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2006年9月20日，安倍晋三当选自民党总裁，长达5年5个月的小泉时代落幕，小泉在位1979天，成为日本战后仅次于佐藤荣作和吉田茂的执政时间第三长首相，在整个日本历史上，也是仅次于桂太郎、佐藤荣作、伊藤博文、吉田茂的执政时间第五长首相。
自民党党内派系力量衍化情况
|
派名 |
200004 |
200007 |
200104 |
200209 |
200308 |
200309 |
200412 |
200508 |
200509 |
200512 |
200608 |
|
森派 |
65(3) |
61(2) |
61(2) |
59(2) |
59(2) |
60(2) |
74(2) |
77(2) |
80(1) |
79(1) |
85(1) |
|
津岛派 |
95(1) |
99(1) |
101(1) |
105(1) |
100(1) |
100(1) |
77(1) |
85(1) |
70(2) |
72(2) |
74(2) |
|
丹羽-古贺派 |
无 |
无 |
42(4) |
45(4) |
49(4) |
51(4) |
46(3) |
46(3) |
47(3) |
48(3) |
48(3) |
|
山崎派 |
30(5) |
22(5) |
23(6) |
23(5) |
26(5) |
27(5) |
29(5) |
29(5) |
33(4) |
37(4) |
35(4) |
|
伊吹派 |
63(4) |
56(4) |
56(3) |
57(3) |
59(2) |
59(3) |
46(3) |
46(3) |
33(4) |
34(5) |
32(5) |
|
高村派 |
17(7) |
13(7) |
13(8) |
15(6) |
16(6) |
16(6) |
14(7) |
14(7) |
15(6) |
15(6) |
15(6) |
|
谷垣派 |
69(2) |
60(3) |
25(5) |
15(6) |
14(8) |
14(8) |
16(6) |
16(6) |
14(7) |
15(7) |
15(7) |
|
二阶派 |
26(6) |
15(6) |
15(7) |
15(6) |
15(7) |
15(7) |
6(9) |
6(9) |
14(7) |
14(8) |
15(8) |
|
旧河野派 |
17(7) |
11(8) |
12(9) |
10(9) |
11(9) |
11(9) |
10(8) |
10(8) |
10(9) |
10(9) |
11(9) |
|
无派系 |
不明 |
不明 |
12 |
不明 |
不明 |
19 |
42 |
不明 |
93 |
84 |
73 |
2006年9月20日，安倍晋三以267张议员票、197张党员票，合计464张选票的绝对优势击败麻生太郎（69张议员票、67张党员票，合计169张选票）和谷垣桢一（66张议员票、36张党员票，合计102张选票），当选自民党历史上最年轻的总裁。9月25日，民主党也推举小泽一郎再度出任党首。9月26日，第三大党公明党选举太田昭宏为党首、北侧一雄为干事长，取代以党首神崎武法、干事长冬柴铁三为首的领导层。自民党内，森喜朗、河野洋平等元老也趁机退出自己派系的运作，森派和旧河野派相继更换会长人选。日本政坛开始了大规模的新老交替。
2006年9月26日，安倍晋三当选日本第90届、第57位首相。安倍上台后，大力提拔自己亲信、盟友担任要职，不惜违反自民党“总干分离”原则，任命与自己同属森派的中川秀直为自民党干事长，与自己同属右翼强硬派的中川昭一为政调会长，与自己意气相投的石原伸晃为干事长代理。同时为了酬谢在大选中最先支持自己的丹羽-古贺派，安倍任命该派首脑丹羽雄哉为总务会长，并在组阁时对该派特别照顾（上届内阁中无一人入阁的丹羽-古贺派，在本届内阁中居然有4人入阁，与安倍所在的森派入阁人数一样多，同时该派的盐崎恭久出任历来由与总裁同派系亲信人物才能出任的官房长官要职）；支持安倍竞选的几个重要跨派系议员团体的主要成员（如“再挑战支援议员联盟”会长山本有二、干事长菅义伟；“安倍选举对策本部”会长柳泽伯夫、事务局长甘利明等）也被安排入阁。而与安倍竞争的麻生太郎和谷垣桢一所属派系却受到冷落（虽然是小派，但上届内阁中谷垣派和旧河野派各入阁2人，本届内阁谷垣派无一人入阁，旧河野派仅麻生太郎一人留任）。
