2006年12月28日国家税务总局发布了《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）。《通知》指出，从2007年2月1日起开始，全国房地产企业将全面进行土地增值税的清算工作。《通知》表示，土地增值税将以房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。《通知》规定，房地产开发项目全部竣工、完成销售；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权等三种情况下，房产项目应该进行土地增值税清算。对于已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的需要进行结算；此外，对于取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；以及纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的需要清算。
转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的行为，都是土地增值税的征税范围。具体范围划分如下：
一是转让国有土地使用权，是指按国家法律规定，属于国家所有的土地。转让集体土地使用权的行为没有纳入征税范围。土地增值税仅对转让国有土地使用权的征收，对转让集体土地使用权的不征税。这是因为，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，国家为了公共利益，可以依照法律规定对集体土地实行征用，依法被征用后的土地属于国家所有。未经国家征用的集体土地不得转让。如要自行转让是一种违法行为。对这种违法行为应由有关部门依照相关法律来处理，而不应纳入土地增值税的征税范围。直接转让土地使用权的征税问题，按规定据实计征土地增值税，纳税人受让土地使用权后未进行任何开发再销售的，据实计征土地增值税，不适用《海南省地方税务局关于印发海南省地方税务局土地增值税清算管理工作规程（试行）的通知》（琼地税发[2007]74号）的有关规定。
二是只对转让的房地产征收土地增值税，不转让的不征税。如房地产的出租，虽然取得了收入，但没有发生房地产的产权转让，不应属于土地增值税的征收范围。
三是对转让房地产并取得收入的征税，对发生转让行为，而未取得收入的不征土地增值税。如通过继承、赠与方式转让房地产的，虽然发生了转让行为，但未取得收入，就不能征收土地增值税。
转让地上建筑物，是指建于土地上的一切建筑物，包括地上地下的各种附属设施。附着物是指附于土地上的不能移动，一经移动即遭损坏的物品。
取得收入的行为，包括转让房地产的全部价款及有关的经济收益。土地增值税在房地产发生转让的环节，实行按次征收，每发生一次转让行为，就应根据每次取得的增值额征一次税。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定土地增值税计算增值额的扣除项目金额包括：
（1）取得土地使用权所支付的金额；
（2）开发土地的成本、费用；
（3）新建房及配套设施的成本、费用或者旧房及建筑物的评估价格；
（4）与转让房地产有关的税金；
（5）财政部规定的其他扣除项目。
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》规定，计算增值额的扣除项目，具体有：
（1）取得土地使用权所支付的金额，包括纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。具体为：以出让方式取得土地使用权的，为支付的土地出让金；以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地使用权时按规定补交的出让金，以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭证的，不允许扣除取得土地使用权时所支付的金额。
（2）开发土地和新建房及配套设施的成本。是指房地产开发项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费，建筑安装工程费、基础设施费、公共设施配套费、开发间接费用，这些成本允许按实际发生额扣除。
土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费，耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。
基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
（3）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用）是指销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，指凡能够按转让房地产项目计算分摊，并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。房地产开发费用按取得土地使用权所支付的金额及房地产开发成本之和的5%以内予以扣除。凡不能提供金融机构证明的，利息不单独扣除，三项费用的扣除按取得土地使用权所支付的金额及房地产开发成本之和的10%以内计算扣除。
