清初沿明旧制，“章疏票拟，主之内阁。军国机要，主之议政处”。到雍正七年（公元1729年）因西北用兵，往返军报频繁，内阁距内廷太远，皇帝不便亲授机宜，故在这年元月，在内廷设立军机处，其全称为“办理军机事务处”。初设时名为“军机房”，雍正十年（公元1732年）改名办理军机处。
军机处是分割内阁之权，所以说它是“内阁之分局”。军机处在清代统治了180余年，成为大政所出的宰辅之区。它的体制特殊，职官简炼，有官而无吏。它的全部工作，由军机大臣主持，军机章京办理。
军机大臣俗称“大军机”，分设满、汉员，由满、汉大学士、各部尚书、侍郎、总督等奉特旨应召入值，为兼差，人员无定额；由亲王或大学士满、汉各一员为首领，当时称为“揆首”、“领袖”。依清制，亲王不能入军机。嘉庆四年一月，曾以军机处事繁，命成亲王永瑆在军机处行走。同年十月，又以“非祖制”罢值。至咸丰三年（公元1853年）以后，始有亲王任军机大臣。初期，凡应皇帝召见商议政务，或依皇帝旨意起草诏谕等，均为领班军机大臣之责。凡经皇帝选调到军机处工作的军机大臣，则称为“军机处行走”或“军机大臣上行走”。初入值军机处者，若因其资历或能力尚浅，则命在“军机大臣上学习行走”，即是见习之意，其地位稍低，排班时列于后。一、二年后，再由领班军机大臣专折奏请皇帝，除去“学习”二字。各军机大臣之间，也有资格、品位高低之分，权力各不相同。例如有的满洲大臣只准阅看满文奏折，或新任大臣不准阅看皇帝朱批的奏折。这些不同待遇都是由皇帝亲定。
据《光绪会典》卷1017记载，嘉庆五年（公元1800年）规定：军机大臣只准在军机处承写当曰所奉上谕，部院稿案不准在军机处办理（因军机大臣为兼职，仍保留部院原职实缺）。各部司员不准至军机处“回事”（找他们本衙门堂官请示事务）。军机章京办事之处，不准闲人窥视。自王以下满、汉文武大臣，都不准到军机处找军机大臣谈话，“违者重处不赦”。为了严格执行这些规定，每天派都察院御史一人到军机处旁边的内务府值房监视，军机大臣散值后，才准他们退值。
军机处初设时，所掌仅限军务。《清史稿·军机大臣年表序》说：“初只承庙谟商戎略而已。”但以后事权逐渐扩大，以至军国大计莫不总揽。其具体职掌有如下几方面：
一、负责皇帝下达谕旨的撰拟和参预官员上报之奏折文书的处理。官员上报的文书，凡折奏“请旨”者归军机处，照例的题本归内阁，直到清末未变。
二、办理皇帝交议的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁决的，或交军机处议奏，或密议，或交军机处会同关系衙门议奏。特交的，由军机处查议其可否，密拟办法上奏；会同议奏的，或由军机处主稿，或由所会衙门主稿，临时酌定。
三、某些重大案件，皇帝特交军机大臣审理拟定，或由军机大臣会同三法司审拟。军机大臣可在军机处提讯，也可使用刑讯。应刑讯时，选用内务府公所或于步军统领衙门进行。凡秋审案件，军机大臣也参预。
四、重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放，均由军机大臣负责开列应补人员名单，交皇帝选择任用。遇科考，也由军机大臣开列主考、总裁名单，奏请皇帝选用。复试或殿试，军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任命阅卷官。
五、考查行军之山川、道里与兵马钱粮：凡有行军，军机处根据有关图书，考查山川险要，道里远近，如系边远地区，图书中没有记载的，要考查新旧档案并加谘访。应用的兵马、钱粮，则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查。遇有皇帝查讯的问题，即时呈递。
六、军机大臣可奉皇帝旨意，以“钦差”身分，往各地检查或处理一些政事。
军机章京，俗称“小军机”，早期也称为“司员”。最初，章京无一定额数，在内阁中书等官员中选调。乾隆初，改由内阁、各部、理藩院等衙门调派。自嘉庆四年（公元1799年）始，定军机章京分满、汉各两班，每班8人，共32人。各班设领班、帮领班章京各1员，由军机大臣于章京中选资深望重者任之。军机章京的选任，据《枢恒纪略》卷7载：“汉军机章京由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品小京官由进士、举人出身者兼充；满军机章京以内阁中书、六部、理藩院郎中、员外郎、主事、笔帖式兼充”。光绪三十二年（公元1906年）确定汉章京额缺为20人。
军机章京也是兼差，凡承旨入值军机处的官员，仍为原衙门的实缺并照例升转。军机章京一般为五、六品，领班章京为从三品或正四品。军机章京按例不参加京察，其奖叙升转由军机大臣酌情保奏，平时每届三年奏保，凡遇修补档案，编修方略等事结束时，均照例特保，故章京的提升较快，当时人视之为升官的捷径。光绪三十二年（公元1906年）十二月初十曰奏定变通军机章京升补章程，定军机章京为实缺，其领班章京秩视三品，帮领班章京秩视四品，以下各章京俱按原品实授。并规定了三年递升一级的升补办法。军机章京办理军机处的曰常工作，处理文书，记注档册，撰拟文稿等。自乾隆时傅恒任领班军机大臣始，军机章京亦同时负撰拟谕旨之责；还参预军机处新承办案件之审理；跟随军机大臣或单独奉派往各省查办和处理政务。
军机处设于禁廷隆宗门内靠北、乾清门外西侧，军机大臣办公处名为军机堂。军机处内部组织，不见记载。从军机处档案的《交片档》看，有满、汉军机处之分，或简称“满屋”、“汉屋”，由满、汉章京分别任事。又《行文档》中有“清档案处”、“汉档案处”之设，或称“清档房”、“汉档房”，这是管理满、汉档案的分工。在宫廷之内，满屋的办公处设在隆宗门内之南，在军机堂对面之左，右为汉屋。其职掌据《光绪会典》卷3所载，满屋分管在京旗营及各省驻防和西北两路军营官员的补放事务，负责内、外蒙古、藩部及喇嘛等朝贡时拟赏单，并掌管军机处本身的一切事务性工作；汉屋办理在京部院及各省文职官员、绿营武职官员的补放进单，王公内外大臣赏单及拟给外国朝贡使臣赏单，办理皇帝交下的应当查考和应当办理的一切事情，以及负责军机处的对外联系，管理军机处的档案等工作。
军机处的设立，是清王朝对中央行政机构的一次重大变革，表现出清代前期政治制度高度集权的趋向。军机处成立以后，逐渐代替了清建国以来所依靠的满洲亲王，贝勒参预议政的制度，废除了议政处；同时也削弱了内阁参预国政的权力。军机处以“君权附庸”的地位，成为凌驾于内阁及各部、院之上的全国政务的总汇机关，军国大计，无不总揽。
