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蛋白-蛋白相互作用是维持细胞生命活动的基本作用之一。配体与细胞表面受体或包内受体结合后，经过一步步的蛋白-蛋白相互作用将信号传递到效应细胞器，最后影响了细胞的生命活动。
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。 其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。这种方法常用于测定两种目标蛋白体内是否存在相互作用；也可用于检测特定蛋白的新的结合蛋白。
其优点为：（1）相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；（2）蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；（3）可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。缺点为：（1）可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；（2）两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用； （3）必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
试剂准备
1．裂解缓冲液：20mmol/L HEPES，pH7.4，142.5mmol/L KCl，5mmol/L MgCl2，2 mmol/L EGTA，0.1% Triton X-100；临用前加入10ug/mL aprotinin，1mmol/L DTT，10 mmol/L PNPP，1 mmol/L Na3VO4。
2．50% Protein A-Sepharose Beads
实验步骤
1．将细胞以5×107/mL 的密度悬浮在裂解缓冲液中，冰上30-60分钟。所用细胞一定要表达感兴趣的两种目标蛋白。
2．4°C，12000g离心30分钟，保留上清。
3．取30uL上清作为对照备用，然后每300uL上清中加入50uL 50% ProteinA-Sepharose beads，再加入1ug无关抗体，于4°C轻轻振摇3小时，以除去非特异结合的蛋白质。6000r/min离心30秒，保留上清。
4．每300uL上清中加入30uL 50% ProteinA-Sepharose beads，再加入1ug特异抗体，于4°C轻轻振摇过夜。
5．6000r/min离心30秒，弃上清（注意要留30~50uL上清，以防beads丢失）。
6．加入1mL无抑制因子的裂解缓冲液，弹微量离心管2次，6000r/min离心30秒，弃上清。
7．重复步骤6两次。
8．加入1mL 50 mmol/L HEPES，pH7.6，弹微量离心管2次，6000r/min离心30秒，弃上清。
9．重复步骤8一次。
10．用极细的针头吸进所有上清，加入25uL 1×加样缓冲液，100℃加热5分钟。对照管同时加入10 uL 4×加样缓冲液，100℃加热5分钟。如果用不加2-ME的1×加样缓冲液可降低背景。
11．6000r/min离心30秒。 12．SDS-PAGE, Western blotting或质谱仪分析。
注意的问题：
（1）细胞裂解采用温和的裂解条件，不能破坏细胞内存在的所有蛋白质－蛋白质相互作用，多采用非离子变性剂（NP40或Triton X-100)。每种细胞的裂解条件是不一样的，通过经验确定。不能用高浓度的变性剂（0.2％SDS)，细胞裂解液中要加各种酶抑制剂，如商品化的cocktailer。
（2）使用明确的抗体，可以将几种抗体共同使用
（3）使用对照抗体：
单克隆抗体：正常小鼠的IgG或另一类单抗
兔多克隆抗体：正常兔IgG
在免疫共沉淀实验中要保证实验结果的真实性，应注意以下几点：
（1）确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白，单克隆抗体的使用有助于避免污染的发生；
（2）要确保抗体的特异性，即在不表达抗原的细胞溶解物中添加抗体后不会引起共沉淀；
（3） 确定蛋白间的相互作用是发生在细胞中，而不是由于细胞的溶解才发生的，这需要进行蛋白质的定位来确定。 | 
