１.理论基础的差异
阴阳是中医基础理论的纲领，经络与六经作为中医基础理论的组成部分，与阴阳是密不可分的。由一阴一阳衍生出三阴三阳是阴阳理论的巨大进步。三阴三阳即厥阴、少阴、太阴、少阳、阳明、太阳。三阴三阳之间存在着一一对应的关系，即一阴对一阳、二阴对二阳、三阴对三阳。亦即厥阴—少阳、少阴—阳明、太阴—太阳。这种对应反映了阳气的不同存在状态。六经的三阴三阳即按此种对应形式。经络因解释人体机理的角度不同，阴阳的对应关系出现了一些改变、转换成为厥阴—少阳、少阴—太阳、太阴—阳明。
六经的阴阳关系适宜于解释六气之间的转换，六经也因此与六气紧密联系在一起。六气即风寒暑湿燥火。六经阴阳与六气的关系是：太阳寒水、阳明燥金、少阳相火、太阴湿土、少阴君火，厥阴风木。六经与六气的结合使疾病有了明确的分类。《素问.至真要大论》：“帝曰：夫百病之声也，皆生于风寒署湿燥火，并以之化之变也。”既然“百病皆生于风寒署湿燥火”并且还“以之化之变”，那么以六气为纲领论述疾病无疑是非常明智的。六经与六气结合后把天地人系统地联系在一起，形成统一的同体体系。《素问.五常政大论》“帝曰：寒署湿燥风火在人合之奈何，其于万物生化奈何？歧伯曰：东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心。其在天为玄，在人为道，在地为化。化生五味，道生智，玄生神，化生气，神在天为风，在地为木，在体为金，在气为柔，在脏为肝。其性为喧，其德为和，其令宣法，其变催拉，其眚为损，其味为酸，其智为怒。怒伤肝，悲胜怒；风伤肝，燥胜风；酸伤筋，燥胜酸......”这样，天地万物就系统地划分成几个类别。使纷杂的自然现象变得纲目清晰，条理明确。
经络因其具有联系内外，网络全身的作用，使得脏与腑，脏腑与四肢官窍密切联系在一起。经络解释的内容决定了与其配属的阴阳对应关系与六经的阴阳对应关系不同。我们暂且称经络的这种对应为表里对应。表里对应关系密切了脏腑之间的关系，脏为里，腑为表，紧密相连。而且为了使五脏六腑各有配属，更进一步的分为足三阴，足三阳，手三阴，手三阳，组成十二经脉。形成独特的理论体系。以手太阴肺经为例：肺手太阴之脉，起于中焦，下络大肠，还循胃口，上膈属肺，从肺系，横出腋下，下循懦内，行少阴心主之前，下肘中，循臂内上骨下廉，入寸口，上鱼，循鱼际，出大指之端。其支者，从腕后，直出次指内廉，出其端。（《灵枢.经脉》）明确指出了肺经这一系统所联系的脏腑—肺与大肠，与循行部位上肢内侧。表里之间一线贯穿、密切相关。
我们可以看出六经是把人放在天地间，使天地人合而为一，形成完美的整体。经络则着眼于人体自身的统一性。二者皆是整体观念的具体反映，但整体的层次却不同。我们可以将六经与经络两种辩证方法看做内与外的差别。
２.辨证依据的差别
经络辨证是以经脉络属的脏腑与循行部位出现的病证为依据的。《灵枢.经脉》“是动则病，肺胀满，膨膨而喘咳，缺盆中痛，甚则交两手而瞀，此为臂厥。是主肺所生病者，咳，上气喘喝，烦心胸满，糯臂内前廉痛厥，掌中热。气盛有余，则肩背痛风，汗出，小便数而欠，气虚则肩背痛寒，少气不足以息，溺色变。”手太阴肺经的病侯，包括肺的本脏病，肺经循行部位的肢体病症等，如果出现这些病症就可以辨证为肺经病。以此为纲再分出虚证与实证。
