倪瓒的绘画理论，从观念上推进了中国文人画的发展，而他的绘画实践，则更充实了文人画的宝库，更直接地影响着后世画家。
倪瓒极为鲜明的绘画风格，从其传世真迹分析，可以分为以下四类：
前景坡石杂木、丛篁茅亭；中景空白象征水面；远景沙脚山峦，或一重或数重，或平缓或高耸。简称“一河(湖)两岸”。如《紫芝山房图》、《秋亭嘉树图》、《六君子图》、《渔庄秋霁图》、《赠周伯昂溪山图》。
·《紫芝山房图》纵80.5cm，横34.8ccm，纸本，水墨，立轴 (台北故宫博物院藏)
·《秋亭嘉树图》纵134cm，横34.3cm，纸本，水墨，立轴 (北京故宫博物馆藏，与前图甚相似，远景尤类)。
·《六君子图》纵61.9cm，横33.3cm，纸本，水墨，立轴（上海博物馆藏）
亦为倪氏常见体裁，两株幽木配以坡石、丛竹，都在一个层次中，简洁疏秀。如，《古林幽篁》、《树石幽篁》、《丛篁古木》、《苔痕树影》、《竹石乔柯》。
·《古林幽篁》纵88.6cm，横30cm，纸本，水墨，立轴（北京故宫博物院藏）
·《苔痕树影图》纵91.5cm，横33cm，纸本，水墨，立轴（无锡博物馆藏）
关于倪瓒设色山水：倪云林甚少设色画，是人所共知的。
这是他的性格和意趣所决定的。他甚至很少在自己的作品上钤印。大约是怕鲜明的朱红破坏了水墨的清逸气。
·《水竹居图》纵55.5 cm，横28.2cm，纸本，设色，立轴（中国历史博物馆藏）
《六砚斋笔诀》载有李日华的一段话：“倪云林着色山水，余见五、六幅各有意态。戊辰三月在金陵，王越石示余一幅，乃为周南老作者云岚霞霭，尤极鲜丽。所写松皆枯毫渴笔，就意为之，而天趣溢出，周南老题云：云林小景，著色者甚少。尝客寒斋，间作一、二。观共绘染，深得古法，殊不易也。”（周南老为倪瓒好友。倪氏墓志铭即他所撰。）
·《水竹居图》局部
尚有现藏于北京国家博物馆的《水竹居图》青绿设色，笔致轩润浑厚，有董巨遗意。该画作于癸末，倪氏四十三岁。两幅设色之中，一为中年，一为晚年；一为青绿，一为淡彩。可大体想见倪氏这类作品的风神。
王原祁对元四家中黄、倪两家研习颇深，他在一幅拟设色云林小幅中题曰：“学画至云林，用不著一点工力。有意无意之间，与古人气运相为合撰而已。至设色更深一层不在取色，而在取气，点染精神，皆借用也。”所谓“用不著一点工力”，是指纯任自然，平淡天真而言，属于文人画的高级阶段。
·王原祁《浮岚暖翠》纵19cm，横23cm，设色纸本，镜片
“不在取色，而在取气”，则是一个新鲜的论点，与“六法”中“随类敷彩”有很大区别，而且十分吻合倪氏“聊写胸中逸气”的说法。只可惜倪氏现存设色作品太少，这一新论点不能得到充分的印证。但是，王原祁的设色画，却颇具说服力，很有借色取气的样子，应该是倪氏设色法启示的结果。
