顾名思义，“经别”即经脉之别络的意思，故《经别》之文，实乃《经脉》所言“别络”之补充说明，而其本意乃在于为《经脉》的正式出笼营造声势、烘托气氛（后面的《经水第十二》、《经筋第十三》等篇也是基于这个目的），所以一上来就先把十二经脉往至高无上的“天道”上靠拢。其谓之云：
“黄帝问于歧伯曰：余闻人之合于天道也，内有五脏，以应五音五色五时五味五位也，外有六腑，以应六律，六律建阴阳诸经而合之十二月、十二辰、十二节、十二经水、十二时、十二经脉者，此五脏六腑之所以应天道。”
很显然，这段话主要是为了凸显五脏六腑乃天道自然的结晶，而十二经脉恰恰正是五脏六腑的天然体现，于是十二经脉也就顺理成章地等同于“天道”了。
“夫十二经脉者，人之所以生，病之所以成，人之所以治，病之所以起，学之所始，工之所止也，粗之所易，上之所难也。”
这里的“学之所始”是说初学者必从学习经脉理论开始；“工之所止”是说资深的医生反倒把经脉理论视为畏途，绝口不谈；“粗之所易”是说经脉理论一听就能明白掌握；“上之所难”是说无论多么高明的医生，永远也说不清经脉的本质。
实际上，既然十二经脉应合于“天道”，而“天道”又是至高无上的自然意志，那么对人而言，就无所谓难易精粗了。如同一年有十二个月，一天有十二个时辰，谁都得这么过，只能无条件顺应，而无须揣摩其中的“为什么”。所以，十二经脉的理论一经发布出来，无论你认识不认识，理解不理解，它都具有不容质疑的正当性、合法性，这就是这段开场白的本意。
接下来，就进入了本篇的主题：“请问其离合出入奈何？”
所谓“离合出入”，实际上就是循环动力的意思。因此，这句话的本意是：十二经脉的循环动力出自于什么地方？很显然，如果我们承认十二经脉是一个周而复始的循环系统，那么循环动力就是这个系统最关键的核心，就好象一架飞机上的发动机就相当于这架飞机的心脏一样。
在《经脉》篇我们已经说过，“别络”其实是阳气的意思，而古人认为，经脉循环的动力也就是出自于阳气，因此，本篇所谓“经别”，其实就相当于人身上的发动机，那是血气循环周流的动力所在，此所以把“离合出入”作为“经别”的实质。
然而人身的阳气其实是源自于呼吸之气（人若停止呼吸就没有阳气了，于是血液循环也将停止），因此，如果具体地说，则整个经脉系统的循环动力实际上是出自于喉咙，换言之，在古人看来，喉咙就是十二经脉“离合出入”的发动机。
歧伯对上述关于循环动力的回答是“此粗之所过，上之所息也”，其实就是阐明循环动力来源于喉咙的意思。“息”的本义是鼻息，也就是呼吸之气，呼吸之气表现在口鼻之出入，而其关键却在于喉咙之离合。一般人通常不留意喉咙的作用，只知道吃饭的时候食物从嗓子眼通过，此便谓之“粗之所过”。“过”是过道，《说文》：“过，度（同渡）也。”在这里是特指有形食物的通过。然而高明的医生却是把出入于喉咙的呼吸之气看作是阴阳二气离合出入的契机、周流循环的动力，此便谓之“上之所息”。“息”是息道，《说文》：“息，喘也。”在这里是特指无形气息的通过。
原文：足太阳之正，别入于膕中，其一道下尻五寸，别入于肛，属于膀胱，散之肾，循膂，当心入散，直者，从膂上出于项，复属于太阳，此为一经也。
足少阴之正，至膕中，别走太阳，而合上至肾，当十四椎，出属带脉，直者，系舌本，复出于项，合于太阳，此为一合。成以诸阴之别，皆为正也。
足少阳之正，绕髀入毛际，合于厥阴，别者，入季胁之间，循胸里属胆，散之上肝贯心，以上挟咽，出颐颔中，散于面，系目系，合少阳于外眦也。
足厥阴之正，别跗上，上至毛际，合于少阳，与别俱行，此为二合也。
足阳明之正，上至髀，入于腹里，属胃，散之脾，上通于心，上循咽，出于口，上頞欪，还系目系，合于阳明也。
足太阴之正，上至髀，合于阳明，与别俱行，上结于咽，贯舌中，此为三合也。
手太阳之正，指地，别于肩解，入腋走心，系小肠也。
