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小林子经常说，他听人说只要看完一篇文献的摘要就算是看过一篇文献了。好吧，如果真的是这样……那该有多好呢！整个SCI的世界，就变得一片祥和。说到这里，如果你还是有这样的想法，我觉得你可能没必要看我今天这篇思（hú）维（shuō）缜（bā）密（dào）的文献导读了。 这是一篇Cell的文献，看得我那个累啊。前前后后耗时估计有一个月，当然真正加在一起看的时间有两天。不是因为逻辑有多复杂，是因为越是深入看越是不了解讲了什么玩意。文章的题目叫做：RNA Exosome-Regulated Long Non-Coding RNA Transcription Controls Super-Enhancer Activity，发表在Cell上。 为啥会看这篇呢？因为我英文不好呗…… 刚开始我只是想随便搜一篇Cell上的外泌体的文献看看，于是一看，很好！RNA外泌体，还有lncRNA还转录调控。有必要看一下。但打开就发现自己傻了，跟外泌体没有毛线关系。这玩意虽然是“Exosome”，但其实应该叫做“RNA外切体”。只能怪自己英文不好呗！ 有人不是吹牛说看完摘要就算是看完一篇CNS了么？那我就试试看哈。 看完这篇的摘要，在我的内心只出现了两个问题：1）这特么是啥？2）这特么又是啥？ 那该怎么办呢？只能老老实实看文献了。刚开始倒是难度不大的，他们做了一种Cre/LoxP的构建，大概就是这样的： 虽然人家就是做一个诱导的敲除，但就是要做得这么讲究！ps：光看摘要能知道这些的话，我也真的是服了。 敲除的这两个基因，都是RNA外切体的组件核心。那问题又来了，啥是RNA外切体？ 简单点说就是能把RNA从3'>5'降解的一个玩意，一般是降解没有终止子，或者转录出问题的mRNA。 当然，我们接着看吧，他们做了个测序分析。发现敲除RNA外切体后，lncRNA表达量显著升高。由于TSS-aRNA是RNA外切体的底物，于是同样的发现TSS-aRNA表达也升高了。呃，啥是TSS-aRNA？就是结合在转录起始位点附近的lncRNA。于是我发现，lncRNA什么的真心是乱七八糟的多，只要有DNA序列，就能很草率地转录出来一个什么lncRNA。 接着经过了测序，发现，除了常见的TSS-aRNA之外，还有大量的eRNA是RNA外切体的底物。 文献上说，eRNA是外切体敏感的，呃，等等，eRNA又是虾米挖糕啊？好吧，继续查文献，Enhancer RNAs and regulated transcriptional programs，Enhancer RNA也就是eRNA，是一种在基因的enhancer区域双向表达的一种lncRNA，可以对基因进行顺式或者反式的调控。反正就是特别草率地转录出来一堆东西…… 好吧，这篇文献讲的就是enhancer RNA。接着就要稍微讲一下机制了，因为他们发现，敲除RNA外切体后，高表达的这些eRNA也好，lncRNA也好，其实都属于RNA外切体的底物。这些底物过表达附近都会形成DNA的结构变化，也就是形成R-loop环。次奥，啥是R-loop？摘要里咋啥都没说！！！R-loop其实指的是RNA和DNA形成杂交后，产生了DNA的突起： 于是他们研究了一下这些高表达的enhancer RNA确实会影响到周边DNA以及染色体的变化。 接着他们发现，这些eRNA所在的位置，很有可能是一种super Enhancer，他们做了个CRISPR敲减了作为RNA外切体底物的eRNA高表达，导致了下游基因的一个低表达，然后他们分析了一下这样的RNA外切体底物的eRNA序列和后边的TSS的相关性，发现还是有大量相关的，虽然距离不一定，但确实有关。 接着实际是文章的关键，既然研究的是B细胞，那应该分析一下免疫球蛋白吧，于是研究了和IgH相关的eRNA和TSS-RNA。首先是这两者都收到了RNA外切体调控，接着，这两个区域的eRNA和lncRNA，可以调节CSR。
够了，啥又是CSR？呃，其实就是各种免疫球蛋白的同种系转化，这个是免疫学相关的内容，更加复杂，反正摘要里是看不懂的。同一物种所有个体免疫球蛋白分子所共有的抗原特异性标志，存在于Ig的C区。通过3'RR区，可以进行调节转化，大概就是这么个意思，不要在意这些细节了。于是他们产生了一个这样的模式图：
RNA外切体可能是通过降解掉那些eRNA之类的lncRNA底物，促进了Super Enhancer结合到TSS位置，调控基因表达的。 看完这篇真心是累啊……为啥累？我给你举个例子，这篇文献里的lengend很省事：
看完图，我真心一头雾水，前后矛盾……要哭了……大家自己去体会吧，不过还是要说一句，尼玛看摘要真的不靠谱…… …华丽丽的分割线… 李莫愁博士：这篇文章其实结构并不是特别复杂，也是有主线剧情的：
虽然文献一头雾水，但是要是理清楚思路的话，应该还是能看懂的。当然还有一点很重要，因为文献中不可能都是你很熟悉的名词，或者一些机制，所以光是看摘要，我们能获得的信息还是很少的，这就需要我们在阅读文献的过程中不断地查询相关文献，才能了解他们做的到底是什么。好啦，今天就策到这里吧。 最近万事屋有两个残疾人，一个断了手，一个瞎了眼，断手的故事告诉我们胖子肉多能保护骨头是不科学的，瞎眼的故事，你以为是校对书稿看多了电脑么？太小看我深邃的灵魂了，瞎眼的故事告诉们给脚丫子涂完达克宁不要急着揉眼睛。但是我们轻伤不下火线，依然勤劳地工作着.....此次应该有掌声....能再勤劳一点么？当然能，万事屋最近要开分子生物学培训班啦，11月19-22日和11月26-29日两期（具体详情这里）。还能再勤劳一点么？当然能，吉凯家（慢病毒那家）在万事屋送东西（具体详情点击这里）。能再勤劳一点么？.....大叔大妈，饶了我们俩吧。 |
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