在组阁时，安倍更换了除麻生太郎外所有内阁成员，并设置了“朝鲜绑架问题担当国务大臣”的职位，显示了其在外交上采取攻势战略的企图（2001年1月日本进行机构改革，由一府22省厅改为一府12省厅，内阁17名成员中，除了13名直接担任省厅首脑的大臣外，还有4名专职出任“某某问题/政策担当国务大臣”的阁员，称为内阁府特命担当大臣。为了突显某些政策的重要，首相往往在内阁府特命担当大臣编制之外任命某些大臣兼任某一事项担当大臣的职务，如国土交通大臣一般兼任首都机能转移·观光立国担当大臣，环境大臣一般兼任地球环境问题担当大臣，负责規制改革的内阁府特命担当大臣一般兼任地方行政改革·公務員制度改革·地域活性化·道州制担当大臣，经济产业大臣一般兼任爱知世界博览会事务担当大臣，负责科技政策的内阁府特命担当大臣一般兼任情報通信技術担当大臣，负责防灾的内阁府特命担当大臣一般兼任有事法制担当大臣。同时为了显示重视某一政策，往往特别增设担当大臣的职位，2004年设立邮政民营化改革政策担当国务大臣，2006年设立朝鲜绑架问题担当国务大臣，2007年设立海洋政策担当大臣。另外，由于担当大臣的增加，一名阁员兼任多个担当大臣的情况也开始出现，如安倍内阁的高市早苗出任冲绳-北方、技术革新、少子化及男女共同参画、食品安全担当大臣共4个内阁府特命担当大臣职位，而这些职位原来是由3名阁员分别专职担任的）。
2000年以来历届内阁席位分配一览表
|
派名 |
议员人数 |
2000.4 |
2000.7 |
2000.12 |
2001.4 |
2002.9 |
2003.9 |
2004.9 |
2005.10 |
2006.9 |
2007.8 |
|
町村派 |
83 |
2 |
2 |
2 |
3 |
3 |
3 |
5 |
4 |
4 |
1 |
|
津岛派 |
63 |
3 |
3 |
5 |
2 |
2 |
2 |
3 |
3 |
2 |
3 |
|
古贺派 |
46 |
3 |
3 |
2 |
1 |
1 |
1 |
1 |
0 |
4 |
2 |
|
山崎派 |
37 |
1 |
1 |
0 |
1 |
0 |
1 |
1 |
0 |
1 |
2 |
|
伊吹派 |
25 |
3 |
2 |
3 |
1 |
1 |
3 |
2 |
1 |
2 |
1 |
|
麻生派 |
16 |
1 |
1 |
1 |
0 |
0 |
1 |
1 |
2 |
1 |
0 |
|
高村派 |
15 |
1 |
1 |
1 |
1 |
2 |
0 |
1 |
0 |
1 |
1 |
|
二阶派 |
15 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
0 |
1 |
0 |
1 |
|
谷垣派 |
15 |
1 |
1 |
0 |
1 |
1 |
1 |
1 |
2 |
0 |
0 |
|
无派系 |
75 |
0 |
0 |
0 |
2 |
2 |
1 |
1 |
3 |
0 |
3 |
|
公明党 |
51 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
|
民间人士 |
/ |
1 |
2 |
1 |
3 |
3 |
2 |
0 |
0 |
1 |
2 |
『注：若数字为红色，表示该派有1人进入党三役』
2006年10月9日，朝鲜进行核试验，引起世界各国强烈不满。中、日、韩、美等国极其罕见地联合出手对朝鲜进行制裁。安倍内阁面临上台来最大挑战。但再此时，自民党政调会长中川昭一宣称要考虑日本是否拥有核武器，得到干事长中川秀直和外相麻生太郎的附和，引起了日本舆论和世界各国的强烈反应。美国公开宣布不允许日本拥有核武器，安倍晋三不得不公开宣布不允许在政府内部讨论日本是否应该拥有核武器的问题。
2006年10月19日，日本自民党森派会长森喜朗决定退休，森派成员选举町村信孝为森派会长，森派因此改名为町村派。同期，由于丹羽雄哉出任党三役而暂时退出所在派系，丹羽-古贺派改名为古贺派。
2006年10月22日，神奈川16区、大阪9区两个选区进行补缺选举（这两区的自民党议员龟井善之、西田猛此前去世），自民党候选人龟井善太郎及原田宪治分别在这两个选区击败民主党候选人当选。本次被称为是“安倍政权模拟考”选举的胜利，成功稳固了安倍内阁，安倍的地位趋向稳定。此后，在日本众议院480个议席中，联合执政的自民党和公明党分别占296席和31席，超过众议院议席的三分之二，民主党占113席，共产党、社民党和国民新党分别占9席、7席和5席，无所属19席。
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