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这些年来，土壤连作障碍是越来越严重了。各种各样的线虫病、枯萎病、茎枯病造成农药越使越多，形成了一个恶性循环的状态。连续种植同一种或近缘作物的土壤叫做连作土壤（Old Soil or Sick Soil or Soil Sickness），也就是常说的“重茬”；日语中称之为忌地、嫌地、厌地。连作土壤往往会产生各种病害，从而导致连作障碍。
连作障碍的机理
连作障碍(Continuous Cropping Barrier)则是指因连续种植某种(乃至同一科)作物而出现的生长发育不良品质产量下降等现象，俗称“重茬病”。连作障碍必定产生于连作土壤，但连作土壤不一定必然导致连作障碍。引起蔬菜连作障碍的主要原因是很多蔬菜的科属接近，有一些共同的病害，病菌蔓延。引起连作障碍的植物因素是植物的化感作用，即一种植物或微生物（供体）向环境释放某些化学物质而影响其他有机体包括植物、动物、微生物（受体）的生长和发育的化学生态学现象，包括促进和抑制两个方面。当受体和供体同属于一种植物时产生的抑制作用现象叫做植物的自毒作用。化感物质主要是植物在乙酸途径或莽草酸途径中产生的次生代谢物质。化感物质作用的机理是抑制细胞分裂、伸长、损坏细胞壁、改变细胞的结构和亚显微结构。影响作物体内生长素、赤霉素、脱落酸的水平；破坏细胞结构，改变酶的功能和活性，抑制氨基酸的运输和氨基酸向蛋白质的整合，阻碍气孔的传导。引起化感物质大体上可归为有机酸、直链醇、单宁、生物碱、嘌呤、酚类、类萜类化合物等14类。
造成连作障碍的人为原因是复种指数高、产量高。近亲植物连续重茬种植，每种作物都有一些专门为害的病虫杂草，连作可使这些病虫草周而复始地恶性循环式地感染为害，如黄瓜的霜霉病、根腐病、跗线螨，番茄病毒病、晚疫病，辣椒的青枯病、立枯病等。蔬菜的病株残体和土壤中的病害菌不容易清除，土壤的耕层越来越浅造成犁底层升高；连续灌溉造成干湿交替不明显，一些好气性的微生物生长受到抑制；土传病害屡屡发生，大量施用农药，使一些病菌、害虫增强了抗药性；由于施肥不当造成土壤中养份不平衡，特别是一些未经过充分腐熟的牲畜粪造成病菌的污染。
轮作的主要作用
轮作是在同一块田地上有顺序地在季节间和年度间轮换种植不同作物或复种组合的种植方式，轮作是防止连作障碍的最佳方法，是用地养地相结合的一种生物学措施。轮作有利于均衡利用土壤养分和防治病、虫、草害；能有效地改善土壤的理化性状，调节土壤肥力；轮作可均衡利用土壤中的营养元素，把用地和养地结合起来；轮作可以改变农田生态条件，改善土壤理化特性；轮作可以增加生物多样性，免除和减少某些连作所特有的病虫草的危害。利用前茬作物根系分泌的灭菌素，可以抑制后茬作物上病害的发生，如甜菜、胡萝卜、洋葱、大蒜等根系分沁物可抑制马铃薯晚疫病发生，小麦根系的分泌物可以抑制茅草的生长。因食物条件恶化和寄主的减少而使那些寄生性强、寄主植物种类单一及迁移能力小的病虫大量死亡。腐生性不强的病原物如马铃薯晚疫病菌等由于没有寄主植物而不能继续繁殖。吸收养分不同的作物轮作可以均衡土壤的养分。发生病害不同的作物之间的轮作可以缓解某种作物病害的蔓延。轮作可以促进土壤中对病原物有颉抗作用的微生物的活动，从而抑制病原物的滋生。
轮作不影响种植效益
我国具有悠久的作物轮作历史。旱地多采用以禾谷类作物为主或禾谷类作物、经济作物与豆类、绿肥作物轮换；稻田的水稻与旱作物轮换；各种不同蔬菜之间的轮作；深根与浅根的轮流种植，以吸收不同深度的泥土中的养分，均衡土壤上下层的养分，如番茄——白菜茬，番茄生长期长，根分布较深，而大白菜生长期短根的分布也浅；需肥大与需肥小的蔬菜交替种植可以缓解土壤肥力的压力，如：西兰花与四季豆；土地覆盖率高与覆盖率低的蔬菜轮作，这样可以保护泥土结构。
有人担心轮作会影响农民的收入，其实不然。种一茬番茄需要9个月，生长期长，收入高一年挣上几万元，但投入也大，风险也大；如果连续种几茬油菜、香菜、茴香，投入少，管理省工，一茬收入也在几千元，加起来也不少，而且对防治病害有很大好处。为了长远的利益还是要大力宣传轮作的优点，鼓励为了将来开展轮作。
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