【转载】vmd 中如何删除原子？

namd

【转载】vmd 中如何删除原子？

(2012-11-17 11:16:54)

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标签： gromacs vmd delete atom protein

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tk console的使用方法可以看VMD的用户手册，这两个帖子可以帮上你的忙~
：http://www./thread-5230-1-3.html
http://www./viewthread. ... 26amp;typeid=37
因为VMD里面没有什么命令可以直接删除原子，所以要做这件事情可以把你想保留的那些原子做成一个新的pdb文件：
譬如说：
set rmp [atomselect top "index n"]
这一步选中你要删除的原子，（原子序数n）称为rmp。
$rmp moveby {0 0 1500}
把rmp向上移动1000A，移出盒子的范围
set rmn [atomeselect top "z<1000"]
这样可以选择到你想要留下的那些原子，命名为rmn
$rmn writepdb rmn.pdb
这样新生成的rmn.pdb当中是删掉你想删的原子的系统了~



另一种方法：

vmd 中如何删除原子？  

http://blog.163.com/nm_myc_1013/blog/static/13772545520119139953668/

用delatom命令可以实现在从结构中删除原子的操作。

delatom 命令的使用方法：
delatom [ [aname] ]

有三个参数，这三个参数对应namd中处理分子结构的三个层次：

segid - segment
resid - residue
aname - atom
其中，segid 是必须指定的参数。

如：当前的mol中有一个segment，其segid为U，要将这个segment全部删除，可以输入命令：
delatom U

要删除U中resid为4的所有原子，输入命令：
delatom U 4

要删除U中，resid为4的部分中，名为C2的原子，则输入命令：
delatom U 4 C2

当然，如果你认为事情到这里就结束了，那么你就错了。注意看vmd的窗口，你看不到任何变化。
需要重新写出删改后的结构再读入：
writepsf new_structure.psf
writepdb new_coordinates.pdb
mol load psf new_structure.psf pdb new_coordinates.pdb
这时就可以在vmd窗口中看到删改后的结果。

总结使用delatom的一般步骤：
resetpsf #清除计算机内存中保存的结构数据
readpsf psf_file.psf
coordpdb pdb_file.pdb #这两步读入结构和坐标
mol load psf psf_file.psf pdb pdb_file.pdb #载入原分子
delatom $segid $resid #执行删除操作
writepsf new_psf.psf
writepdb new_pdb.pdb #这两步写出新的结构和坐标文件
mol delete all #删除旧分子
mol load psf new_psf.psf pdb new_pdb.pdb #载入新分子

VMD虽然不提供一般的图形界面软件用鼠标删改分子结构的功能，但是其tk/tcl命令控制台十分强大。
好好利用，会轻易完成很多一般图形界面中完成不了的工作。