由于囊尾蚴在脑内寄生部位、感染程度、寄生时间、虫体是否存活等情况的不同以及宿主反应性的差异，临床症状各异，从无症状到突然猝死。潜伏期 1 个月到 5 年内者居多，最长可达 30年。
1.脑囊尾蚴病：表现复杂，以癫癎、头痛为最常见的症状，有时有记忆力减退和精神症状或偏瘫、失语等神经受损症状，严重时可引起颅内压增高，导致呕吐、视力模糊、视神经乳头水肿，乃至昏迷等。
2.皮下及肌肉囊尾蚴病 ：部分囊尾蚴病患者有皮下囊尾蚴结节。当囊尾蚴在皮下、粘膜下或肌肉中寄生时，局部可扪及约黄豆粒大（0.5～1.5cm），近似软骨硬度、略有弹性、与周围组织无粘连，在皮下可移动，本皮色、无压痛的圆形或椭圆形结节。结节以躯干、头部及大腿上端较多。一般无明显感觉，少数患者局部有轻微的麻、痛感。
3.眼囊尾蚴病：占囊尾蚴病 2% 以下，多为单眼感染。囊尾蚴可寄生在眼的任何部位，但多半在眼球深部，如玻璃体（占眼囊尾蚴病例的 50% ～60% ）和视网膜下（占28% ～45% ）。此外，可寄生在结膜下、眼前房、眼眶内、眼睑及眼肌等处。位于视网膜下者可引起视力减退乃至失明，常为视网膜剥离的原因之一。位于玻璃体者可自觉眼前有黑影飘动，在裂隙灯下可见灰蓝色或灰白色圆形囊泡，周围有金黄色反射圈，有时可见虫体蠕动。眼内囊尾蚴寿命约为 1～2 年，当眼内囊尾蚴存活时患者常可忍受，而当虫体死后常引起强烈的刺激，可导致色素膜、视网膜、脉络膜的炎症、脓性全眼球炎、玻璃体混浊等，或并发白内障、青光眼，终至眼球萎缩而失明。
4.其他部位囊尾蚴病：囊尾蚴还可寄生如心肌等脏器或组织，可出现相应的症状或无症状。但均较罕见。
