截至2010年底，中国累计批准设立的外商投资企业超过70万家。这些企业及作为其股东的非居民企业依经营管理或财务目标的需要，会调整其股权结构，其中，若发生股权转让，即会产生股权转让所得的企业所得税问题。同时，中国内外资统一适用的《企业所得税法》于2008年1月1日生效，取消了许多针对外资企业及其股东的优惠，也使非居民企业必须更加关注对中国投资的股权结构，以避免可能的税收损失。如2010年扬州江都发生的某外国跨国投资集团子公司就境外非居民间接转让国内企业股权缴纳的1.73亿元所得税；又如2011年贵州省国税局对一非居民企业股权境外间接转让进行反避税调查，补征非居民企业所得税3150万元。
一、非居民企业转让居民企业股权的基本模式
居民企业的非居民企业股东转让其在居民企业的股权可归纳为以下三种基本模式。
模式一是境外的非居民企业A将其直接持有的境内居民企业B的股权转让给境内居民企业C.
模式二是企业A将企业B的股权转让给另一家境外非居民企业C.模式二与模式一的差异可能会影响到企业B的外商投资企业地位，从而涉及到企业B某些特定政策（不限于税收政策）的适用，因此企业A转让股权的交易对手是选择居民企业还是非居民企业需要综合考虑。
模式三属于非居民企业A间接转让居民企业B股权的情形。非居民企业A通过子公司非居民企业D间接持有居民企业B的股权。出于某种需要，企业B的股权被转让，此时可以选择由企业D转让其持有的企业B的股权，这种情形可归属到上文的模式一或模式二；也可以选择由企业A把企业D的股权转让给另一家非居民企业C，企业D和企业B的股权关系不变，企业B的实际控制人发生改变从而间接转让企业B.这种方式对我国企业所得税管理的影响是：交易的发生和交易双方都在境外，境内居民企业B不需要做股东变更登记。因此，我国税务机关难以及时获取交易信息，避税、逃税的操作空间大，是目前我国税务机关最关注的非居民企业转让股权的模式。
二、非居民企业股东转让股权的国内法规定
《企业所得税法》第三条第2款规定，在中国境内未设立机构、场所的非居民企业应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。《企业所得税法实施条例》第七条第（三）项规定，权益性投资资产转让所得的来源地按照被投资企业所在地确定，即如果被投资企业所在地在中国境内，那么无论股权转让的任意一方，是否是中国的居民企业，中国均有征税权。依据上述规定，中国对模式一、模式二中的非居民企业A转让居民企业B股权的所得具有征税权，无论企业C是否为中国居民企业。对模式三，中国对企业A没有征税权，除非该转让没有合理的商业目的、规避企业所得税纳税义务。这一点在《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税[2009]698号，简称“698号文”）、《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第24号，简称“24号公告”）中均有体现。
698号文和24号公告对非居民企业股权转让所得的管理作了进一步规定，包括下述三个方面的内容：
（一）非居民企业直接转让中国境内居民企业股权（模式一、模式二）的纳税义务发生时间、股权转让所得的计算公式、汇率折算和非居民企业的纳税申报义务，（二）非居民企业以重组方式实现股权的直接转让，其取得的股权转让所得若拟取得特殊性税务处理的待遇，应向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合特殊性重组规定的条件，并经省级税务机关核准；（三）非居民企业间接转让中国境内居民企业股权（模式三）的，被转让的境外控股公司所在国（地区）对该股权转让所得的实际税负低于12.5%或者对其居民境外股权转让所得不征所得税的，应自股权转让合同签订之日起30日内，向被问接转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关提供资料证明该项交易的合理商业目的。
三、非居民企业股东转让股权的税收协定规定
目前，中国已经签订近100个避免双重征税和防止偷、逃税的双边税收协定或安排，因此非居民企业股东转让股权的税收处理难免涉及有关税收协定的内容。
股权转让所得属于协定中“财产收益”，笔者对之大致总结如下：
（一）转让一个公司财产股份的股票取得的收益，该公司的财产又主要直接或者间接由位于缔约国一方的不动产所组成，可以在该缔约国一方征税。
1.对“主要”的认定。在“中国一墨西哥”：协定解释（国税函[2007]131号）、“中国一新加坡”协定（国税函[2007]790号）的规定是50%（不含）以上。
2.国家税务总局对持股时间的规定是“在股份持有人转让公司股份之前三年内，该公司财产至少百分之五十曾经为不动产”。“中国一新加坡”协定解释（国税发[2010]75号）明确，持股时间是股份被转让之前三年内任一时间。
