有满洲医科大学（前身为满铁兴办的“南满医学堂”，位于奉天）、奉天盛京医科大学（前身为盛京医专）、哈尔滨医科大学、佳木斯医科大学等。盛京医大和哈医大均为私立改公立性质，而新京医科大学由于其地理位置的重要性，受到“国家”的高度重视和重点发展。当时，新京医大、哈尔滨医大、佳木斯医大三所大学的毕业生，都是得到日本厚生省的认可，毕业即可取得“日本医师”资格许可的。当年，能成为该校的学生，是一件值得炫耀的事情，所以在历史老照片中，新京医大的学生从来都是自信满满的样子。
1945年8月“满洲国”消亡后，该校自然解体。1946年，该校及其它十四所高校的设施和核心专业教员均被国民政府接收，成立了“国立长春大学”，该校也成为“国立长春大学医学院”。
1948年10月长春解放后，“国立长春大学医学院”与位于沈阳的“中国医科大学”的部分专业合并，组建了军委管辖的“长春军医大学”；1951年7月，更名为“解放军第三军医大学”；1954年2月，“天津第一军医大学”与“长春第三军医大学”合并，组建了新的“第一军医大学”，因原天津一军大一部分的前身为晋察冀军区的“白求恩学校”，这也使后来的医大有了“白求恩”之名；1958年6月，该校移交地方，称为“长春医学院”；1959年6月，升格为“吉林医科大学”；1978年12月，成为了卫生部直辖的“白求恩医科大学”，后来发展成为医学院校中国家著名的“985”和“211”名校。
因为解放之初这所学校是属于军方的，所以在接收的诸多老建筑中，当初新民大街上最牛的老官厅建筑，几乎悉数被军医大学占用。“司法部”成为“军大校部”、“国务院”成为“军大基础楼”、“军事部”成为“军大一院”、“经济部”成为“军大三院”、“交通部”成为“军大公共卫生学院”……有这么多好的建筑，当年新京医科大学的那些“小房子”谁还稀得要，谁要给谁吧！哈哈！！果然极其强悍。虽然1958年后，“军大”不再归属军方，可现在还有相当多的老长春人，把医大仍然称为“军大”，比如“军大一院”、“军大二院”等。
2000年6月，在“大合校”的风潮中，白医大、吉林工大、长春邮电、长春地质与吉林大学合并为新的吉林大学，原来医大的那些老家底，也悉数归了吉林大学！有意思的是，合校以后，原本都称为“大学”，把谁“降一等”改为“学院”都不舒服，称“吉林大学白求恩医学院”似乎比较合理（好像也真这么叫过），但“白医大”的人肯定不爱听，于是乎，才有了个开创性的“吉林大学新民校区”的称呼。原吉林工业大学也是这样的情况，这好办！照方抓药地叫“吉林大学南岭校区”好了！！这也是“大合校”产生的“名称智慧”？！借用政治语言中的外交辞令：留给下一代人解决吧！哈哈哈……
从一定程度上说，追溯起白求恩医大的历史，新京医科大学为其前身之一，并不为过。虽然“白求恩”这个很“红色”的名字与新京医大毫不相干，但毛主席的老三篇中有一个《纪念白求恩》，所以“白求恩”在中国是太有名气了！但当年新京医科大学留下的东西，毫无疑问早已融入了后来的学校之中，据称当初的医学标本就有那个年代留下的东西……
(以上诸多贴图，下载自“学医水兵”的网络贴图，在此感谢！！！）