（4）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。由当地税务机关参考评估机构的评估而确认的价格。
旧房的确认，二手房、房地产开发企业所开发的商品房已转为自用，作为固定资产核算的房，再转让时，均适用转让旧房的土地增值税政策。
（5）与转让房地产有关的税金。这是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
（6）加计扣除。对从事房地产开发的纳税人，可按取得土地使用权所支付的金额与房地产开发成本之和加计20%的扣除。采取项目竣工清算税款时一并扣除的方法。
经行政确权取得的房地产，受让方凭税务机关出具的房地产项目转让税收专用证明和契税、印花税完税证明到房产土地管理部门办理了产权转移手续的，由于转让方的原因，受让方未取得房地产的购置发票，受让方再转让该房地产计算土地增值税时，根据房地产项目转让税收专用证明、契税、印花税完税证明和行政确权通知书，确认房地产的购置成本。
司法确权或行政确权取得的房地产的扣除项目问题经法院裁定(判决)取得的房地产，再转让计算土地增值税时，根据法院裁定（判决）书确定的金额，确认房地产的购置成本。
住宅和非住宅的确认问题，判断房产属住宅或非住宅，以规划报建资料和房产证记载的房产用途为准。
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定，土地增值税实行四级超率累进税率。
增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%；
增值额超过扣除项目金额50%，未超过扣除项目金额100%的部分，税率为40%；
增值额超过扣除项目金额100%，未超过扣除项目金额200%的部分，税率为50%；
增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%。
在转让房地产时对不同转让行为计算增值额问题
（1）对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。
（2）对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。
（3）对取得土地使用权后进行房地产开发建造的，在计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款和有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定的费用、转让房地产有关的税金，并允许加计20%的扣除。
（4）转让旧房及建筑物的，在计算其增值额时，允许扣除由税务机关参照评估价格确定的扣除项目金额（即房屋及建筑物的重置成本价乘以成新度折扣率后的价值），以及在转让时交纳的有关税金。
在转让房地产项目中需要按房地产评估价格计算征收问题
（1）出售旧房及建筑物的；
（2）隐瞒、虚报房地产成交价格的；
（3）提供扣除项目金额不实的；
（4）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
房地产评估价格，是指由政府批准设立的房地产评估机构根据相同地段、同类房地产进行综合评定的价格。税务机关根据评估价格，确定其转让房地产的收入、扣除项目金额等，及计算房地产转让时所要缴纳的土地增值税。对评估价与市场交易价差距较大的转让项目，税务机关有权不予确认，要求其重新评估。纳税人交纳的评估费用，允许作为扣除项目金额予以扣除。
房地产开发企业如何办理纳税申报问题
对本市从事房地产开发业务的土地增值税纳税人，应在取得销售（预售）许可证起每季度终了后15日内到开发企业核算地地方税务局办理纳税申报手续（含零申报）纳税人销售普通标准住宅，经主管税务机关审核符合普通标准住宅标准，并已由税务机关核准的开发项目，应于年度终了后15日内，持建设项目计划文件、普通标准住宅设计图纸、普通标准住宅审核表、当期财务报表到地方主管税务机关填报土地增值税纳税申报表。经主管税务机关核实，对增值额未超过扣除项目金额20%的普通标准住宅免征土地增值税。未经地方主管税务机关认定的，不得享受普通标准住宅的优惠政策。
对经常发生转让房地产行为而难以在每次转让后申报的，经税务机关审核同意后，可以定期进行纳税申报，具体期限由税务机关根据情况确定。
房地产开发企业的纳税人办理纳税申报时应携带哪些资料问题
房地产开发企业办理土地增值税纳税申报手续时，应向税务机关提供的资料主要内容有：
1.当期财务会计报表（包括：损益表、主要开发产品（工程）销售明细表、在建开发项目成本表、已完工开发项目成本表）等；
2.银行贷款利息结算通知单；
3.转让房地产有关资料（商品房购销合同副本、项目工程合同结算单等）；
4.有关的完税凭证（包括：营业税、城建税、教育费附加等）；
