| 番茄幼苗期的管理重点是前期（播种至出苗期）创造适合于发芽和出苗的环境条件以达到早出苗、出齐苗，为培育壮苗打下基础，后期（出苗至分苗期）控制温度、湿度，增加光照，进行间苗，加强肥水管理，严防病虫的危害等。
番茄种子发芽温度要求比较高，以25-30℃为宜，所以播种后苗床要加强覆盖，以提高温度，促进发芽。对冷床育苗的更要充分利用光照来增温。当有少许种子顶土时应加强检查，有50%左右幼苗出土时，应及时揭除表面的报纸、油纸等覆盖物，晴天最好下午揭除，以防中午光照过强，温度过高造成床面过干，而出现顶壳现象(图9)。如果发现因为覆土过薄而出现顶壳或床土过湿的，可再覆一层细土，若床土过干可用细孔喷壶适量浇水，保证全苗是这一时期的中心任务。出苗以后要降低温度，白天以20-25℃，夜间15℃左右为宜。及时通风透气，增加光照，这是控制床内温、湿度的主要方法之一，一般晴天上午10时以后逐渐加大通风口，到下午4时再逐渐缩小通风口，如果风大天冷则少通风，或不通风，通风时避免冷风直接吹入苗床，造成幼苗的冷害和冻害。分苗之前要多通风，让温度再下降2-3℃，进行炼苗，以适应分苗床较低的温度，提高移苗成活率，缩短缓苗期。
不论是冷床还是温床要注意结合通风降温，来延长光照时间，增加光照时数。即使阴雨天气也要揭开见阳光，同时清除玻璃或塑料薄膜上杂物增加透光率。
在分苗之前分次进行间苗，第一次约在苗高1寸，子叶展开时进行，去双留单，拔除过密的和不正常的苗，达到 子叶间相互不碰、不挤、不重迭。第二次在破心后已长出2片真叶时进行，拔去徒长的、柔弱的、过密、有病的苗(图10)。间苗要在晴朗无风的中午进行，而且操作时只能开一扇窗，间完后随即加盖，再开第二扇，以免幼苗受冻。
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