关于增值税专用发票的证据价值，在司法实践中不应当机械地予以限缩，而是应当结合民事证据规定中的证明制度进行综合判断。
民事证据制度中的“优势证据”规则是，当双方当事人对同一事实分别举出相反的证据但都没有足够的依据否定对方证据的，人民法院应当结合案件情况，判断一方提供证据的证明力是否明显大于另一方提供证据的证明力，并对证明力较大的证据予以确认。
在增值税专用发票为媒介的买卖合同纠纷中，在买受人否认双方之间存在买卖关系的情况下，增值税专用发票完全可以作为认定双方买卖关系存在的优势证据。
这是因为，增值税专用发票虽然只是买卖双方的结算凭证，在没有其他证据予以印证的情况下，并不能绝对化地证明双方存在买卖关系，这主要是考虑到当事人存在“虚开”的可能。但增值税专用发票作为国家法定书证，其记载要素全面，不仅记载有货物的名称、规格型号、单位数量，还标明了单价和金额。这些记载要素构成了买卖合同成立的主要内容。尤为关键的是，如果买受人一旦据此向税务机关进行了“进项税”的抵扣，则其本身就对双方买卖关系赋予了一种“自认”价值。否则，买受人何以享有抵扣权？因此，出卖人如果提供税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件，该证据就和增值税专用发票相互印证，在买受人不能提供充分的相反证据的情况下，应当认定双方存在买卖关系。
日常生活经验规则是民事证据制度的另一项重要的认证规则。
在买卖合同纠纷中，根据日常生活经验规则，如果买受人未收到供货但收到增值税专用发票的，则为了防止自己使用“虚开”增值税专用发票的法律风险，其正当的处置方式是应当主张出卖方及时供货，在其已经对增值税专用发票进行抵扣但又没有发生实际交易的情形时，应当作“退票”或“红票”等方式处理，而不是继续享有无交易的抵扣权。如果买受人已经将增值税专用发票抵扣，其财务账册上应有相应的记录和财务凭证。因此，出卖人提供了增值税专用发票和税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件后，买受人在其有能力提交相关证据证明其申报抵扣的合理性的情况下而拒不提供的，应当推定双方存在买卖合同法律关系且出卖人已履行了交货义务。
因此，法院应当要求买受人对没有收到货物但却对增值税专用发票实施抵扣行为的合理性承担反向性的证明责任。
应当注意的是，增值税专用发票对供货义务的证明价值高于对付款义务的证明力。因为在出卖人交付货物的同时或者在交付货物后，才由出卖人向买受人开具增值税专用发票，买受人再依据开具的增值税专用发票所确定的货款数额进行结算。显然，一般的商事惯例是先供货后开票，故仅有出卖人开具的增值税专用发票，即使有税务机关出具了买受人抵扣税款的证明文件，也不足以证明买受人已经履行了付款义务。
当然，对任何一项证明规则的适用均不应采取机械的或孤立的态度，故对于增值税专用发票的证据价值亦应当进行综合判断。