六经病的辨证标准依据六经中的特征性病症、脉象、愈解时等几个方面。六经病的每一经都有一条提纲条文与愈解时条文。以太阳病为例：提纲条文是：“太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒。”太阳病的愈解时条文为：“太阳病愈解时，从巳至未上。”凡是出现以上症状，并且在巳午未三个时辰表现为愈解时，就可以辨证为太阳病。太阳病又分为表证和里证两个类型。太阳表证又因邪气感人之不同表现为中风与伤寒两种证型：“太阳病，发热，汗出，恶风，脉缓者，名为中风。”“太阳病，或已发热，或未发热，必恶寒体痛，呕逆，脉阴阳俱紧者，名为伤寒。”太阳里证又有太阳蓄水证，太阳蓄血证两种证候。此外还有兼证，变证等。
经络辨证与六经辨证虽同称为辨证，证的类型却有一定差别。
３.经络辨证与六经辨证的时间相关性
人的生命活动与外界环境的变化息息相关。外界的温热，冷湿和朝夕阳光的强弱随时影响人体气血的运行。并呈现一定的规律性。《素问.八正神明论》：“先知日之寒温，月之虚盛，以候气之浮沉，而调之于身。”要求我们在辨证时与时间相结合。
经络辨证在这方面具有相当精细的一套体系，即子午流注针法。子午流注又分纳子法，纳甲法，灵龟八法等。以纳子法为例。纳子法是按照十二地支时间的推移配合十二经脉的气血运行顺序开穴施治的一种针法。一天分十二个时辰，每一个时辰分配一经，即寅时属肺，卯属大肠，辰时属胃，巳时属脾......依次配属完毕后，按照发病时间的规律性辨证选经取穴。若辨出是肺经病，即可选择肺经的相关腧穴，进行针灸治疗，当其方盛之时，“迎而夺之”，于其衰退之时，“随而济之”。
六经病表现出的时间性，主要在愈解时相条文里。伤寒六经各有愈解时。“太阳病愈解时，从巳至未上。”“阳明愈解时，从申至戌上。”“少阳病愈解时，从寅至辰上”“太阴病愈解时，从亥至丑上。”“少阴病愈解时，从子至寅上。”厥阴病愈解时，从丑至卯上。”根据疾病表现出的愈解时，就可轻易的辨出是那一经的病证。疾病发生的时间规律性，即可作为辨证的依据，又是治疗的关键。经络病的实证，在其气血方盛之时，采用泻法；虚证则在其气血衰退之时，采用补法。六经病则应该在其愈解时，给予治疗，以资补泻。
４.治疗方法的差异
辨证的最终目的是治疗。对经络来说，他是联系表里内外，网络脏腑肢节的通路，选取直接作用于经络的外治法实施补泻，应该是最有效的。例如：针灸、刮痧、推拿、拔罐等。六经病的治疗则以方药为主。“太阳中风脉浮紧，发热恶寒身疼痛，不汗出而烦躁者，大青龙汤主之。”象这样含有证、药、方的条文在伤寒论里俯拾即是。针灸的方法在伤寒论里也可以看到。“太阳病，头痛至七日以上自愈者，行其经尽故也。若欲作再经者，针足阳明，使经不传则愈。”“少阴病，吐利，手足不逆冷，反热者，不死。脉不至者，灸少阴七壮。”
经络病与六经病的治疗，均不是单一的。但是治疗的目的，却有一定的差别。经络病治疗的目的是恢复经络通的功能。《灵枢.经脉》指出“经脉者，所以决死生，处百病，调虚实，不可以不通。”六经病治疗的目的则是调气驱邪，恢复六经阴阳各自的生理作用。无论是太阳病的汗法，还是阳明病的下法都是为了达到开门逐邪的目的，使太阳司其开，阳明司其合。
唐代大医孙思邈曾说：“针而不灸，灸而不针，皆非良医；针灸而不药，药而不针灸，犹非良医也！”针灸与方药的结合，在一定意义上反映了经络与六经的结合。如果这样的结合能够实现，那么针灸与方药的灵活应用就可以成为现实，造就良医的理想也将成为现实。