5.开发建造普通标准住宅的房地产开发企业还需携带经审核的《普通标准住宅审核表》；
6.办理年度结算时还需提供年度结算报表；
7.办理竣工项目清算税款时还需提供竣工清算报表和《土地增值税审计报告》及税务机关需要的其他与房地产有关的资料。
非房地产开发企业如何办理纳税申报问题
凡转让座落在已开展代征土地增值税业务的区县范围内存量房地产的纳税人，应在办理存量房地产交易立契手续时，到房产座落地房地产管理局办理纳税申报手续；尚未开展代征土地增值税业务的区县范围内存量房地产的，应在办理存量房地产交易立契手续时，到核算地（登记地）地方税务局办理纳税申报手续。
土地增值税的普通标准住宅是如何确认的问题
所谓普通住宅是除别墅、渡假村高级公寓之外的一般民用住宅标准建造的居住用住宅。土地增值税所指的普通标准住宅，是根据土地增值税暂行条例实施细则第十一条规定由各省、自治区、直辖市人民政府结合本地实际情况制定，北京普通住宅标准暂按每套住宅建筑面积不超过120平方米掌握，根据《海南省地方税务局、海南省财政厅、海南省建设厅转发国家税务总局、财政部、建设部关于加强房地产税收管理的通知》（琼地税发[2005]77号）第三条的规定执行，即普通住宅须同时符合以下3个条件：（一）住宅小区建筑容积率在1.0以上；（二）单套建筑面积在144平方米以下；（三）实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格的1.44倍。
对单体建筑中已符合普通住宅前两个条件的住宅，判断其是否符合普通住宅第三个条件时，其“实际成交价” 以单体建筑中同一年度销售的该类型住宅平均售价为准。“同级别土地上住房平均交易价格的1.44倍”是指住宅销售年度当地房产管理部门公布的同级别土地上住房平均交易价格的1.44倍。若当地房产管理部门一直未公布同级别土地上住房平均交易价格的，各市县地税局原则上可视同该类型住宅符合普通住宅第三个条件规定，属普通住宅。但对价格偏高的如别墅、高级公寓等，由各市县地税局根据当地具体情况确定是否属普通住宅。
若当地房产管理部门未及时公布某年度的普通住宅交易价格的，由各市县地税局根据已公布的前年度普通住宅交易价格和该年度的新房销售均价确定房价的增长（下降）比例，确定该年度的普通住宅交易价格。即该年度的普通住宅交易价格＝前年度普通住宅交易价格×[1＋增长（－下降）比例]。
转让存量房的纳税人办理纳税申报时应携带哪些资料问题
纳税人办理转让存量房的土地增值税纳税申报手续时，需向税务机关提供的资料主要内容有：
（1）房地产买卖合同、委托书、公证书；
（2）房屋所有权证；
（3）土地使用权证；
（4）房地产价格评估报告；
（5）有关的税费缴纳凭证（包括：营业税、城建税、教育费附加、印花税、交易手续费、评估费等）。
改扩建房地产项目的土地增值税问题
房地产开发企业购进整栋楼或整层楼（已取得房产证），进行重新改建或扩建后再销售的，若能同时提供规划和建设主管部门核发的“建设工程规划许可证”和“建筑工程施工许可证”，证明该项目属改建或扩建的房地产项目的，视同房地产开发企业从事房地产开发，适用有关的土地增值税政策。
合作建房的土地增值税征免政策是如何规定的问题
根据财政部、国家税务总局财税字［1995］48号规定，对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的按规定应征收土地增值税。
划拨土地和出让土地是如何计税的问题
划拨土地要补缴土地出让金；出让土地要按营业税、土地增值税规定缴纳营业税和土地增值税。
1、有偿转让国有土地使用权、上建筑物及其附着物（简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税人。包括各类企业单位、事业单位，个体，工商业户以及其他单位和个人。公司应当缴纳营业税、土地如在转让过程中有增值额应当缴纳土地增值税。
2、土地增值税的计税依据是纳税人转让房地产所取的增值额。增值额为纳 税人转让房地产的收入减除《条例》规定的扣除项目金额后的余额。用 公式表示为：
土地增值额＝转让房地产取得的收入总额－扣除项目金额
合作建房企业缴纳的土地出让金是否不能在计算土地增值额时扣除问题
A企业与B房地产公司于1998年签订了合作建房合同，由A企业出土地，B公司出资金，双方以项目利润进行分成，涉及的土地出让金及相关税费由B公司承担。此时，A企业以土地投入房地产开发项目进行联营，按现行税法规定，投入时A企业不用缴纳土地增值税，由B公司在房产销售实现时计算缴纳土地增值税（交纳的土地出让金可以做为扣减项目）。
关于拆迁补偿费的确认问题
纳税人在征地过程中支付了拆迁补偿费，如青苗补偿费、迁坟补偿费、安置费等，但由于拆迁补偿费的凭据不属于发票管理范围，因此，对纳税人在取得土地使用权时确实支付了拆迁补偿费的，其扣除金额，根据双方签订的补偿协议、收付款凭据等相关资料确定。
2003年，双方又签订了土地补偿协议，将原来合作建房合同的利润分成形式改为以支付土地补偿金的方式给予一次性补偿给A企业。A企业在收到土地补偿金时，土地使用权证已办理过户手续，A企业未缴纳相关的任何税费，这种行为是否属于A企业转让土地使用权的行为而应计算缴纳营业税、土地增值税等税费？如果要缴纳土地增值税，B公司代A企业缴纳的土地出让金是否不能在计算土地增值额时扣除？（注：A企业原来的土地为国拨土地，除了土地出让金外没有任何除得土地的成本）
