本书的一大特色是强调了政治经济学和经济学（也就是新古典经济学）之间的区别，态度鲜明地把自己划归政治经济学的分析传统。书中将政治经济学定义为“三维经济学”，即从竞争、统制和变革这三个维度来分析资本主义的理论。与此相对照的是，新古典经济学只重视分析经济生活里的一维，即竞争和交换，从而“把资本主义简单地看成一个市场体系。”书中写道：
“根据经济学的三维分析法，我们知道，在整个经济领域中，正统经济学（中译者注：即新古典经济学）所重视的竞争和市场交换只是一个部分。当然，它是‘竞争、统制、变革’这三维的第一维，然而其它两维也应该具备同等的重要性。”
本书还强调了政治经济学的跨学科性质。作者指出，政治经济学这个术语在思想史上曾用来泛指所有的经济学，其研究领域也覆盖了当今社会科学中的大多数学科：不仅包括经济学，还包括人类学、社会学、心理学、政治学等。在1900年前后，“政治经济学”这个术语在西方经济学中才逐渐为“经济学”所替代，其研究领域也变得日益狭窄，基本上是围绕着市场兜圈子。关于政治学、心理学、历史学、社会学等诸多方面的探究则交付给了当时刚刚独立的其他各门社会科学。而这些社会科学恰好在这一时期才成为独立的学科，也并非偶然。在此，作者事实上坚持了马克思和恩格斯的一个观点：只有一门科学，即统一的历史科学。书中这样写道：
“从政治经济学的观点来看，在社会科学的各个分支——历史学、政治学、经济学、人类学、心理学……之间所划分的界限是非常武断的。这些区隔将社会现实拆成一个个的小方块，呈现为大学里的各个学科分野，可谓泾渭分明，但却模糊了经济运行的真相。”
“与‘经济学’这一术语相比，我们更喜欢用先前的政治经济学的概念去描述我们的研究方法，因为除非把政治学、经济学、心理学和其他社会科学的规则综合到一起来研究现代社会的复杂性，否则一个人无法圆满地了解当代社会。描述政治经济学的另一种方法就是将之视为跨学科的。”
为了进一步澄清政治经济学与经济学的区别，书中批判了新古典经济学的一系列基本理论假设。在这些假设中，首当其冲的是自利经济人假设。本书第三版为此新添了一整章讨论这个问题，并利用了作者鲍尔斯在人类行为领域的研究成果。鲍尔斯及其合作者借鉴行为经济学的方法，在全球十五个截然不同的社会进行了最后通牒游戏实验，结果发现这些不同社会中的人在行为和动机模式上存在着重大的差异。他们认为，这些差异的形成源自各个社会中不同的谋生方式。从这一研究中作者得出了如下结论：与自利经济人不同，人是合作的物种。书中就此写道：
“我们的文化和我们的本性共同作用，使得智人成为我们这样的独具合作性的物种。我们具有合作性这个事实，意味着好人并不总是落在最后。说明好人为什么并不总是落在最后的推导过程表明，新古典经济学家有时候过高地评价了竞争作为进步的源泉的作用。合作也是必要的。”
在经济人假设之外，新古典经济学还有另外两个基本假设，即完全契约假设和不存在规模报酬递增的假设。作者认为，这三个基本假设合在一起，使新古典经济学成为牛顿时代的机械主义世界观的典型写照：
“新古典经济学的三个假设实际上反映了17世纪牛顿时代的世界观。依照这种世界观，任何社会和自然现象都可以看作是原子微粒的运动集合，而且这种运动是可以了解并预知的。因此，完全契约假设实际上是限制了个体对于运动全貌的了解，这样，他们就可以堂而皇之地假设交易行为严格遵照几条简单的法则。类似的，经济人假设则规定了社会中每一个体的行为准则。最后，假定‘规模报酬递增不存在’消除了领先地位的作用，并抹去了一切偶然因素，他们进而可以认为，相互作用的个体的以往历史也就不能影响到他们当前的关系。新古典经济学得出的结论就是：经济被看作是一架平滑运行的机器，而非下述情况：人们之间的关系有时候是和谐的，而更多时候是矛盾，甚至杂乱无章的，正如在资本主义经济中实际发生的那样。”
要指出的是，本书虽然强调自己属于政治经济学的阵营，但并不拘泥于马克思主义政治经济学的观点，对各派不同的经济理论持有兼容并包的态度。在第一篇讨论经济思想史的那一章，列举了六位在作者看来对政治经济学贡献尤著的代表性人物，他们是斯密、马克思、熊彼特、凯恩斯，以及科斯和森。名单上的最后两位是在第三版里新添的。作者对马克思给予了高度评价，认为他对古典经济学进行了彻底的重构，为本书提倡的三维经济学提供了一个原创的范例。对于科斯的入榜，国内的读者可能会稍感诧异。毕竟科斯的观点一?被视为鼓吹私有化的新自由主义的理论基础。本书作者则认为，科斯事实上是新古典经济学的批评者，他的观点被那些利用他的人有意或无意地误读了。科斯假设，在交易成本为零时，私人之间的讨价还价足以替代政府的调节；但他又认为，在现实中交易成本是正的，应该研究交易成本为正的现实世界。作者最后指出，以上六位思想家都未曾对各自提出的问题提供一个令人完全满意的回答，经济学家还将继续追寻新的答案，并随着资本主义的发展不断面临新的问题。