3.间接持股比例的计算。国税发[2010]75号文规定，新加坡居民在转让其在中国公司中的股份取得转让收益，上述中国公司又参股其他中国公司，并且其参股的其他中国公司的财产价值主要由在中国的不动产组成，则该被参股的中国公司的财产价值中一部分（按参股比例计算）应属于前面提及的中国公司，在计算被转让股份公司的财产价值时，应将后一个被控股公司的不动产价值按参股比例计算的归属部分一并考虑，视该被转让股份的中国居民公司的财产价值的不动产比例是否达到50%.例如新加坡居民公司甲拥有中国居民公司乙20%的股份，公司乙的财产价值为100（单位略），其中不动产价值为40.如果该公司乙又持有中国居民公司丙80%的股份，如公司丙的财产价值为100，其中不动产价值为90，则在处理依本款规定享受协定待遇计算公司乙的财产价值时，应将公司丙财产价值的80%计算在内，即公司乙直接或间接拥有的财产价值为：100+100×80%=180，其中不动产价值为：40+90×80%=112，不动产价值比例为62%.上述例举以剔除公司乙和公司丙之间内部交易影响后的数额为前提。因此，当新加坡居民公司甲转让中国居民公司乙的股份时，由于该中国公司乙的财产价值中50%以上的价值直接或间接来自于中国的不动产，根据协定规定，对此项转让收益中国拥有征税权。
需要强调的是，新加坡居民公司甲转让的是中国居民公司乙的股权。如果新加坡居民公司甲转让的是“非”中国居民公司乙的股权，其他情况同上。此时，中国是否征税取决于公司乙股权转让是否出于避税目的，可按本文第二部分的规定处理，但有可能会导致有关国家税务机构之间的国际磋商。
另外，对于没有明确前述三个问题的税收协定或安排，国税发[2010]75号文规定，我国对外所签协定有关条款规定与中新协定条款规定内容一致的，中新协定条文解释规定同样适用于其他协定相同条款的解释及执行。
（二）其它股权转让
1.转让者居住国独享征税权。如“中国一埃塞俄比亚”税收协定（国税函[2009]284号），此类约定在中国签订的税收协定中较为普遍。
2.所得来源国独享征税权。如“中国一墨西哥”税收协定（国税函[2005]1045号）及其解释（国税函[2007]131号）规定：转让中国（或墨西哥）一方居民公司的股票（权益）取得收益，不论其控股比例大小，中国（或墨西哥）均拥有征税权。
3.在一定条件下，所得来源国享有征税权。如“中国一芬兰”税收协定（国税函[2010]255号）规定：缔约国一方居民转让其在缔约国另一方居民公司的股份取得的收益，如果取得该收益的人在转让行为前的十二个月内，曾经直接或间接参与拥有该公司至少25%的资本，可以在该缔约国另一方征税。这是中国对外签订税收协定中最普遍的规定，因为它兼顾了缔约双方的利益。
4.征税权不确定。如“中国一巴西”税收协定规定，股权转让所得可以在缔约国双方征税。
四、非居民企业股东转让股权所得的申报与协定待遇的取得
1.所得税申报。依据《企业所得税法》第三十七条的规定，非居民企业股东转让股权所得采取源泉扣缴方式缴纳企业所得税，以支付人为扣缴义务人。《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号）进行了细化规定，扣缴义务人每次代扣代缴税款时，应当向其主管税务机关报送《扣缴企业所得税报告表》及相关资料，并自代扣之日起7日内缴入国库。对多次付款的合同项目，扣缴义务人应当在履行合同最后一次付款前15日内，向主管税务机关报送合同全部付款明细、前期扣缴表和完税凭证等资料，办理扣缴税款清算手续。
对于股权转让交易双方为非居民企业且在境外交易的，即模式二，国税发[2009]3号文规定，由取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。被转让股权的境内企业应协助税务机关向非居民企业征缴税款。
国税发[2009]3号文对交易有关各方的信息报告要求。扣缴义务人与非居民企业首次签订与3号文所得有关的业务合同或协议的，扣缴义务人应当自合同签订之日起30日内，向其主管税务机关申报办理扣缴税款登记。
扣缴义务人每次与非居民企业签订与3号文规定的所得有关的业务合同时，应当自签订合同（包括修改、补充、延期合同）之日起30日内，向其主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》、合同复印件及相关资料。
股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易的，被转让股权的境内企业在依法变更税务登记时，应将股权转让合同复印件报送主管税务机关。
2.协定待遇的取得。非居民企业股东不是自动获得，非居民企业应根据《非居民享受税收协定待遇管理办法（试行）》的通知（国税发[2009]124号）及补充通知（国税函[2010]290号）的规定，向主管税务机关或者有权审批的税务机关提出享受税收协定待遇审批申请。
凡未办理审批手续的，不得享受有关税收协定待遇。在中国发生纳税义务的非居民可享受但未曾享受税收协定待遇，且因未享受该本可享受的税收协定待遇而多缴税款的，可自结算缴纳该多缴税教之日起三年内向主管税务机关提出追补享受税收协定待遇的申请并按规定补办手续，经主管税务机关核准后追补享受税收协定待遇，退还多缴的税款，退税款属于《征管法实施细则》第七十八条第二款规定的减免退税，不退还利息，超过前述规定时限的申请，主管税务机关不予受理。