解：1、房屋建成后，甲方如果采取按销售收入的一定比例提成的方式参与分配，或提取固定利润，则不属营业税所称的投资入股不征营业税的行为，而属于甲方将土地使用权转让给合营企业的行为，那么，对甲方取得的固定利润或从销售收入按比例提取的收入按“转让无形资产”征税；对合营企业则按全部房屋的销售收入依“销售不动产”税目征收营业税。同时，有偿转让国有土地使用权、上建筑物及其附着物（简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税人。包括各类企业单位、事业单位，个体，工商业户以及其他单位和个人。A公司应当缴纳营业税、土地如在转让过程中有增值额应当缴纳土地增值税。
2、土地增值税的计税依据是纳税人转让房地产所取的增值额。增值额为纳 税人转让房地产的收入减除《条例》规定的扣除项目金额后的余额。用 公式表示为：
土地增值额＝转让房地产取得的收入总额－扣除项目金额
扣除项目是指获得土地时由A公司承担的成本，而该公司所提到的土地补偿金是B公司支付给A公司的转让补偿收入，与扣除项目性质完全不同，不得扣除。
另：出让土地使用权有的是需要纳税的.政府行为不需要纳税,企业购买土地使用权需要考虑以下税务处理；根据<财政部 国家税务总局 关于印花税若干政策的通知>财税[2006]162号 第三条的规定对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税。第四条对商品房销售合同按照产权转移书据征收印花税。 (有的涉及出让方)：
1、契税
契税的纳税义务人是境内转移土地使用权、房屋使用权，承受的单位和个人。契税的纳税义务发生时间是纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当天。纳税人应当自纳税义务发生之日起10内，向土地、房屋所在地的契税征收机关办理纳税申报，并在契税征收机关核定的期限内缴纳税款。
2、印花税
根据与土地使用权转让方签订的土地权属转移合同中所载的金额，按“产权转移书据”税目缴纳印花税，税率为万分之五(出让方,购买方都要纳).
3、城镇土地使用税
拥有土地使用权的单位和个人属于城镇土地使用税的纳税人。城镇土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，采用定额税率。
4、房产税
房产税是以房产为征税对象，依据房产价格或房产租金收入向房产所有人或经营人征收的一种税。对于所构建的厂房，其房产税应按照房产原值一次减除10%-30%后的余值计算缴纳。这里的“房产原值”，是指纳税人按照会计制度的规定，在账簿“固定资产”科目中记载的房屋原价。
5.企业所得税
《企业所得税税前扣除办法》第二十九条规定：“纳税人取得土地使用权支付给国家或其他纳税人的土地出让款应作为无形资产管理，并在不短于合同规定的使用期限内摊销。”这即涉及计算所得额问题.
土地增值税清算鉴证问题
土地增值税清算鉴证，是指税务师事务所接受委托对纳税人土地增值税清算税款申报的信息实施必要审核程序，提出鉴证结论或鉴证意见，并出具鉴证报告，增强税务机关对该项信息信任程度的一种鉴证业务。税务师事务所从事土地增值税清算鉴证业务，按照《土地增值税清算鉴证业务准则》的规定出具的鉴证报告，以法律、法规为依据，按照独立、客观、公正原则，在获取充分、适当、真实证据基础上，根据审核鉴证的具体情况，出具真实、合法的鉴证报告并承担相应的法律责任。税务师事务所按照《土地增值税清算鉴证业务准则》的规定出具的鉴证报告，税务机关应当受理。《土地增值税清算鉴证业务准则》第十七条规定， 纳税人虽有本准则第十六条所列情形：（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的。（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的。（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的。（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的。（五）申报的计税依据明显偏低且无正当理由的。（六）纳税人隐瞒房地产成交价格，其转让房地产成交价格低于房地产评估价格且无正当理由，经税务师事务所与委托人沟通，沟通无效的。但如有下列：（一）司法机关、税务机关或者其他国家机关。（二）依法组成的清算组织。（三）法律、行政法规规定的其他组织和个人。委托人委托，税务师事务所仍然可以接受委托执行鉴证业务，但需与委托人签订涉税鉴证业务约定书：《土地增值税清算鉴证业务准则》第四十七条 规定， 税务师事务所经过审核鉴证，发现涉税事项总体上没有遵从法定性标准，存在违反相关法律、法规或税收规定的情形，经与被审核单位的治理层、管理层沟通或磋商，在所有重大方面未能达成一致意见，不能真实、合法的反映鉴证结果的，应当出具否定意见的鉴证报告。税务师事务所出具否定意见的鉴证报告，不能作为办理土地增值税清算申报或审批事宜的依据。
