闽通卡使用福建省高速公路收费站有三种车道：电子收费(ETC)车道、人工收费车道和自动发卡车道。
(1)闽通卡在电子收费(ETC)车道的使用：先正确将闽通卡插入电子标签，保持不超过30公里/小时的时速驶入电子收费(ETC)车道，待车道系统自动感应完毕，栏杆自动抬起，便可通行。
(2)闽通卡在人工车道的使用：驶入收费站人工车道，将闽通卡交给收费员刷卡后栏杆抬起，取回闽通卡便可通行。
(3)闽通卡在自动发卡车道的使用：驶入自动发卡车道，将闽通卡放在自动发卡机的感应区内，待系统感应成功后取回闽通卡，栏杆抬起便可通行。
货车办理闽通卡货车申办闽通卡不能在电子收费(ETC)车道通行，只能在人工缴费车道作为电子支付通行费使用。货车单位客户的保证金标准为：装载质量5吨(含5吨)以下的1000元/车，装载质量5吨以上的2000元/车，最高不超过10万元。货车仍为计重收费。
申办闽通卡的货车可以通过以下两种方式进出高速公路收费站：
(1)人工收费车道入—人工收费车道出：车辆通行于收费站入口人工收费车道，无需领取通行卡，只须将闽通卡交给收费员进行写卡操作。出口时通行于人工收费车道，只须将闽通卡交给收费员进行读卡划费操作。
(2)自动发卡车道入—人工收费车道出：车辆通行于收费站入口自动发卡车道，您无需领卡，只须将闽通卡放在自动发卡机的感应区内，待系统感应成功后取回闽通卡，栏杆抬起便可通行。出口时通行于人工收费车道，只须将闽通卡交给收费员进行读卡划费操作。
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