本案有两个问题引起有关人员的讨论：稽查部门是否可以否决征管部门核定征收决定；企业少缴税款的起算日应如何认定。
征管部门决定对企业实施核定征收，而稽查部门在税收检查时认为企业符合查账征收条件。对于稽查部门是否可以否决征管部门的征收决定，存在两种观点：
其一是稽查部门可直接否决征管部门决定，并要求纳税人补缴少缴的税款。
这种观点认为，根据税收征管法第五条第一款规定，B市C区国税局负责C区行政区域内纳税人的税收征收管理工作，有权核定A公司企业所得税的税收征收方式。但税收征管部门对纳税人核发的《核定征收通知书》是在企业实际获得收入、发生成本及费用前核发的，是对企业所得税征收的预先核定，属预估性质。当企业的实际生产经营情况发生变化时，稽查部门根据企业的实际情况，以及账簿资料等其他证据材料依法作出补税处理，是对企业应纳税额因事而变的事后确定，这两种行为的法律意义和法律后果完全不一样，因此程序上并不冲突。
其二是征管部门要先实施行政纠错程序，撤销之前作出的《核定征收通知书》。在此之后，稽查部门才能依法要求纳税人补缴少缴税款。
这种观点的理由是，纳税人根据税务机关征管部门发出的《核定征收通知书》，按照企业所得税暂行条例、企业所得税暂行条例实施细则、核定征收企业所得税暂行办法等法规，申报并缴纳了2007年的企业所得税，不存在任何过错。因此，合法有效的补缴要求必须是先明确税务机关责任，经过行政纠错程序之后再提出。只有税务机关征管部门通过实施行政纠错程序，撤销之前作出的《核定征收通知书》，稽查部门才能根据税收征管法第五十二条要求纳税人补缴税款。
本案中，B市国税局认为依照企业所得税法第五十四条规定，纳税人应自年度终了之日起5个月内报送年度企业所得税纳税申报表。5月31日为纳税人应缴纳上年度企业所得税税款的期限，在此期限内纳税人均可以自行申报和调整上一年度的企业所得税。因此，上一年度的企业所得税补缴期限应自次年6月1日起计算。即A公司应在2008年5月31日前汇算清缴2007年度企业所得税，因此，相关税款的追缴期限应为2008年6月1日起的3年内，税务机关于2011年5月13日已作出《税务处理决定书》，未超过追缴期限。
法院审理此案时认为，企业所得税法第五十四条的规定，是对企业缴纳企业所得税时间的宽限规定，是指企业可以在5月31日前清缴上年度企业所得税。本案中，A公司是按季度缴纳企业所得税，实际缴纳2007年第四季度企业所得税的时间是2008年1月15日，依照税收征管法第五十二条规定，税务机关如认为原告少缴纳企业所得税，应在2011年1月15日前要求原告补缴，但B市国税局2011年5月13日才要求A公司补缴，超过了3年税款补缴期限。因此，B市国税局稽查局要求A公司补缴2007年度企业所得税，已超过追缴期限，法院不予采纳。