手少阴之正，别入于渊腋两筋之间，属于心，上走喉咙，出于面，合目内眦，此为四合也。
手少阳之正，指天，别于巅，入缺盆，下走三焦，散于胸中也。
手心主之正，别下渊腋三寸，入胸中，别属三焦，出循喉咙，出耳后，合少阳完骨之下，此为五合也。
手阳明之正，从手循膺乳，别于肩髃，入柱骨，下走大肠，属于肺，上循喉咙，出缺盆，合于阳明也。
手太阴之正，别入渊腋少阴之前，入走肺，散之太阳，上出缺盆，循喉咙，复合阳明，此六合也。
说解：首先，由“咸（原作成，字误）以诸阴之别，皆为正也”，可知“正”、“别”原本一回事。
然而《经别》所论述的“十二正”与《经脉》所论述的“十二别”的用意有所不同，所以描述得详略不同。《经脉》的用意在于说明互为匹偶的两条经脉之间在踝上膝肘下有横向联络的捷径，并借以说明血络分布区域的意义。《经别》的用意则在于使深层的经脉与表层的络脉在纵向轴上首尾衔接起来，构成一个单经系统。也就是说，必须首先存在一个连经带络的单经体系，才能够形成“离合出入”的基础循环，也只有具备了基础的循环条件，方可称得上“一经”，否则有里无表、有阴无阳，经脉系统就循环不起来了。
很显然，《经别》所谓的“正”，仍然是指经脉外层的络脉。只不过这个络脉已不同于分支意义或横向联络意义的络脉，而是与内在的经脉构成了一对一的表里对应关系。“正”的本义是垂直，《说文》：“正，是也。”“是，直也。”即相当于今日所谓“投影”。在《经别》的作者看来，外层的络脉乃深层经脉在体表之投影，故谓之“正”。
那么，互为匹偶的阴阳二经之间又如何联系呢？
作者把阳经之正首尾起止皆与该阳经会合，而阴经之正虽起自于阴经的手足内侧，但终止点却与匹偶的阳经会合于咽喉部位。这样就把阴阳二经连经带络密切串通起来，构成一个较大规模的循环体系，即谓之“合”。
十二经脉共组成六个“合”，“六合”是古代通行的方位观念（古人以上下四方为六合，是包容一切的意思），为体现篇首所言“人之合于天道”这一理论，《经别》对“六合”做了方位上的归属。
所谓“指天”，是把手少阳与手心主所组成的这一“合”归属于上方。所谓“指地”，是把手太阳与手少阴所组成的这一“合”归属于下方。之所以如此划分，大概应该是出于这样的考虑：
三焦与心主俱有名而无形，其所主持的后天原气与器质性脉管都有笼罩一切的意义，与天的形象相似，故以此合指天。看其关于手少阳之正的描述与《经脉》不同，是从巅顶而起，经缺盆入于体腔，则其目的就是要表明三焦以阳气为用。巅顶乃人之极高点，即象征着太阳高高在上、普照天下之意。
心脏在人体居中心位置，其作用亦最重要。手少阴与手太阳所组成的这一合“指地”，是表明其在四方之中央的意思。由于指天的一方原本是虚无缥缈的，故六个方位中只有五个确切可指，所以“指地”的一方实际就是居于四方之中央的意思。
其余四合各分占四方之一，虽未言及，其本意如此。
本篇的精华在于发明出单经小循环理论以及相互匹偶的阴经与阳经的合循环理论，这就大大丰富了古代的血气循环理论，对于解释疾病由表入里、由气转血的变化机理以及脏腑之间的疾病转移，提供了理论依据。并且，通过对“离合出入”的确认，把十二经脉的“正”气（络脉，亦即外在的阳气）全部集中到喉咽及其附近的颈项部位，这就为理解呼吸机制的生理意义以及缺盆系统腧穴的重要作用奠定了理论基础。《根结》所云：“足太阳根于至阴，溜于京骨，注于昆仑，入于天柱、飞扬也。足少阳根于窍阴，溜于丘墟，注于阳辅，入于天容、光明也。足阳明根于厉兑，溜于冲阳，注于下陵，入于人迎、丰隆也。手太阳根于少泽，溜于阳谷，注于少海，入于天窗、支正也。手少阳根于关冲，溜于阳池，注于支沟，入于天牖、外关也。手阳明根于商阳，溜于合谷，注于阳溪，入于扶突、偏历也。此所谓十二经者，盛络皆当取之。”这一套阳气流注的次序，其实也正是基于《经别》的理论。
